1 января 1820 года он получил разрешение вернуться во Францию, куда он пребывает и начинает жизнь сызнова: лишенный полковничьего чина, эмеритальных выплат, Бори де Сен-Венсан как нищий мещанин живет в Париже до 1825 года, где зарабатывает на жизнь тяжелым издательским и книготорговым делом (в том числе продажей своих брюссельских анналов); чтобы сделать свою жизнь более сносной, он сотрудничает с различными либеральными газетами, в частности, с Курьер де Франс, в которой он редактирует хронику заседаний Палаты депутатов. Позднее он отказывается от сотрудничества с ней, поскольку его труды по научному редактированию уже приносят более или менее приличные средства к существованию (взять хотя бы его внушительную естественно-научную библиографию с 1819 по 1830 гг.). Кажется, что неудачи и разочарования его подстерегают на каждом шагу: в 1823 году он стреляется на дуэли и получает ранение в мягкие ткани икры одной из своих ног, а в 1825 году его сажают в долговую яму в тюрьме Сент-Пелажи, где он остается до 1827 года. И если для обывателей справедливо выражение, что жизнь есть полотно с черно-белыми полосами, то насколько это верно и для авантюристов, непрестанно оплачивающих всякую белую полосу очередной черной.

Его покровитель разжалованный маршал Сульт вернулся из изгнания, которое он проводил в Вуппертале, в 1819 году, а в 1820 году Людовик XVIII-й вернул ему маршальское достоинство. И дальше несмотря на все грядущие превратности французской политики у него все складывалось более или менее благополучно, да оно и понятно: маршал Сульт был системным человеком, в отличие от своего бравого полковника – авантюриста и непредсказуемого в своих поступках Бори де Сен-Венсана. Но последний свято хранил тайну участия своего маршала в работах Суверенного военного ордена Иерусалимского Храма, воссозданного с благоволения Наполеона Бонапарта Бернаром-Раймоном Палапра и членами Достопочтенной Ложи «Рыцари Креста», находящейся под эгидой Великого Востока Франции. Есть версия, что именно полковник Бори де Сен-Венсан в бытность свою шефа военных архивов и картотек Франции в 1814 году изъял матрикул члена этой организации, принадлежавший маршалу Сульту. С тех пор этот матрикул значился как бы за братом инкогнито, что практикуется во многих тайных орденах.

С 1821 года в Греции с переменным успехом шла война за независимость от Османской империи. Однако перелома в ней грекам было достигнуть сложно, а скорее и невозможно без содействия христианских союзных сил и государств. Во Франции тогда жило немало греков-эмигрантов и панэллинизм являлся модным движением: некоторые из этих эмигрантов (особенно дворянского и купеческого происхождения) образовали даже свою влиятельную партию внутри возрожденного Бернаром-Раймоном Фабре-Палапра при Наполеоне Бонапарте Суверенного Военного Ордена Иерусалимского Храма. Тогда очень набожный и благочестивый король Карл X Бурбон (Шарль Филипп де Франс, граф д’Артуа, 1757–1836), повинуясь настроениям, царившим во французском обществе, решает вступить в войну на стороне греческих повстанцев, заблаговременно заручившись поддержкой Англии и России. В результате военно-морского сражения при Наварине, когда в октябре 1827 года союзнический русско-франко-британский флот разгромил турецко-египетские морские силы, французский экспедиционный корпус численностью 15 000 человек в августе следующего года высадился на юго-западе Пелопоннеса с целью вернуть полуостров молодому независимому Греческому государству, что достигается всего в течение одного месяца.

