Грустный, унылый шел о. Алексий по лаврскому двору после того, как получил весть о своем переводе. Вдруг навстречу ему идет блаженный старец Паисий и ласково говорит: «Чего грустишь, душечко?.. Вспомни Христа Спасителя… Как Его безжалостно били, как заушали, плевали в Него. И не Он ли претерпел позорную крестную смерть? А всё ради кого? Ради нас, душечко…» Отцу Алексию стало легче после такого наставления. «Значит, такова воля Божия», – подумал он и, уже спокойный, стал собираться к переезду в Преображенскую пустынь.

В Преображенской пустыни о. Алексий прожил четыре с половиной года. Здесь ему жилось спокойно. Сестры Степановы сюда не являлись. Вспоминая в конце жизни о проведенном в Преображенской пустыни времени, о. Алексий говорил: «Это было самое лучшее время в моей жизни. Я там всегда помнил о смерти». Отцу Алексию напоминали о смерти находящееся в Преображенской пустыни братское кладбище и часто погребаемые там умершие. 15 ноября 1895 года постановлением Духовного Собора Лавры о. Алексий из Преображенской пустыни переведен в Голосеевскую пустынь на должность ризничего. В этой должности, будучи вместе с тем духовником – старцем лаврской братии и приходящих богомольцев, преподобный Алексий и окончил свои дни.

В Голосеевской пустыни преподобный Алексий прожил 21 год 3 месяца и 24 дня. Главными его обязанностями здесь были очередное богослужение, наблюдение за ризницей и духовничество. Духовничество и наблюдение за ризницей о. Алексий не оставил до конца своих дней, а от очередного богослужения он освободился ввиду болезненного состояния всего за год до смерти. Первые годы пребывания в Голосеевской пустыни о. Алексий проводил обычно, как и все прочие иеромонахи: совершал богослужения, смотрел за порядком в церкви и исповедовал приходящий народ. Одним разве он отличался от других – это воодушевленным чтением поучений после запричастного стиха. Но с течением времени мудрыми советами, вовремя сделанными предупреждениями он стал обращать на себя внимание православных людей: сначала прилегающих к пустыни селений, затем Киева и, наконец, всей необъятной России. О преподобном Алексии знали и в Петрограде, и в Москве, и на Кавказе, и в Сибири, и на Дону. Он был известен и в городах, и в селах, и в монастырях. Такую широкую известность о. Алексия нетрудно объяснить: посещавшие во множестве Киево-Печерскую Лавру богомольцы знакомились здесь с о. Алексием и, обласканные, успокоенные им, разносили весть о нем по всем уголкам нашего обширного отечества. В последние годы жизни преподобного Алексия у дверей его кельи ежедневно можно было видеть несколько посетителей, приходивших к нему за советами, за облегчением своего горя, с просьбами за живых и умерших. Ничто не удерживало посетителей о. Алексия: ни холод, ни жар, ни дождь, ни снег; к преподобному Алексию шли и летом, и зимой, и ранней весной, и поздней осенью, но более всего старец был обременяем посетителями летом, когда ничто не препятствовало путешествию в Голосеевскую пустынь.

У кельи преподобного Алексия можно было встретить и священников, и монахов, и мирян. К о. Алексию приходили и богатые и бедные, и знатные и незнатные, ученые и необразованные, заботящиеся о своем спасении и забывшие о том, как нужно угождать Богу… Но больше всего у кельи преподобного толпилась беднота, которую питал он не одним словом Божиим, но и хлебом насущным. Отец Алексий всех одинаково принимал, всех старался обласкать, каждому чем-либо помочь. И действительно, он помогал страждущим людям. В келью его люди входили расстроенные, с мрачными лицами, взволнованные, а выходили спокойными, умиротворёнными, со слезами радости на глазах.

