Затем в Англии разразилась гражданская война. Парламент восстал против монарха, король был казнен, и в стране наступили суровые времена протектората Кромвеля. Внутренний конфликт в Англии (его можно рассматривать как отголосок Тридцатилетней войны) не был таким ужасным, как Тридцатилетняя война, но все же достаточно травмирующим. Англии не угрожало восстановление гегемонии католицизма, но она столкнулась с другой формой религиозного контроля, еще более фанатичной, нетерпимой, бескомпромиссной и суровой. В таких произведениях, как «Потерянный рай», Мильтон еще мог в завуалированном виде протащить идеи неоплатоников, однако в обстановке протектората масонство с его широким спектром нетрадиционных религиозных, философских и научных интересов благоразумно держалось в тени. «Невидимый колледж» оставался невидимым.

Впоследствии масоны все время подчеркивали отсутствие каких-либо политических интересов или предпочтений у своих предшественников. Постоянно повторяется тезис о том, что с самого начала масоны были аполитичными. Мы утверждаем, что в семнадцатом веке — а также на протяжении большей части восемнадцатого — масонство являлось политическим объединением. Своими корнями оно уходит в семьи и гильдии, издавна присягнувшие на верность Стюартам и монархии Стюартов. Оно проникло из Шотландии в Англию при содействии Якова I, шотландского короля, который, как полагают, был членом масонской ложи. Старые «Хартии Синклера» открыто признают покровительство и защиту, которые обеспечивала масонам корона. А в документе середины девятнадцатого века от масонов требовалось хранить верность королю и сообщать обо всех случаях предательства и обмана. То есть масонам предписывалось давать клятву верности монарху.

Отсутствие открытых заявлений в поддержку Стюартов на протяжении первых трех четвертей семнадцатого века вряд ли может служить доказательством политической апатии, безразличия или нейтральности масонства. До начала гражданской войны в таких заявлениях не было необходимости: положение Стюартов на английском троне казалось незыблемым, а верность династии была такой очевидной и воспринимаемой как должное, что не требовала открытого выражения. Во времена протектората любое проявление лояльности к Стюартам было чрезвычайно опасным. Определенные люди могли, конечно, заявлять о своей приверженности монархии, если они не выступали против власти парламента или режима Кромвеля. Однако маловероятно, что Кромвель разрешил бы наполовину тайной сети лож распространять политические взгляды, которые он считал вредными. Масонство и так уже попало под подозрение из-за своего свободомыслия, толерантности и эклектичности, что являло собой разительный контраст с суровым пуританским правительством. Объявить о своей верности Стюартам в этих условиях было бы самоубийством, а отдельные масоны уже привлекли к себе внимание печально известных следователей, которые занимались обвинениями в колдовстве. Поэтому масонство — в той степени, в которой его деятельность вообще можно проследить в эпоху Протектората — старательно и даже упорно отказывалось связывать себя какими бы то ни было политическими обязательствами.

Короче говоря, во времена гражданской войны и Протектората масоны никогда не отрекались от своей верности Стюартам. Они просто хранили благоразумное молчание. За этим молчанием скрывались старинные привязанности, не претерпевшие никаких изменений. Вряд ли можно считать совпадением, что в 1660 году, после того как монархия была восстановлена и трон занял Карл II, масонство — как само по себе, так и через Королевское общество — заняло подобающее ему место.

На фоне этих событий произошло еще одно событие, которое масоны считают одним из поворотных пунктов в своей истории. Это первое документально подтвержденное посвящение в масоны на английской земле. 20 мая 1641 года сэр Роберт Морей в Ньюкасле или его окрестностях был принят в старинную ложу Эдинбурга. Принятие Морея в ложу предполагает, разумеется, что сама ложа и некая система лож в то время уже существовала и была действующей. Именно так обстояли дела в ту эпоху. Генерал Александр Гамильтон, присутствовавший на церемонии посвящения Морея, сам был посвящен в масоны за год до этого. Тем не менее многие комментаторы последующих эпох называют Морея «первым полноценным масоном». Даже если это не соответствует действительности, его посвящение оказалось достаточно важным событием, чтобы привлечь к себе внимание ученых и вывести масонство из тени на свет, который постепенно становился все более ярким.

