В третью группу можно включить органы судебно-административные, для которых судебная функция была главной: Поместный приказ (распределение и перераспределение поместий и вотчин, тяжбы по имущественным делам); Разбойный (с 1682 года Сыскной) уголовно-полицейские дела, тюрьмы; Земский осуществлял полицейское и судебное руководство населением Москвы.

К четвертой группе отнесем органы областного управления, создававшиеся по мере присоединения к Москве новых территорий: в XVI веке Московская, Владимировская, Дмитровская, Рязанская четверти (четвертные приказы – по числу 4), в XVII веке их число увеличилось до 6 и более, к ним прибавились наряду с другими Сибирская четверть (Сибирский приказ), приказ Малороссийский.

Органы специальных ветвей управления могут быть объединены в пятую группу: Посольский, Ямской (почтовая гоньба), Каменный (каменное строительство и каменные сооружения), Книгопечатный (со времен Ивана Грозного), Аптекарский, Печатный (государственная печать) и др. Наконец, последнюю, шестую, группу составляли ведомства государственно-церковного управления: Патриарший двор. Приказ церковных дел, Монастырский приказ.

Ключевую роль в приказной системе играл Разрядный приказ, который давал распоряжения относительно похода и содержания войска, заведовал постройкой крепостей, пограничных городов, включая их население и земли, а также ведал пограничной службой. Разряд, кроме военных, имел и административные функции по делам личного состава государственного аппарата. Этот приказ назначал наместников и волостелей, воевод, послов, судей приказов, осуществлял суд над чиновниками, не оправдавшими доверия, разбирал местнические дела. Уже во второй половине XVI века Разрядный приказ приобрел значение важнейшего приказа Русского государства. В конце XVI века ему были окончательно подчинены сохранившиеся еще от удельной раздробленности областные разряды (Новгородский, Смоленский, Рязанский), которые приобрели в дальнейшем характер военно-окружных управлений.

С деятельностью Разрядного приказа связан Поместный приказ, возникновение которого было также обусловлено ростом значения служилого дворянства. Если Разрядный приказ устанавливал поместный «оклад» (земельное жалованье за службу), то наделение («дача в оклад») осуществлял Поместный приказ. До образования этого приказа и то и другое производил Разрядный приказ.

Поместный приказ заведовал государственными землями, раздаваемыми в поместья. Всякий, кто определялся на службу, подавал в Разрядный приказ челобитную с просьбой выделить ему земельное поместье. В Разряде наводили справки о том, что он числился на службе, и что за ним еще нет земель, а затем посылали в Поместный приказ отписку или указ об отмежевании ему определенного участка земли. Пожалование официально проводилось от лица царя и Боярской думы. Царская резолюция, записанная думным дьяком, или списки на верстание были основанием для выдачи жалованной грамоты помещику и дальнейшего наделения его землей.

Особое положение занимал Челобитный приказ, возникновение которого связано с возвышением поместного дворянства и усилением власти московского царя. По решению Земского собора 1549 года дворяне и дети боярские получили право обращаться к суду самого царя. Это решение было закреплено в 64 ст. Судебника 1550 года. Для приема и разбора челобитных, поступавших на имя царя в 1550 году, был учрежден Челобитный приказ во главе с виднейшим деятелем «Избранной рады» А.Ф. Адашевым. В этот приказ поступали все челобитные на имя царя. Часть жалоб направлялась на рассмотрение царя, а другая передавалась в соответствующие учреждения. Приказ принимал апелляционные жалобы на решения должностных лиц и государственных учреждений и, следовательно, являлся своеобразным контрольным органом государства.

Укреплению централизованного начала способствовала и реформа местного управления. Система кормлений изжила себя к середине XVI века и была реформирована либеральным правительством – Избранной Радой. Начав уже с конца 1540-х годов политику ограничения кормлений, правительство пошло на полную ликвидацию этой системы в 1555–1556 году.

«С половины XV века московские государи продолжали править объединявшейся Великороссией посредством перешедшей из удельных веков системы кормлений, к которой с образованием московских приказов присоединилось быстро размножавшееся дьячество. То и другое к половине XVI века сомкнулось в плотный приказный строй, кормивший пеструю толпу бояр и дворян с их холопами, дьяков и подьячих из тех же дворян, а наиболее «из поповичей и простого всенародства», по выражению князя Курбского. В противовес этой приказной администрации, своими кормёжными привычками совсем не отвечавшей задачам государства, и были поставлены в областном управлении выборное начало, а в центральном – правительственный набор: тем и другим средством открывался постоянный приток в состав управления местных общественных сил, на которые можно было возложить безвозмездную и ответственную административно-судебную службы» [Ключевский В.О.: Том 2, С. 528–529. История России, С. 21921–21922]

Власть «кормленщиков» была заменена местным земским самоуправлением. Впервые в России самим гражданам предоставлялось право избирать органы местного самоуправления, что было значительным шагом вперед, по пути демократизации государственного строя. На территории страны создавались два типа учреждений – земские и губные избы. К службе в этих органах привлекались свободные, неопороченные по суду граждане, избираемые населением.

Губные органы стали устанавливаться с 1530-х годов, ещё при наместничьем правлении, уничтоженном в 1555 году. Эти выборные органы вводились сначала не везде, а только в ряде мест, по просьбам населения («по грамотам»), для борьбы с разбойничьими шайками, наводнившими страну во время малолетства Ивана Грозного. Уголовно-полицейский округ, в котором преследование лихих людей предоставлялось самому обществу, назывался губой. С середины XVI века были выделены губные округа (волости, а впоследствии уезды) и повсеместно введены губные органы местного управления. Распространившись на все уезды, губное управление образовало сложную сеть руководящих и подчиненных полицейских органов, раскинувшуюся по всему уезду.

В каждом губном округе из грамотных дворян или детей боярских выбирался губной староста. Он избирался на всесословном уездном съезде, но только из служилых людей, по одному или по два на уезд. Для утверждения в должности избранный являлся в Разбойный приказ, где получал соответствующий наказ. Губные старосты вели дела вместе с губными целовальниками, которых выбирали из своей среды одни тяглые люди, посадские и сельские, в прежних мелких губных округах, посадах, волостях, станах и селах. Старостам подчинены были сотские, пятидесятские и десятские, выбиравшиеся по сотням, полусотням и десяткам, полицейским участкам, на которые делились по числу дворов губные округа.

При каждом губном старосте во второй половине XVI века появилась губная изба. Губные избы стали играть важную роль в системе местного управления. В их функции входило преследование взяточников, наблюдение за подозрительными личностями, разбирательство дел о душегубстве, о татьбе с поличным, о поджоге, изнасиловании, о совращении из православия. В ведении губных властей находились и тюрьмы. Штат губной избы, который занимался делопроизводством, первоначально состоял из губного старосты, десятских и «лучших людей». Вскоре штат был изменен, и теперь при губном старосте состояли губной дьяк и до 4 «целовальников», которых избирали из крестьянской и посадской верхушки и утверждали на месте «целования креста» с обещанием верной службы. В их ведении находились уголовные дела, в том числе полицейские (поимка преступников), судебные, заведование тюрьмами. Впоследствии, в ряде мест, в особенности в центральных уездах, где сильна была поместно-вотчинная система, губные органы сосредоточили в своих руках все местное управление.