В период средиземноморской экспедиции во всем блеске проявился и дипломатический талант Федора Федоровича, который имел несомненный политический такт и проводил твердую политику, опирающуюся на русские традиции. Огромной мудрости и выдержки требовали от него, например, отношения с временным союзником и одновременно явным противником турецким правителем Янинского округа в Нижней Албании Али-пашой. В переписке, которая велась между ними довольно активно, Ушаков вежливо именовал его «высокородным и превосходительным пашой». Тот же уверял его во взаимном уважении и дружбе, хотя во многом всячески мешал адмиралу и ни на минуту не оставлял надежд воспользоваться победами как минимум поровну, а в чем-то даже обойти русских.
Чтобы вызвать у адмирала еще большее доверие, он пообещал прислать ему в помощь при осаде Корфу своего сына с шестью или семью тысячами войска. Ушаков, желая получить такого знатного заложника, писал в ответ: «Сына вашего, ежели изволите ко мне прислать, я буду беречь его, как собственного моего сына и друга, и тем докажу вам мое почтение…» Одновременно, не сомневаясь в двойной игре паши, так характеризовал его в письме русскому посланнику в Константинополе В. С. Томаре: «Человек хитрый и безмерно обманчивый… заметно из его поступков — он держит и держать будет ту сторону, которая сильнее».
Этой слабостью конкурента Федор Федорович пользовался при всяком удобном случае, являя ему свое великодушие. Однажды послал даже золотую табакерку, осыпанную бриллиантами. Но как только Корфу был взят, адмирал заговорил с ним более решительно и смело, пригрозил даже послать военный корабль к берегам Албании, чем сразу же смирил строптивого вассала Турции.
По письмам видно, как внимательно Ушаков следил и щепетильно реагировал на все тонкости в отношениях иностранцев к русским морякам, пытался разгадать их тайные и явные замыслы. В одном из писем к тому же Томаре он размышлял: «Требование английских начальников морскими силами в напрасные развлечения нашей эскадры я почитаю — не иное что, как они малую дружбу к нам показывают, желают нас от всех настоящих дел отщепить и, просто сказать, заставить ловить мух, а чтобы они вместо того вступили на те места, от которых нас отделить стараются. Корфу всегда была им приятна; себя она к ней прочили, а нас под разными и напрасными видами без нужд хотели отдалить или разделением нас привесть в несостояние…
После взятия Корфу зависть их к нам еще умножится, потому и должно предоставить все деятельности мне производить самому по открывающимся случаям и надобностям».
В письмах подробно рассказывается об устройстве правлений на освобожденных территориях, в частности в Ионической республике. И тут Федор Федорович показал настоящую дипломатическую прозорливость. Он сумел, с одной стороны, оградить интересы местного населения, с другой — не нарушить интересов Турции и не затронуть самолюбия щепетильного султанского правительства. Отдавая должное Ушакову и в этом вопросе, следует особо подчеркнуть, что принимать решения и добиваться их реализации ему приходилось большей частью самостоятельно. Ведь распоряжения, другие документы русского правительства доходили до него в лучшем случае через два месяца. И конечно же, наделенный благородством, он, вступив в мир политики, ежедневно рисковал собой.
Близилась к завершению средиземноморская экспедиция. Получив распоряжение оказать помощь англичанам в освобождении острова Мальта, Ушаков принял на корабли две тысячи гренадер, посланных Суворовым, и отправился в Сицилию с намерением дальнейшей переброски войск на Мальту. Во время перехода был получен другой приказ: прекратить боевые действия и возвращаться в свои черноморские базы. 26 октября 1800 года Федор Федорович привел эскадру в родной Севастополь, оставленный им более двух лет назад.
