Фауна птиц на территории парка очень разнообразна: обнаружено более 800 видов, 24 из них — эндемики Внрунги. Во влажных местообитаниях это цапли, ибисы, выпи, змеешейки, бакланы, водорезы, китоглавы, скопы, чайки, франколины, славки, ткачики. утки, гуси. Много пеликанов обитает в низовьях реки Рутшуру. Редкие виды птиц встречаются на различных поясах вулканического высокогорья: славка — в высокогорных болотах: нектарница Рокфеллера — в бамбуковом поясе, лесных и верещатниковых зарослях; горный астрильд и нектарница — на альпийских лугах; бананоед, франколин, земляной дрозд и китоглав — в горных лесах.
Ихтиофауна озера Эдуард сильно обеднена. Зато на территории национального парка Вирунга много беспозвоночных. Обычны змеи, среди них — питоны, кобры и зеленая мамба.
В центральном секторе национального парка около половины территории занято под плантации кофе и чая, заготовки древесины, сбор топлива и строительство жилищ. Разросшиеся рыболовецкие деревни устрожают целостности парка и сохранности его рыбных ресурсов. В этой части Вирунги происходят неконтролируемая золотодобыча и выпас скота.
Благодаря своему горному рельефу Вирунга отличается максимальным разнообразием местообитаний растений и животных на небольшой территории. Это один из самых густозаселенных районов материка. Ограниченность территории — причина переходящих одна в другую гражданских войн, что создает существенную угрозу для сохранения этого уголка дикой природы.
В настоящее время территория парка на протяжении полусотни километров соприкасается с землями национального парка Рувензори в Уганде (99.6 тысяч га) и национального парка вулканов в Руанде (15 тысяч га). Вместе с этими и другими, более мелкими по площади охраняемыми территориями, с которыми парк напрямую не граничит. Вирунга образует основу для трансграничного резервата на территории Демократической Республики Конго, Уганды и Руанды.
Уникальность природы Вирунги подчеркивается тем, что в числе первых, еще в 1979 году, она вошла в список всемирного природного и культурного наследия ЮНЕСКО, цель которого — способствовать охране памятников природы и культуры, имеющих значение для всего человечества. Тем печальнее, что в 1994 году парк внесен в Список объектов всемирного наследия, находящихся под угрозой. Причинами этого стали гражданская война в Руанде, хлынувшие на территорию парка толпы беженцев, неконтролируемое браконьерство, обезлесение и деградация природы.
Наиболее сложная ситуация сложилась в северном секторе парка — он просто опасен для патрулирования. После гражданской войны много оставленного войсками оружия попало в руки браконьеров и местного населения, что представляет угрозу как для редких животных, так и для людей.
Геология парка Вирунга. С точки зрения геологии местоположение парка выдающееся. Он лежит в пределах западной ветви Восточно-Африканского рифта — самой длинной трещины в земной коре на планете. Рифт длиной около 6 тысяч километров проходит по территории 20 стран: от Сирии в Азии до Мозамбика на юге Африки. Образование земной коры в трещине продолжается до сих пор, поэтому вдоль рифта часты извержения вулканов и землетрясения. Территория парка вытянута с севера на юг вдоль зоны разлома и состоит из трех практически изолированных друг от друга частей. Северный сектор Парка включает горы Рувензори и долину Семлики, центральный — озеро Эдуард и равнины Рвинди, Рутшуру и Ишаша к югу от него; южный сектор занимает лавовые плато Ньямлагира, Ньирагонго и северо-западную часть вулканического массива Вирунга. Все три части парка различны по происхождению и природным особенностям.
