После почти тридцати лет управления государством великий князь Василий III сосредоточил в своих руках огромную власть. Современники недаром бранили его за то, что он решает все дела с несколькими ближайшими советниками – «сам-третей у постели» – без совета с Боярской думой. При Василии III в состав думы входили примерно 11-12 бояр. Добрую половину членов думы: двое Шуйских, двое Горбатых, Андрей Ростовский, дворецкий Иван Кубенский-Ярославский – составляла коренная суздальская знать. Из старомосковских родов боярский чин имели трое Морозовых, Воронцов и Юрьев-Захарьин.

Статус Боярской думы – органа аристократического управления, сохранялся неизменным, но ее фактическая роль в управлении государством менялась. В период правления Ивана IV Васильевича изменился социальный состав Думы. Если прежде в ней заседали с царем думные бояре и окольничие, т.е. существовало два думных чина и их получали только бояре, то теперь появились два новых чина – думные дворяне и думные дьяки, корпус которых формировался на основе не принципа родовитости, а по личным служебным заслугам. Оставаясь аристократическим органом Дума постоянно увеличивала свой состав за счет низших чинов – думных дворян и думных дьяков. В период с 1547 по 1549 год состав Думы обновился и пополнился. В эти годы число думских чинов выросло до 32 человек, из них 18 стали членами Думы.

Первыми в состав думы вошли руководители Казенного приказа – двое казначеев и хранитель большой государственной печати – «печатник». В 1560-х годах думными дьяками стали разрядный, поместный и посольский дьяки. Они постоянно присутствовали на заседаниях думы и докладывали дела. Боярская дума контролировала деятельность приказов, периодически посылая туда окольничих и бояр. По существу, приказы стали разветвленной канцелярией думы. С образованием приказной системы Боярская дума окончательно конституировалась в высший орган государственной власти.

Из состава боярской Думы стала выделяться «ближняя дума» из особо доверенных лиц царя (в том числе не имеющих думского чина), с которыми он предварительно обсуждал и принимал решения по вопросам государственного управления. Почти все деятели Избранной Рады стали членами Думы. Функции Думы не были четко определены, основывались на обычном праве, традиции и определялись формулой «государь сказал, и бояре приговорили». К ее компетенции относились вопросы внутренней и внешней политики, суда и администрации. Отдельные самостоятельные указы царя, как правило, объясняются необходимостью оперативного решения какого-либо вопроса или его относительной незначительностью, а боярские приговоры без указа царя – соответствующим поручением или междуцарствием. Дума из органа совещательного превратилась в орган совещательно-законодательный, ведавший обширным кругом судебных и административных дел. Законодательное право Думы, по утверждению В.О. Ключевского, было впервые подтверждено «Судебником» (1550), статья 98-я которого гласила: «А которые будут дела новые, а в сем «Судебнике» не написаны, и как те дела с государева докладу и со всех бояр приговору вершатся, и то дела в сем «Судебнике» приписывати». Это не означало, что государь не мог без Думы решать дела или издавать законы. Но, как правило, заседания Думы проходили в присутствии царя: «сидения царя с боярами о делах», либо по указу и полномочию царя в его отсутствие. Заседала Боярская дума в царском дворце, когда 3 раза в неделю (по свидетельству Дж. Флетчера в конце XVI века), когда «всякий день», «с утра рано и после обеда в вечерни» (по свидетельству Г. Котошихина во второй половине XVII века). По заведенному распорядку члены Думы делили с царём и все его обыденные дела: обедали, ходили в церковь, почивали после обеда. К концу XVII века Дума разрослась, достигнув при Фёдоре Алексеевиче 167 человек. Дума, как институт государственной власти была ликвидирована Петром I.