Ушакову после этого героического похода недолго пришлось оставаться командующим Черноморским флотом. Наступило царствование Александра I — самая мрачная пора в истории русского флота. Необходимость его совершенствования не только ставилась под сомнение, но и отрицалась вовсе. Морским учреждениям, и в частности Морскому корпусу, стремились придать сухопутный характер. Ревностным исполнителям воли государя, таким, как Мордвинов, Аракчеев и другие, на командных должностях нужны были иные люди, чем строптивый и независимый адмирал Ушаков. Брали верх и давние интриги бездарных адмиралов и всякого рода авантюристов. Зависть, сопровождавшая Федора Федоровича долгие годы, в общем-то понятна. Не имевший никакого отношения к придворным кругам, человек из российской глубинки, он достиг таких высот в службе и такого авторитета, какие большинству его недоброжелателей могли привидеться разве что в счастливом сне. Подобное не проходило бесследно.
Ушакову пеняли на то, что он не дворянин, и ему пришлось документально доказывать свое дворянское происхождение. Но с карьерой было покончено. Его перевели в Петербург и назначили главным командиром Балтийского гребного флота и начальником флотских команд. Такое оскорбительное отношение к заслугам тяготило прославленного флотоводца. Понимая, что он больше не нужен русскому флоту, Ушаков подает в отставку. Его прошения по этому поводу немногословны, но полны душевной боли. В январе 1807 года Ушаков был уволен в отставку с ношением мундира и пенсией в размере половинного жалованья. Он покидает Петербург и поселяется в деревне Алексеевка неподалеку от Санаксарского монастыря на Тамбовщине (ныне Мордовия). Там с не меньшей силой проявились его незаурядные душевные качества, милосердие и благотворительность.
Он жил в полной гармонии со всем, что его окружало, со своим мироощущением и, казалось, торопился отдать людям все свои богатства, что были получены им за безупречную службу, блестяще одержанные победы во славу Отечества. Характерно в этой связи письмо Федора Федоровича обер-прокурору Синода в апреле 1813 года, в котором на обращение императрицы Елизаветы Алексеевны он писал: «Я давно имел желание все сии деньги без изъятия раздать бедным, нищей братии, не имущим пропитания…»И отдавал все, что имел, всем, кто обращался за помощью. Из-за них у него сжималось сердце.
Сам же отставной адмирал жил скромно, много молился, поминая усопших родных и близких, соратников по службе на флоте, желал здоровья и благополучия живущим. Быть таким и поступать именно так, а не иначе — это был его личный выбор. Он ни у кого не спрашивал совета, разве только у Бога. Все делал по велению совести и строгому соответствию долголетнему опыту верного служения Родине.
Иеромонах Нафанаил в письме архиепископу Тамбовскому Афанасию вспоминал: «Оный адмирал Ушаков… и знаменитый благотворитель Санаксарской обители по прибытии своем из С.-Петербурга около восьми лет вел жизнь уединенную в собственном своем доме, в своей деревне Алексеевке, расстояние от монастыря через лес версты три… по воскресеньям и праздничным дням приезжал для богомоления в монастырь… а в Великий пост живал в монастыре в келье… Препровождал остатки дней своих крайне воздержанно и окончил жизнь свою, как следует истинному христианину и верному сыну святой церкви».
Непритязательный быт и самоотверженная деятельность Федора Федоровича Ушакова на всем жизненном пути, беззаветное выполнение сыновнего долга перед Родиной, флотом и людьми были овеяны духовной праведностью и всеохватной святостью. Такое суждение долгие годы разделяли многие. Постепенно оно приобрело общественный характер. А в 2000 году после длительного и детального рассмотрения документов и других свидетельств, связанных с именем великого сына нашего народа, каноническая комиссия Русской православной церкви причислила адмирала Ф. Ф. Ушакова к лику праведных местночтимых святых. Это признание стало одним из значимых событий в российском православии и в истории российского флота на рубеже XX и XXI веков.
В августе 2001 года в Санаксарском монастыре, где молился и погребен непобедимый флотоводец и святой праведник, прошла торжественная литургия, по свидетельству участников, грандиозная по своим масштабам, красочная, возвышенная и радостная. Несколько позже частицы мощей святого адмирала были вручены Балтийскому флоту, тогда же в Балтийске состоялись крестный ход и открытие памятника выдающемуся флотоводцу. В 2003 году воздвигнут памятный мемориал Ушакову на острове Корфу (Керкира).