Вскоре после Реставрации брат Морея сэр Уильям Морей Дрегхорн стал «управляющим работами», то есть мастером «практикующих» каменщиков при дворе нового короля. Сам Морей вернулся в Лондон и занимал разные должности в суде, хотя сам никогда не был судьей. В 1661 году он стал лордом-казначеем Шотландии.

На протяжении следующих семи лет он, король и герцог Лодердейл управляли Шотландией по собственному усмотрению, хотя Морей также поддерживал тесные отношения с шотландской ветвью семьи Гамильтон. До самой смерти он оставался одним из самых близких советников короля. «Карл всецело доверял ему, и его советы всегда призывали к благоразумию и умеренности». Король нередко наносил частные визиты в его лабораторию в Уайтхолле и отзывался о нем как о «главе своей собственной церкви». Среди его коллег были такие люди, как Эвелин, Гюйгенс и Пепис, и все отзывались о нем только в превосходной степени. По утверждению энциклопедии, «его бескорыстие и возвышенность его целей признавались всеми. Он был лишен честолюбия и сам признавался, что не любил публичных мероприятий».

По свидетельству других современников, Морей был «известным химиком, страстным защитником розенкрейцеров и превосходным математиком». Именно его компетентность оказала огромное влияние на будущие поколения. Дело в том, что Морей являлся не только одним из основателей Королевского общества. Он также был его направляющей силой, или, как говорил Гюйгенс, «душой». По словам Фрэнсис Йейтс, «Морей больше любого другого человека сделал для того, чтобы основать Королевское общество и убедить Карла II взять его под свое покровительство». Морей до конца жизни считал Королевское общество своим самым главным достижением и «прилежно пекся о его интересах».

Учитывая тот факт, что сохранилось очень мало документов о масонстве семнадцатого века, можно лишь догадываться об интересах, деятельности и ориентации общества по связанным с ним выдающимся личностям. Именно таким индикатором и является Морей. Похоже, он был типичным представителем масонов семнадцатого века. Если это действительно так, то масонство этого периода может быть охарактеризовано как сплав традиций, сохранившихся благодаря шотландской гвардии и знатным шотландским фамилиям, таким как Линдсеи и Сетоны, алхимии и учения розенкрейцеров, проникших из континентальной Европы, а также различных научных и философских интересов, преобладавших в «Невидимом колледже», а впоследствии и в Королевском обществе.

Сразу же после реставрации монархии в философии и религии, в искусстве, науке и, самое главное, в архитектуре для масонства наступили спокойные времена. Расцветая, масонство само оказывало благотворное и конструктивное влияние на общество. Можно даже утверждать, что оно — благодаря все более широкому распространению и большей открытости — внесло существенный вклад в лечение нанесенных гражданской войной ран.

Тем не менее нельзя сказать, что масоны не подвергались критике. В одной из сатирических пьес-однодневок, изданной в 1676 году, содержалось такое шутливое объявление:

«Обращаем ваше внимание, что современные маги Зеленой Ленты вместе с братьями Розового Креста, знатоками герметики и Обществом действительных масонов дают обед 31 ноября на улице Ветряных мельниц…»

Однако такие веселые пасквили не могли нанести существенного вреда масонству. В то время они играли роль современных отделов светской хроники в газетах, пробуждая интерес публики и, по всей видимости, только упрочняя репутацию тех, кого они пытались очернить. В равной степени это относится и к работе доктора Роберта Плота, который в 1686 году опубликовал свое произведение «Описание Стаффордшира». Плот стремился высмеять — и даже осудить — масонство. Вместо этого он обеспечил масонам рекламу, которая оказалась чрезвычайно привлекательной для современников. Кроме того, он снабдил последующие поколения важными фактами, а также свидетельствами влиятельности института масонства.