Возблагодаривши Господа, владыка ушел в алтарь разоблачаться, а Мария Кузьминична с исцеленным сыном осталась наедине. Она не знала, что делать: ее сердце было полно благодарности и к Милосердному Господу; она готова была упасть и к ногам чудотворца владыки; ей хотелось расцеловать и исцеленного дорогого сына…

После исцеления отрока от немоты вопрос о его воспитании был решен легко Марией Кузьминичной. «Если владыка Филарет исцелил моего Володю от немоты, то пусть укажет он мне, как ему дать и дальнейшее воспитание» – так она рассуждала. А владыка Филарет сказал Марии Кузьминичне, чтобы своего сына Владимира отдала на дальнейшее воспитание в Лавру. И вот 2 июля 1853 года Владимир Шепелев, имея 13 лет от роду, напутствуемый благословением матери, поступает в Киево-Печерскую Лавру, сначала в качестве послушника митрополита Филарета.

Владыка Филарет принял очень близкое участие в судьбе своего нового юного послушника. (Тем более естественно было митрополиту Филарету заботиться об отроке Владимире, что мать последнего скончалась через четыре дня после его поступления в Лавру – 6 июля 1853 года.) Он весьма был близок к Киевской духовной академии и к Киевскому университету. Профессора того и другого учебного заведения часто заходили к владыке. Некоторые из них по просьбе митрополита занимались науками с отроком Владимиром. Следы этих занятий были заметны в преподобном Алексии даже в последние годы его жизни. Батюшка о. Алексий знаком был с русской литературой, хорошо знал русскую церковную и гражданскую историю, сведущ был в медицине; нечего уж говорить о Священном Писании, житиях святых и святоотеческой литературе, которые он читал до последних дней своей жизни. Есть основания думать, что он был знаком, а может быть, и хорошо знал латинский язык. Но, заботясь об умственном образовании послушника Владимира, владыка Филарет не забывал и о нравственном его воспитании. Особенно учил его делу милосердия. Митрополит Филарет имел обыкновение перед большими праздниками лично раздавать милостыню бедным жителям Киева.

Зиму Владимир обычно жил в Лавре, а летом с владыкой митрополитом и старцем Парфением уезжал в Голосеевскую пустынь. Но вот старец Парфений отошел к Господу. Это случилось 25 марта 1855 года. Стал и владыка Филарет готовиться к отшествию в иной мир. Болезни его тела говорили ему, что и его день смерти недалек. (Митрополит Филарет скончался в 1857 году.) Нужно было поэтому владыке Филарету подумать об устройстве подросшего уже Владимира в Лавре, вне своих покоев, чтобы он мог и после его смерти жить в святой обители, сделавшейся для него вторым отеческим домом. Побуждаемый такими размышлениями, митрополит Филарет благословил Владимира подать прошение в Духовный Собор Лавры о зачислении его в число послушников Киево-Печерской обители. Резолюцией Духовного Собора от 25 февраля / 6 марта 1856 года просителю дозволено было трудиться в числе временных послушников Лавры при типографии. Благочестивейший Архипастырь, прочитав молитву пред надеванием подрясника, своими руками облачил Владимира в подрясник. Послушник Владимир теперь оставил покои митрополита и поселился в братских кельях. С этого времени для Владимира Шепелева наступает новый период его жизни. Тогда ему шел семнадцатый год.

15 апреля 1857 года Владимир Шепелев был зачислен Духовным Собором в число действительных послушников Лавры с оставлением его на прежнем послушании – при типографии. При типографии послушание Владимира шло прекрасно. Он аккуратно исполнял все обязанности и все возлагаемые на него поручения, посещал церковные службы и занимался чтением полезных книг. Но всякому подвижнику диавол старается ставить на пути спасения преграды. Пришлось и послушнику Владимиру испытать от врага человеческого спасения искушение.