У старца Алексия искали умиротворения своей совести не одни паломники и монахи, но и архипастыри, и даже Киевские митрополиты. Так, Черниговский архиепископ Антоний вызвал о. Алексия к себе в Чернигов в апреле 1911 года для предсмертной духовной беседы и на его руках предал дух свой Богу. Голосеевская пустынь есть не что иное, как дача Киевских митрополитов, где они летом отдыхают от своих архипастырских трудов. В течение пребывания о. Алексия в Голосеевской пустыни на Киевской митрополичьей кафедре сменилось четыре архипастыря: Высокопреосвященные Иоанникий Руднев (1891–1900 гг.), Феогност Лебедев (1900–1903 гг.), Флавиан Городецкий (1903–1915 гг.) и Владимир Богоявленский (1915–1918 гг.). Двое из них, особенно продолжительно пребывавшие на Киевской кафедре, – митрополит Иоанникий и митрополит Флавиан имели о. Алексия своим духовником, а митрополит Владимир несколько раз просил молитв у о. Алексия.

В 1896 году вся Россия трепетно и радостно ожидала открытия мощей великого угодника Божия, более 200 лет нетленно почивавшего в Чернигове, святителя Феодосия. Задолго до этого события начали собираться со всех концов православные люди в скромный доселе город Чернигов, а ко дню самого открытия святых мощей – 9 сентября – город принял вид волнующегося человеческого моря. Прибыл в числе почетных гостей и митрополит Киевский Иоанникий. Его сопровождал о. Алексий. В то время слава о его подвижнической жизни, даре прозорливости и удивительном смирении разнеслась далеко за пределы его родного города Киева.

Отцу Алексию как одному из самых уважаемых и почётных гостей было поручено переоблачить святые мощи. С великим благоговением совершив их переоблачение в пещере, где почивали они, старец погрузился в молитву – и тут ему, как бы в тонком сне, предстало дивное видение. В великой славе предстал ему сам угодник Божий и сказал: «Спасибо тебе за то, что потрудился для меня. Поминай на проскомидии моих родителей – иерея Никиту и Марию». – «Святитель Божий, – отвечал пораженный старец, – как же я, грешный, дерзну молиться о них, когда сам ты пребываешь в такой славе у Господа?» – «Поминай их при принесении Бескровной Жертвы, – снова повторил святитель, – ибо это выше моих молитв». Видение закончилось. Не чувствуя себя достойным подобного откровения и не доверяя себе, старец, несмотря на поздний час, поспешил к владыке митрополиту и, павши ему в ноги, поведал о бывшем с ним.

Внимательно выслушал мудрый архипастырь взволнованного старца и успокоил его, говоря: «Верю, что Господь устами святителя Феодосия поистине открыл тебе великую тайну безмерной Своей милости, даруемой Им людям через нас, недостойных пастырей, при совершении Божественной литургии и принесении Бескровной Жертвы. До времени умолчи о бывшем тебе видении, молись, как заповедал тебе угодник Божий, а там Сам Господь имиже весть судьбами поможет тебе утвердиться в виденном».

Нужно же сказать, что ни память народная, ни история не сохранили имен родителей святителя Феодосия. Слова владыки оказались пророческими. Прошло несколько лет, и в одном из самых древних киевских монастырей – Выдубицком – был найден Синодик из рода Углицких и в нем собственноручная запись святителя Феодосия, бывшего в том монастыре игуменом, имен его родителей: иерея Никиты и Марии.

Когда мы переходим к частной жизни о. Алексия, то здесь мы оказываемся пред большим затруднением: подвиги преподобного Алексия были сокрыты от посторонних глаз, и для нас была открыта только внешняя сторона его жизни.

Келья о. Алексия в Голосеевской пустыни была скромна. Она состояла из трех маленьких комнаток. Обстановка этих комнаток бедна. Несколько икон, из которых он почитал особенно одну. Это икона Божией Матери, которой благословила его мать; диванчик, на котором принимал почетных гостей, перед диванчиком ничем не покрытый столик, на нем постоянно лежало Евангелие на славянском языке больших размеров; этажерка для книг, стол для трапезы, кровать с постоянно поднятым матрацем, на которой о. Алексий, кажется, никогда не спал; медный умывальник с металлическим тазиком и несколько простых тумбочек – вот всё, что составляло обстановку кельи о. Алексия.