Действие романа, по мнению большинства исследователей, происходит весной 1929 года – это время, когда начинает разворачиваться машина сталинского террора: московские сцены романа буквально пронизаны присутствием набирающих силу «органов». Оно столь же ощутимо, сколь и невидимо: возможно, причиной тому были надежды на публикацию или художественная интуиция, подсказывающая, что НКВД присутствует в обыденной жизни москвичей именно как фигура умолчания, «те-кого-нельзя-называть». Так или иначе, в романе органы госбезопасности не упоминаются ни разу, даже через эвфемизмы (хотя встречается милиция, также входящая в эти годы в структуру НКВД), и вместе с тем их присутствие всепроникающе и физически ощутимо. Это ощущение создается языковыми средствами и действиями персонажей, которые совершенно типичны и понятны для современного Булгакову читателя – даже без упоминания инстанций, эти действия спровоцировавших. Математик Виктор Маслов в статье о романе показывает, что невидимое присутствие органов воздействует на язык романа, как металл на стрелку компаса: Аннушку «выпроводили», Никанору Ивановичу «намекнули», Варенуха собирается нести документы «туда», а Римский пытается «туда» позвонить – для читателя, живущего в том же мире, что и булгаковские герои, не требуется специальных пояснений, что означает это «туда» и кто именно намекает и выпроваживает. Бездомный и Берлиоз при виде иностранца сразу думают, что это шпион и «его нужно разъяснить», – и, когда Берлиоз собирается, прервав беседу с Воландом, сбегать на угол и «звякнуть» по телефону, опять же нет никаких сомнений, куда именно и с какой целью он намеревается позвонить. Таинственные исчезновения посетителей «нехорошей квартиры» никак не объясняются – но опять же всем понятно, что виноваты в них вовсе не происки потусторонних сил. При этом органы в каком-то смысле оказываются не менее опасными и могущественными, чем дьявольская свита: Воланд с подручными препятствует всем персонажам, которые пытаются послать сигнал «туда»; барона Майгеля, «ознакомителя с достопримечательностями», который предлагает Воланду свои услуги, заманивают на бал, разоблачают как «наушника и шпиона» и убивают; Бегемот отстреливается от нагрянувшей в квартиру милиции, раскачиваясь на люстре. Отношения компании Воланда и «органов» – это никак не расправа сил зла над простыми смертными, а скорее битва двух равноправных спецслужб.

Единственный сотрудник госбезопасности, открыто представленный в романе, – это Афраний, начальник тайной полиции в иерусалимских главах. По мнению Бориса Гаспарова и Лидии Яновской, именно под этим видом (или в этом обличье) скрывается Воланд, – по его собственному признанию, свидетель событий, описанных в романе Мастера. Именно Афраний конвоирует Иешуа к месту казни, а потом расправляется с предателем Иудой; видимо, сочетанием этих двух функций и определяется отношение автора «Мастера» к тайной полиции, советской или иудейской, – она вызывает страх, ее деяния жестоки и несправедливы, но иногда именно они восстанавливают баланс добра и зла. Это те самые тени, о которых Воланд говорит Левию Матвею, – часть необходимого зла, без которого невозможно представить мир.

Мастер и Маргарита покидают Москву вместе с Воландом и его свитой – и переходят в иное, посмертное существование. Левий Матвей говорит Воланду, что Мастер не заслужил света, а заслужил покой – это та самая участь, о которой просит для Мастера Иешуа. Атрибуты этого покоя подробно описаны сначала Воландом, а затем Маргаритой, ведущей Мастера к его вечному пристанищу: дом среди цветущих вишен, венецианское окно и вьющийся виноград, горящие свечи и музыка Шуберта. Это не просто абстрактный вечный покой – а теплый домашний уют, о котором так тосковал Мастер (и его создатель). В этом обещании слышится важная для Булгакова пушкинская нота – «на свете счастья нет, но есть покой и воля»; но есть в нем и смутно-тревожный отзвук, связанный с давним сном Маргариты, в котором ей является томящийся в психиатрической лечебнице Мастер. В финале романа по дороге к своему будущему жилищу Мастер и Маргарита переходят «каменистый мшистый мостик» – и именно этим словом обозначена важная деталь ее давнего тревожного сна:

В том страшном сне Мастер появляется не в венецианском окне, увитом виноградом, а в дверях унылого и страшного бревенчатого здания, напоминающего «баньку с пауками», с которой сравнивал вечность один из героев Достоевского. О вьющемся винограде и музыке Шуберта рассказывает Мастеру Маргарита, сам он не видит места, куда они направляются, мы знаем лишь, что в этот момент его «беспокойная, исколотая иглами память стала потухать». Кто-то отпускает Мастера на свободу – но мы так и не уверены до конца, чем обернется для него эта посмертная свобода, как не уверен в своей окончательной правоте Иешуа, как не уверен в своем фатальном решении Пилат, как не уверен был Булгаков в судьбе своего романа, как не уверены его читатели, сегодняшние и будущие, в том, что этот роман может быть до конца понят.

Однажды весною, в час небывало жаркого заката, в Москве, на Патриарших прудах, появились два гражданина. Первый из них, одетый в летнюю серенькую пару, был маленького роста, упитан, лыс, свою приличную шляпу пирожком нес в руке, а на хорошо выбритом лице его помещались сверхъестественных размеров очки в черной роговой оправе. Второй – плечистый, рыжеватый, вихрастый молодой человек в заломленной на затылок клетчатой кепке – был в ковбойке, жеваных белых брюках и в черных тапочках.

Первый был не кто иной, как Михаил Александрович Берлиоз, председатель правления одной из крупнейших московских литературных ассоциаций, сокращенно именуемой МАССОЛИТ, и редактор толстого художественного журнала, а молодой спутник его – поэт Иван Николаевич Понырев, пишущий под псевдонимом Бездомный.

Попав в тень чуть зеленеющих лип, писатели первым долгом бросились к пестро раскрашенной будочке с надписью «Пиво и воды».

Да, следует отметить первую странность этого страшного майского вечера. Не только у будочки, но и во всей аллее, параллельной Малой Бронной улице, не оказалось ни одного человека. В тот час, когда уж, кажется, и сил не было дышать, когда солнце, раскалив Москву, в сухом тумане валилось куда-то за Садовое кольцо, – никто не пришел под липы, никто не сел на скамейку, пуста была аллея.

– Дайте нарзану, – попросил Берлиоз.

– Нарзану нету, – ответила женщина в будочке и почему-то обиделась.

– Пиво есть? – сиплым голосом осведомился Бездомный.

– Пиво привезут к вечеру, – ответила женщина.

– А что есть? – спросил Берлиоз.

– Абрикосовая, только теплая, – сказала женщина.

– Ну, давайте, давайте, давайте!..

Абрикосовая дала обильную желтую пену, и в воздухе запахло парикмахерской. Напившись, литераторы немедленно начали икать, расплатились и уселись на скамейке лицом к пруду и спиной к Бронной.

Тут приключилась вторая странность, касающаяся одного Берлиоза. Он внезапно перестал икать, сердце его стукнуло и на мгновенье куда-то провалилось, потом вернулось, но с тупой иглой, засевшей в нем. Кроме того, Берлиоза охватил необоснованный, но столь сильный страх, что ему захотелось тотчас же бежать с Патриарших без оглядки. Берлиоз тоскливо оглянулся, не понимая, что его напугало. Он побледнел, вытер лоб платком, подумал: «Что это со мной? Этого никогда не было… сердце шалит… я переутомился. Пожалуй, пора бросить все к черту и в Кисловодск…»