Во время послушничества Владимира Шепелева часто появлялся среди лаврских богомольцев Христа ради юродивый странник Иван Григорьевич, по прозванию Босый, по фамилии – Ковалевский. Это был человек прозорливый. И вот встречает однажды этот странник послушника Владимира на монастырском дворе и говорит ему: «Берегись, прекрасный Иосиф, женского пола, как огня берегись… не то они тебя скоро погубят». – «Да я и так никогда не смотрю на них», – стыдливо ответил молодой послушник. «А теперь и подавно от них отвернись: скоро они по твою душеньку в Лавру приедут». Как сказал Христа ради юродивый, так и случилось. Через месяц после указанного разговора приезжает в Лавру знакомая семье Шепелевых помещица и начинает употреблять всевозможные усилия, чтобы вытянуть молодого человека из монастыря с целью выйти за него замуж. И хотя послушник Владимир не выражал никакого желания оставить Лавру, светские его родственники, не понимавшие высоты монашеского служения, настаивали на этом. И только авторитетное вмешательство в это дело наместника Лавры, которым тогда был архимандрит Варлаам, облагоразумило родственников послушника Владимира и остудило пыл себялюбивой помещицы. Владимир по-прежнему пребывал в Лавре, оставаясь послушником до 1872 года, когда ему дали монашество. Пред своим пострижением в монашество послушник Владимир съездил в Воронеж поклониться святителю Митрофану, во время открытия мощей которого архиепископ Антоний предсказал его рождение. Отслужил тогда в Воронеже он панихиду и над могилой архиепископа Антония.

Архимандрит Варлаам, наместник Лавры, знал любовь послушника Владимира Шепелева к его благодетелю, приснопамятному митрополиту Филарету и потому, намереваясь постричь Владимира в монашество, на бумаге предназначил ему имя в монашестве – Филарет. Но вот наступил и день пострижения – Великий Четверг Страстной седмицы 1872 года, 13 апреля. Пострижение совершал сам архиепископ Варлаам в Антониевой церкви Ближних пещер. Когда в чине пострижения подошло время назвать Владимира новым именем, архимандрит Варлаам забыл то имя, которым решил назвать Владимира в монашестве, а какой-то тайный голос подсказал ему другое имя: Алексий. Так он после минутной борьбы с собой и назвал Владимира Алексием в честь Алексия, человека Божия, празднуемого 17 марта.

После пострижения о. Алексия в монашество его скоро, 12 сентября того же года, из типографии перевели на послушание записчика в больничный Николаевский монастырь – так называется один из храмов Киево-Печерской Лавры, имеющий своего особого настоятеля, подчиняющегося непосредственно Духовному Собору Лавры. Здесь о. Алексий получил в год своего пострижения в монашество, в день памяти святителя Митрофания Воронежского, 23 ноября, посвящение в сан иеродиакона. Святой Митрофан Воронежский был как бы Ангелом преподобного Алексия: в день открытия мощей святителя Митрофана мать о. Алексия получила предсказание о его рождении, исцеление о. Алексия от немоты произошло в Митрофаниевской церкви, и посвящение в сан иеродиакона о. Алексия совершилось опять в день памяти святителя Митрофания Воронежского.

Записчиком при Николаевском монастыре о. Алексий был до 23 декабря 1874 года, когда он был назначен ризничим того же монастыря. От времени служения о. Алексия иеродиаконом при Николаевском монастыре осталось одно вещественное доказательство его духовного настроения в тот период его жизни. Еще до сих пор сохраняется в алтаре Николаевской церкви подаренный туда преподобным Алексием серебряный стаканчик для запивки после Святого Причастия с надписью: «За упокой иерод. Алексия (Шепелева)». Этот стаканчик говорит о том, что преподобный Алексий уже тогда думал о смерти и старался молитвою и добрыми делами приготовлять себя к достойной ее встрече.

6 декабря 1875 года о. Алексий был возведен митрополитом Арсением в сан иеромонаха. Это рукоположение состоялось неожиданно как для самого о. Алексия, так и для окружающих его. 6 декабря, день святителя Николая, был престольным праздником в Николаевском монастыре. В 1875 году в этот день здесь выразил желание служить митрополит Арсений. К этому торжественному дню по указанию лаврского начальства готовились к рукоположению: один монах – в сан иеродиакона и один иеродиакон – в сан иеромонаха. Но вот за несколько дней наместник Лавры, архимандрит Варлаам, видит сон. Ему является святитель Николай и приказывает представить к рукоположению в иеромонахи иеродиакона Алексия. Архимандрит Варлаам рассказывает сон митрополиту Арсению. Митрополит, выслушавши рассказ, распорядился намеченного к рукоположению на 6 декабря иеродиакона оставить до другого праздника, а вместо него подвести иеродиакона Алексия. Так неожиданно и чудно состоялось рукоположение в сан иеромонаха. На него возложили новое послушание, которое он потом нес при разных храмах Лавры до конца своих дней, – это духовничество.