Другие группы подвергались откровенным гонениям: в отдельных случаях насилие применялось для борьбы со старообрядцами и сектантами. Особенно сурово обращались с сектами, считавшимися опасными, такими как скопцы. Поначалу они находились под защитой екатерининской политики веротерпимости, но с 1820‐х годов многие из них были привлечены к ответственности за ересь, их имущество было конфисковано, они подвергались телесным наказаниям и изгнанию165. В западных провинциях грекокатоликов еще более планомерно заставляли отрекаться от папской власти и переходить в Русскую православную церковь166. Униатская церковь, представлявшая большинство восточных католиков, в 1839 году была распущена как самостоятельная церковь, а многие связанные с ней монастыри были закрыты.
В начале и середине XIX века также наблюдалась дальнейшая дифференциация различных групп имперских подданных. Продолжающаяся экспансия в регионы с преимущественно нерусским населением и их колонизация превратили империю во все более неоднородное образование. Начиная с 1822 года большинство нехристианского населения Сибири, а затем Средней Азии и Кавказа было отнесено к новой правовой категории инородцев. Как отдельная группа, указанная в «Своде законов», инородцы стояли вне социальной структуры империи. Хотя они пользовались определенными привилегиями, такими как освобождение от воинской повинности, они были подданными второго сорта и рассматривались как нижестоящие по отношению ко всем социальным стратам имперского общества167. В то же время эта категория была подвижной и состояла из постоянно меняющегося числа подгрупп168. В нее входили кочевые и полукочевые народы Азии, горцы Северного Кавказа, коренное городское население Туркестана и (долгое время) евреи. Татары-мусульмане в Крыму и Волго-Камье первоначально были включены в состав высшей подгруппы инородцев и таким образом интегрированы в сословную структуру; однако к середине XIX века в списках инородцев они уже не упоминаются169. Со временем этот термин приобрел также неофициальное значение «нерусские», и к концу века он широко использовался без каких-либо правовых коннотаций именно в этом смысле170.
Так, законодательство Российской империи в отношении этнических и религиозных групп оставалось бессистемным. Некоторые законы распространялись на конкретные религиозные группы независимо от места их проживания, другие – только на отдельные сословия внутри этих групп. Многие нормы устанавливались и применялись только в определенных регионах. Например, на Южном Кавказе действовали особые правила проживания и передвижения, согласно которым не проводилось различия между христианами и мусульманами, однако они предусматривали ограничения для тех, кто относился к христианским сектантам, таким как старообрядцы и молокане171. Такая территориальная дифференциация в правовом регулировании привела к растущей раздробленности внутри религиозных общин. В то время как татары в Поволжье и Крыму все больше встраивались в имперское общество, татары на Урале и в Сибири, а также мусульмане в Средней Азии и в некоторых частях Кавказа оставались инородцами, обособленными от него.
В 1850‐х и 1860‐х годах произошел следующий сдвиг в государственной политике. Движение в сторону большего равенства, которое пронизывало многие Великие реформы, было, по крайней мере частично, результатом новой концепции гражданственности. К 1860‐м годам светское понятие «гражданственность» (гражданское сознание или гражданское воспитание) стало вытеснять представление о России как о веротерпимом и в то же время в значительной степени сегрегированном многоконфессиональном государстве172. Попытки унифицировать империю предпринимались по всем направлениям. Введение всеобщей воинской повинности, например, привлекло в армию и на флот большое количество неправославных: в 1879 году в Казанской губернии в армию было призвано почти столько же татар (1747), сколько и русских (1990)173. При этом полки, сформированные по этноконфессиональному признаку, в основном исчезли. Безусловно, предложенная идея гражданственности имела русско-христианскую составляющую, поскольку имперская элита полагала, что русификация (обрусение) и переход в русское православие в итоге привьют гражданственность населению174.
В целом сдвиг от имперской концепции, подчеркивающей толерантность и лояльность, к унитарному национальному государству, стремящемуся к социальной интеграции, был лишь частичным175. Ограничения в отношении меньшинств сохранялись. В то время как некоторым были предоставлены уступки и привилегии (например, в 1862 году было отменено обязательное согласование проектов мечетей), на других, особенно католиков и лютеран на западных окраинах империи, оказывалось все большее давление с целью заставить их обратиться в православие176. Некоторые этнические и религиозные группы, как и большинство обездоленного населения империи, по-прежнему имели ограниченные права на свободу передвижения и проживания177. Главным образом важна была лояльность: группы и народности, считавшиеся благонадежными, интегрировались все активнее, в то время как те группы населения, которые воспринимались как потенциально опасные, обычно подвергались изоляции и репрессиям.
Политику в отношении меньшинств также следует рассматривать в контексте более общих тенденций формирования общественной мысли XIX века. Дебаты о национальном государстве и национальности, разгоревшиеся в Европе после Французской революции, повлияли и на российскую интеллигенцию. Растущее число интеллектуалов, духовенства и военных обратилось к русскому национализму, базирующемуся на этнической почве и бросающему вызов государственной концепции России как династической империи, управляемой европеизированной элитой. Многие из них находились под влиянием немецкого романтизма и историзма, согласно которым нация на разных этапах развития рассматривалась в языковом и этническом отношении. Подобные влияния стимулировали споры о природе русскости, что способствовало отчуждению людей иного этнолингвистического или религиозного происхождения и усилению чувства превосходства над ними. В то же время появилась тесная связь между русским национализмом и православием.
Тем не менее монархия не переосмыслила себя в этнических терминах. В рамках теории официальной народности, выдвинутой в 1830‐х годах, этническая принадлежность была отвергнута: согласно этой концепции, «народность» определялась как характерный для России сплав имперского господства и самодержавной монархии, при котором жители империи как единый народ добровольно передавали власть в руки государя178. В этом монархическом представлении, утверждавшем единство государя и его подданных, русский народ не был ни «этнической» нацией, где нация приравнивается к доминирующей этнической группе, ни «гражданской» нацией, определяемой в терминах гражданства доступного для всех этнических групп.
Однако в ходе XIX века значимость определения нации по языковому признаку возрастала. Особенно после 1881 года упор делался на продвижение великорусской культуры, включая русское православие. Хотя веротерпимость оставалась официальной политикой вплоть до конца имперского правления, национализм привел к ужесточению репрессивных мер против внутренних «других» России. На них были направлены миссионерские кампании Русской православной церкви, училищные советы устанавливали контроль и ограничения в отношении нерусских школ и их преподавателей, а законодатели продолжали отказывать неправославному населению в таких правах, как право на прозелитизм и светскую прессу179. Интеллектуалы, церковные деятели и чиновники все чаще рассматривали меньшинства через призму национальной и конфессиональной борьбы, что не в последнюю очередь объясняется тем, что империя столкнулась с конкурирующими национальными движениями (польским, грузинским, финским и т. д.), войнами с Османской империей и с исламскими сообществами на Северном Кавказе180. Российские государственные деятели и мыслители предсказывали постепенное слияние всех народностей империи в единый народ уже в начале XIX века, но лишь начиная с последней четверти столетия они активно стали способствовать сближению и слиянию меньшинств империи с русским населением181. При Александре III (1881–1894) дискриминация меньшинств стала практически неотъемлемой частью государственной политики182. На смену существовавшей до этого непоследовательности в политике пришла активная поддержка православной церкви, особенно в балтийских и западных губерниях183. В этих регионах продвижение русского языка сопровождалось жесткими ограничениями в отношении местных языков и культурной деятельности: польские университеты были ликвидированы, а украинский язык почти полностью подавлен в период с 1847 по 1905 год184.