В течение XVI века между великокняжеской властью и Думой шел довольно бурный «диалог» о праве участвовать в управлении государством, ограничивать самовластье единодержавного монарха. Особенно сильные опалы и казни члены Боярской думы и вообще родовитое боярство пережили при Иване IV Грозном, который не хотел «держать при себе советников умнее себя». Не случайно потом, во время Смуты, набравшая силу Боярская дума брала с избираемых царей крестоцеловальные записи («письма»), «чтобы им быти не жестокими и не опальчивыми и мыслити о всяких делах с бояры и с думными людьми сообща, а без ведома их тайно и явно никаких дел не делати». Такую «крестоцеловальную грамоту» подписывал, к примеру, Василий Шуйский.

После смерти Ивана IV значение Боярской думы опять возросло. Она играла заметную роль в отдельные периоды иностранной интервенции и крестьянской войны начала XV века. В правление боярского царя Василия Шуйского (1606–1610), кроме Боярской думы, в Москве существовала особая Дума в тушинском лагере. После свержения Василия Шуйского 17 июля 1610 года к власти пришла Боярская дума, и фактическое управление государством осуществляла группировка из семи наиболее влиятельных членов Думы (Ф. И. Мстиславского, И.М. Воротынского, А.В. Трубецкого и др.). Это боярское правление получило у современников наименование «семибоярщины». В договорах, заключенных с польскими интервентами 4 февраля и 17 августа 1610 года, бояре пытались подчеркнуть возросшую значимость Боярской думы.

Учреждение земских соборов означало установление в России сословно-представительной монархии, характерной для большинства западноевропейских государств. Сословно-представительная монархия, социальной базой которой выступало служилое сословие – дворянство и население городов, т.е. те социальные слои общества, которые в наибольшей степени были заинтересованы в сильном централизованном государстве, обретает свою институциональную основу в виде Земских соборов или «советов всея земли», которые явились новым органом центрального управления.

Спецификой сословно-представительных органов в России было то, что роль «третьего сословия» (городских буржуазных элементов) в них была гораздо слабее и в отличие от некоторых аналогичных западноевропейских органов земские соборы не ограничивали, а укрепляли власть монарха. Представляя более широкие, чем Боярская дума, слои господствующих верхов, земские соборы в своих решениях поддерживали московских царей. В противоположность ограничивавшей единодержавие царя Боярской думе земские соборы служили орудием укрепления самодержавия.

Появление земских соборов относится к середине XVI века. В конце 1540-х – начале 1550-х годов в Москве состоялось четыре расширенных совещания Боярской думы и освященного собора с участием других представителей господствующего класса. Сохранились довольно подробные сведения о земском соборе, собранном во время Ливонской войны в 1566 году. Потребность в созыве земского собора была обусловлена рядом причин, среди которых создание коалиции Ливонского ордена с Польшей, Швецией и Данией, первые неудачи войны, и предложенный Польшей невыгодный мир. Сохранившаяся приговорная грамота собора дает возможность определить его состав. Собор состоял из Боярской думы (30 чел.), духовенства (32 чел.), дьяков и приказных (33 чел.), дворян (20 чел.) и торговых людей (75 чел.). Последние две группы, по-видимому, еще не избранные на местах, а приглашенные на собор Боярской думой, составляли почти три четверти, и определили те социальные силы, которые в будущем играли наиболее активную роль в истории земских соборов.

Крайне скудны сведения о соборах 1570–1580-х годов. После смерти царя Федора Ивановича в начале 1598 года был собран земский собор, на котором присутствовало 417 чел.: члены Боярской думы, верхи духовенства во главе с патриархом, дворяне и посадские. Ввиду прекращения старой династии Рюриковичей по предложению патриарха собравшиеся «обрали… на царство» Бориса Годунова. В начале XVII века, в годы польско-шведской интервенции и народных волнений, земские соборы носили характер узких по составу, наспех собранных заседаний, выдававших свои решения за мнение «всей земли». Очень пестрое по классовому составу совещание, собранное Д. Пожарским в Ярославле во время похода второго ополчения на Москву в 1612 году, называло себя также земским собором («Советом всея земли»).