Проспер Баккюэ. Бори де Сен-Венсан и члены экспедиции в Морее изучают руины стадиона античной Мессены (деталь гравюры)

Вместе с тем, в конце 1828 года виконт де Мартиньяк, министр внутренних дел Карла X и действительный глава правительства в то время (друг детства Бори де Сен-Венсана из Бордо), поручил шести выдающимся академикам Института Франции, среди которых Жорж Кювье, Этьен Жоффруа Сент-Илер, филолог и палеограф Шарль-Бенуа Газе (Hase) (1780–1864), археолог Дезире Рауль Рошетт (1789–1854), архитектор Жан-Николя Юо (Huyot) (1780–1840) и филолог-эллинист Жан-Антуан Летронн (1787–1848), назначить руководителей и членов каждой секции научной комиссии, которая должна быть прикомандирована к Французскому экспедиционному корпусу в Морее, что уже делалось прежде во время Наполеоновской кампании в Египте в 1798 году. Директором этой научной комиссии 9 декабря 1798 года ими утверждается Жан-Батист Бори де Сен-Венсан, вспоминавший, что господа де Мартиньяк и Симеон рекомендовали не ограничивать ему свои наблюдения флорой и фауной, но распространить их одинаково на местности и людей, там обитавших.

Жан-Батист Бори де Сен-Венсан во главе научного отряда, состоявшего из девятнадцати ученых, в том числе историка Эдгара Кине (1803–1875), архитектора Гийома Абеля Блуэ (1795–1853) и военного инженера-картографа Пьера Пейтье (1793–1864), высадился с фрегата «Кибела» в Наварине 3 марта 1829 года, присоединившись к французскому экспедиционному корпусу под командованием Жозефа Мезона. Здесь он встречается с начальником штаба экспедиционного корпуса генералом Антуаном Симоном Дюрье, уроженцем провинции Ланды, которого знал уже с десяток лет. Этот генерал обеспечил разжалованному полковнику дружеское содействие в научных исследованиях. Бори де Сен-Венсан, руководя своим ученым десантом, пребывал в Греции на протяжении восьми месяцев, проводя работы в Пелопоннесе, Аттике и на островах Кикладского архипелага, которые до сих пор не утратили своей научной ценности для страноведения: топографические карты, сделанные его отрядом, как считается, и поныне непревзойденного качества, а зарисовки, планы, чертежи, графические реконструкции разрушенных памятников сыграли свою ведущую роль в описании и систематизации эллинского наследия.

Возвратившись из своей продолжительной научной командировки, Жан-Батист Бори де Сен-Венсан в начале 1830 года получил академическое место в Институте, ставшее вакантным после смерти Жана-Батиста де Ламарка: тогда среди прочих за него проголосовали астроном Франсуа Араго (1786–1853), анатом и палеонтолог Жорж Кювье (1769–1832), а также химик барон Жак Луи де Тенар (1777–1857). В это же время он выступает вместе со своим старым другом Пьером Латреем в качестве одного из соучредителей энтомологического общества Франции, которое было старейшим из подобных научных объединений в мире.

В ходе знаменательных событий Июльской революции 1830 года, вознесших на престол герцога Луи-Филиппа Орлеанского, он храбро сражался на стороне повстанцев на баррикадах в парижском предместье Сен-Жермен. Победа, одержанная повстанцами, возвращает маршала Сульта на пост Военного министра (1830–1834), в результате чего 3 ноября того же года Жан-Батист Бори де Сен-Венсан оказывается восстановленным в своем чине и привилегиях полковника Генерального штаба, которых он лишился пятнадцать лет тому назад: он продолжил службу в армии, совмещая ее со своей исследовательской деятельностью, откуда уволился в 1842 года, то есть за четыре года до своей смерти. 1 мая 1831 года Жан-Батист Бори де Сен-Венсан (спустя двадцать лет без одного дня) был произведен в офицеры Почетного легиона. Однако, оказавшись избранным 5 июля того же года депутатом 3-го коллежа от округа Лот-и-Гаронна (Марманд) на место своего друга виконта де Мартиньяка, он из-за своих резко прогрессивных для своего времени взглядов (в частности, заявлений против наследования титула пэрства Франции, противоречащего равенству всех перед законом) сдал свой мандат уже 19 августа на том основании, что совмещал государственную службу с постом законодателя. Опять же мандат вернулся его товарищу виконту де Мартиньяку.

В 1832 году он опубликовал свой замечательный отчет об исследовании Греции под названием «Доклад о путешествии ученой комиссии из Мореи по Пелопоннесу, островам Кикладского архипелага и Аттике», упрочивший его известность в научной среде, благодаря которому он удостоился избрания свободным членом Академии наук 17 ноября 1834 года.