В 1940–1941 гг. в Латвии германские спецслужбы – абвер и СД – вели активную вербовку агентуры. Советским органам госбезопасности удалось ликвидировать некоторые из них до начала войны.

Так, в марте 1941 года сотрудник комиссии по репатриации в Германию прибалтийских немцев Н. Красовский создал в Риге крупную шпионскую резидентуру, которую возглавил техник рижского завода ВЭФ Ю. В. Цеплевич. Она существовала автономно. Разведцентр рекомендовал Цеплевичу ни с какими местными националистическими группами не связываться. В задачи резидентуры входил сбор информации о частях РККА в Латвии, их боевой технике, перемещениях и т. п. С этой целью Цеплевич должен был завербовать агентов в морских портах Вентспилс и Лиепая. Для передачи сведений ему доставили две радиостанции и шифры. Радистом резидентуры был назначен агент Я. Гулбис, заведующий складом Латвийского радиокомитета. Радиоаппаратуру доставил через Рижский порт моряк германского торгового флота и агент абвера Вайсс, который завербовал Я. Гулбиса. В Лиепае был создан филиал резидентуры, который возглавил техник завода «Красный металлург» В. Скудра. Ему также была передана радиостанция⁷⁴.

Особой активностью отличалась резидентура СД под руководством бывшего ассистента химического факультета Латвийского университета Петериса-Феликса Рикардса, завербованного в январе 1941 года. (В июле 1941 года Рикардс стал одним из организаторов уничтожения коммунистов и евреев в Латвии и начальником «Латышской картотеки СД».) Под его руководством работали 18 агентов, в том числе несколько офицеров 24-го латышского территориального стрелкового корпуса РККА. Усилиями резидентуры Рикардса была создана диверсионная группа, намечены места возможной высадки немецких парашютных десантов в Рижском, Валмиерском и других уездах, созданы вооружённые отряды в Рижском, Цесисском, Елгавском, Валмиерском и Талсинском уездах. В первые дни войны они помогли немцам захватить местные учреждения власти, активно участвовали в арестах и массовых казнях советских активистов и евреев⁷⁵. Рикардс в июле 1941 года был одним из руководителей еврейских погромов в Риге⁷⁶.

При поддержке германских спецслужб в Латвии в 1940–1941 гг. было организовано несколько националистических группировок, которые занимались сбором развединформации и одновременно готовились поднять восстание против советской власти после начала германского вторжения. Во втором квартале 1941 года немецкая разведка начала массовую заброску в республики Прибалтики диверсионно-разведывательных групп и агентов-одиночек. Им были поставлены задачи: создавать склады оружия, базы и площадки для приёма парашютных десантов; устанавливать ориентиры для бомбовых ударов по военным и промышленным объектам; вербовать сигнальщиков для целеуказания авиации; организовывать антисоветские выступления; совершать взрывы и поджоги, маскируя причины их возникновения⁷⁷.

В марте 1941 года органы госбезопасности Латвийской ССР вскрыли и ликвидировали резидентуру немецкой разведки и связанную с ней антисоветскую националистическую организацию «Тевияс Саргс» («Стражи отечества»), ставившую своей задачей «объединение всех националистически настроенных сил и подготовку вооружённого восстания»⁷⁸. Группировка «Тевияс Саргс» («Стражи отечества») была создана еще осенью 1940 года по инициативе студента Латвийского государственного университета, сына крупного домовладельца Клавиньша по кличке «Ванагс» («Ястреб»). Руководство организации состояло из трех отделов. Военный отдел во главе с лейтенантом Сала, служившим в «Латышском территориальном корпусе» Красной армии, занимался сбором разведданных об РККА для немецких спецслужб и подготовкой вооруженного восстания (по их же заданию), сбором оружия и созданием подпольных повстанческих групп. Отдел агитации во главе с Залитисом, сотрудником Латвийского телеграфного агентства, нелегально издавал и распространял антисоветскую газету «Зинётайс» («Вестник») (вышло 6 номеров этой газеты), а также выпустил брошюру с речами гитлеровских идеологов о послевоенном устройстве мира. Наконец, отдел внешних сношений во главе со старшим лейтенантом довоенной латвийской армии Витиньшем поддерживал связь с гитлеровской разведкой и ее филиалом в Риге, замаскированным под «крышей» УТАГ (Организации по ликвидации имущества немецких репатриантов)⁷⁹. Группировка «Тевияс Саргс» объединила подпольные ячейки более чем в 16 населенных пунктах Латвии (в том числе в Абренском / Пыталовском уезде, впоследствии отошедшем к Псковской области). Основной целью «Стражей отечества» была подготовка к свержению советской власти. Для этого в ряде городов были созданы повстанческие отряды⁸⁰.