В период образования Восточно-Африканского рифта, около 2 миллионов лет назад, гранитный массив Рувензори, сложенный очень древними горными породами, оказался приподнят на высоту в 4 тысяч километров. Крутые западные склоны Рувензори обработаны ледником. Там располагаются третья, четвертая и пятая по высоте точки Африки. Высшая точка массива — покрыта вечными снегами пик Маргерита — лежит на высоте 5109 м (в англоязычной литературе эту вершину иногда также называют по имени ее первооткрывателя — Г. М. Стэнли).Растительность парка Рувензори. В горах Рувензори видно, как меняются с высотой условия жизни растений и животных, а следовательно, и высотные пояса. В предгорьях и долинах господствуют саванны. В условиях влажного и теплого климата травы на них, например пеннисетум, могут достигать высоты 3 м. Травы — отличный корм для слонов и буйволов, которых много на территории парка. На высоте 1800 — 2 300 м место саванн занимают горные постоянно влажные леса, выше, до 3 тысяч метров преобладают заросли бамбука. Эта трава может достигать высоты 30 м и цветет раз в 30 лет. На высоте более 3 тысяч метров почти всегда прохладно и туманно; здесь преобладают верещатники — древесные формы вереска с редкими розовыми цветками. В отличие от известного многим кустарничка высотой до 20 см (его много в Северной Европе и Шотландии) древесные формы вереска похожи на гигантские колючие кустарники со свисающими бородами лишайников. В болотистых долинах множество видов осоки и мхов. Выше распространены альпийские луга и также есть гигантские формы растений. Хвощи достигают двухметровой высоты, в изобилии представлены манжетка, фиалка, звездчатка, бессмертники и лилейные. После 4250 м альпийские луга сменяют голые скалы. Ледники лежат и на других вершинах.Фауна Рувензори. Центральная часть национального парка Вирунга преимущественно равнинная, поэтому получает меньше осадков. Дожди выпадают в течение всего года, но наиболее интенсивно с марта по май и с середины сентября до середины декабря, с кратковременным сухим периодом между ними. Ежегодное количество осадков составляет около 500 мм на озере Эдуард и 900 — 1500 мм на равнинах к югу от него в центральном секторе парка представлено множество видов саванной и степной растительности. В степных сообществах встречаются различные виды каперсов и молочаев, произрастает карисса съедобная — один из компонентов известного лекарства вука-вука. В низкотравных саваннах главную роль играют трава рой (отличный корм для копытных) и цилиндрическая императа. Кустарниковые саванны и редколесья состоят из различных акаций и комбретумов — их особенно много у подножия холмов Митумба, к западу от озера Эдуард. Берега многочисленных рек, впадающих в озеро, покрыты зарослями тростника и папируса.
Главный представитель животного мира горная горилла, ради охраны которой и создавался национальный парк, живет в основном на склонах горного массива Вирунга. Из 630 особей, насчитывающихся в мире, около половины обитает в настоящее время на территории парка. Их количество существенно возросло в начале XXI века в результате эффективных охранных мер.
Другие редкие виды животных образуют изолированные популяции 30 — 40 особей шимпанзе обосновались в лесах южного лавового плато Тонго, восточные равнинные гориллы, которым угрожают нелегальные фермеры и лесозаготовители, живут к северо-западу от озера Эдуард и в лесах долины Семлики, существует и небольшая реликтовая популяция окапи. На территории национального парка есть также топи, лесные свиньи, антилопы бонго, панголины и трубкозубы.
В первой трети XX века, когда национальный парк только создавался, население на его территории было малочисленно, исключение составляли племена пигмеев-охотников батва. Однако уже в конце 50-х годах население, проживающее на территории парка или вдоль его границ, существенно увеличилось. Благодаря плодородным почвам и прохладному климату, из-за чего здесь нет малярии, область Киву, на территории которой и располагается национальный парк Вирунга, занимает площадь 257 тысяч квадратных километров, является наиболее плотно заселенной в Демократической Республике Конго (в настоящее время на 1 квадратный километр приходится около 300 человек). Местные племена, например бананде, живут вдоль границ парка, у подножия гор Рувензори. Более 60 % всех границ национального парка примыкает к густозаселенным территориям.