Немецкий резидент в Латвии Ханс Шинке, бывший владелец фирмы в Риге, представитель немецких машиностроительных трестов, направлявший деятельность этой группировки, так писал о ней в одном из донесений в свой разведцентр: «Эта организация имеет кроме военного и политическое руководство, насколько это возможно. Организация имеет отделения по всей стране, и ее члены комплектуются из офицеров и бывших айзсаргов. Образ мыслей этих людей – примерно латвийский национал-социализм… Это течение всецело отдает себя в руки Германии»⁸¹. Шинке проинформировал руководство «Тевияс Саргс» о том, что Германия планирует нападение на СССР, и именно в это время группировка должна была начать вооруженное восстание.

В мае 1941 года в Латвии, при активном участии немцев, была создана антисоветская организация «Латвияс Саргс» («Стражи Латвии»), включавшая в себя латышских националистов, «кулацкие и белогвардейские элементы». В 1940–1941 гг. боевики «Латвияс Саргс» устраивали террористические акты против советского актива, поджоги, налеты на кооперативы и сельсоветы, убивали руководителей и сочувствующих советской власти, учителей, комсомольцев и членов ВКП(б), похищали имущество, угоняли скот, проводили диверсии, выпускали листовки с призывами к борьбе с советским строем, распространяли «анонимные письма террористически-повстанческого содержания»⁸².

Другая группировка латышских националистов – «Военная организация освобождения Латвии» («Кола»), которую возглавляли Гульбис, Мелупс и Ильин, была создана примерно в то же время, что и «Тевияс Саргс», и также сотрудничала с германской разведкой. В подчинении Рижского центра «Колы» находилось несколько бригад в Даугавпилсе, Тукумсе, Добеле, Елгаве и Салдусе.

«Латышский национальный легион» (ЛНЛ) – группировка, возглавлявшаяся Таманисом, имела в своем подчинении 15 подпольных повстанческих групп по 9—10 человек в разных городах и уездах. Они были сформированы в основном из бывших офицеров и чиновников полиции, айзсаргов, яунсаргов (членов молодежного крыла организации «Айзсарги») и членов местной фашистской партии «Перконкруст» («Громовой крест»), созданной еще в начале 1930-х гг. и прославившейся еврейскими погромами в Риге и других городах Латвии⁸³.

Группировка «Латвийское народное объединение» (ЛНО) во главе с бывшим секретарем министра общественных дел Латвии Цеймурсом была создана в августе 1940 года и действовала в основном в Риге. Она поддерживала постоянную связь с немецким резидентом Кронбергом, бывшим сотрудником министерства просвещения Латвии при Ульманисе, позднее перебравшимся в Германию⁸⁴.

В Эстонии к лету 1941 года заявили о себе несколько националистических вооруженных группировок. Среди них были как мелкие отряды – к примеру, «рота Талпака» или «батальон Хирвелаана» (называвшиеся по именам своих командиров – бывших офицеров эстонской армии)⁸⁵, так и довольно крупные – во главе с майором Фридрихом (Францем) Кургом, полковниками Антсом-Хейно Кургом и Виктором Кёрном. Большинство этих группировок эстонских «лесных братьев» состояло из бывших офицеров эстонской армии и членов полувоенной организации «Омакайтсе», которая представляла собой аналог латышских айзсаргов или литовского «Союза стрелков» («Шаулю Саюнга»).