В КИД вёлся тщательный учёт всех «цифр». Их перечень, списки лиц, кому они были разосланы, от кого получены назад отдельные экземпляры, на каком языке были составлены, и другие необходимые сведения заносились в особые реестры.

Если экземпляр шифра кем-то из корреспондентов терялся или возникало подозрение, что шифр оказывался известен врагу, то немедленно издавался императорский указ о выведении этого шифра из действия и замене его другим. Этот указ сразу же рассылался всем корреспондентам, входившим в данную сеть связи.

Соблюдению тайны шифропереписки в КИД уделялось большое внимание. Рассуждая «о наилучшем содержании в секрете всех в секретной экспедиции дел», Коллегия еще в 1744 году определила приказать всем служителям этой экспедиции (и архиву) «ни с кем из посторонних людей об этих делах не говорить, не ходить во дворы к чужестранным министрам и никакого с ими обхождения и компании не иметь».

Этот приказ был подтверждён повторно 28 марта 1758 года: «Для сохранения вящего секрета при нынешних военных и всяких важных обстоятельствах» секретарям секретной экспедиции вменялось в обязанность строго смотреть за переводчиками, «чтобы дела, им порученные, по столам не лежали и, чтобы товарищи их не читали этих дел». В конце приказа подтверждался запрет допускать кого-либо постороннего в помещения, занятые секретной экспедицией.

При императрице Екатерине II 15 марта 1781 года КИД в третий раз получил приказ не допускать знакомства «чинов департамента иностранных дел» с иностранными министрами и их свитой. При этом императрица указала, чтобы, кроме «министров департамента иностранных дел, каковыми ее величество почитает канцлера (или без сего звания управляющего оным департаментом), вице-канцлера и членов секретной экспедиции», никто из других чинов коллегии не ходил в дома иностранных министров, не имел с ними разговоры о делах, никого из них в своём доме не принимал и ни под каким видом не вел с ними переписку. Тот же запрет был повторен указом от 3 августа 1791 года.

КИД также внимательно следила за хранением шифров. Лично государственный канцлер, а им в тот период был граф Иван Андреевич Остерман (1725-1811), сын вице-канцлера графа Андрея Ивановича Остермана, неуклонно следил за строгим соблюдением правил пользования отечественными шифрами, требовал их своевременной замены. При малейшем подозрении о компрометации шифров он давал указания об их досрочной замене или о внесении в них существенных изменений.

Когда стало известно, что один из канцелярских служащих при после России в Гданьске потерял шифр, Остерман сделал послу Волчкову строгое предупреждение: «…признано здесь за нужно подтвердить Вам в то же время единожды навсегда, чтоб Вы сами впредь хранили в себя цифирные ключи и заочно не выпускали их из рук, в чём и обязываетесь Вы Вашею присягой верности Ея Императорскому Величеству».

Постепенно установилась иерархия шифров, когда сложные системы использовали лишь для важнейших сообщений, а со снижением их ранга, упрощался и шифр. Если разработка собственных шифросистем, в первую очередь для русского алфавита, ещё отставала от Европы, то криптоаналитика была на высоте. С этого времени российская криптология окончательно заняла одну из ведущих позиций в европейской криптологии и стала эффективным оружием в руках дипломатических и военных ведомств страны.

Интересно, что 6 ноября 1800 года Павел I утвердил создание «Тайной полицейской экспедиции». Среди ее задач предусматривались расходы «на пенсионы швейцарам у иностранных министров», а в одной из дополнительных бумаг отмечалось: начальника нового учреждения «награждать должно тем, что он потребует, если б скрал цифры у какого иностранного министра».

В начале XIX века в Российской империи была сделана реорганизация органов управления страной. Так, в 1802 году Манифестом Александра I вместо коллегий были основаны министерства. В частности, было образовано министерство иностранных дел (далее – МИД), в котором в 1803 году появился «для сочинения по секретной части» Х.И. Миллер, ставший впоследствии действительным статским советником.

7 ноября 1804 года управляющим цифирной частью был назначен действительный статский советник А.И. Граудер, а Х.И. Миллер являлся его помощником. Их задачей были дешифровка иностранной дипломатической переписки и разработка собственных ключей. Для руководства всей этой деятельностью в МИД был создан Цифирный комитет, в который входили руководители министерства.

В задачи комитета входил анализ и введение новых систем шифров, контроль за их правильным использованием и хранением, вывод из действия устаревших или скомпрометированных шифров, составления выводов, отчётов и докладов для руководителей МИД и императора по вопросам деятельности шифровальной и дешифровальной служб.

Цифирный комитет заседал под председательством товарища министра, рассматривал и обсуждал составленные и раскрытые шифры, определял вознаграждение за данные работы. Комитет был подчинён министру, а возглавлял его «главный член цифирного комитета».

До 1808 года начальником первой экспедиции, куда входила «цифирная» часть, был Андрей Андреевич Жерве (1773-1832). Потом он был назначен руководителем Канцелярии, а начальником этой экспедиции стал Христиан Иванович Миллер. Составлением шифров для секретной корреспонденции и дешифровкой иностранных депеш в этот период заведовал Христиан Андреевич Бек (1770-1853). Сохранились некоторые документы, которые позволяют охарактеризовать деятельность секретной экспедиции Канцелярии МИД периода начала XIX века и войны с Наполеоном.

Письмо от 8 марта 1812 года Х.И.Миллеру: «Г.Канцлеру угодно, чтобы Вы, милостивый государь мой, Христиан Иванович, немедленно занялись составлением двух совершенно полных лексиконов как для шифрования, равно и для дешифрования на российском и французском языках, и чтобы Вы снеслись по сему предмету с Александром Федоровичем Крейдеманом, стараясь соединёнными силами привести работу сию к скорейшему и успешнейшему окончанию. А.Жерве».

Х.И. Миллер и А.Ф. Крейдеман являлись не только составителями лексиконов, т.е. словарей к шифрам, но и самих шифров. Эту работу выполняли и некоторые другие сотрудники. После составления шифра специалистом–криптографом в XVIII веке он набело переписывался от руки специальным секретарём в нужном количестве экземпляров. Позже шифры изготовлялись уже типографским способом. В отношении каждого шифра заведующим секретной экспедицией при этом составлялась докладная записка такого содержания:

«В Государственную коллегию иностранных дел.

От нижеподписавшегося покорнейшее доношение.

Составив по приказанию сей Коллегии новую генеральную цифирь на российском и французском языках, ею одобренную, и отобрав цены за изготовление передвижных машин, равно и за напечатание наборных и разборных таблиц и за бумагу, имею честь представить о том подробную записку, прося покорнейше помянутую Коллегию благоволить на сей расход определить сумму.

Коллежский советник Христиан Миллер.

Октябрь дня 3 1804 года.

За машины:

за 15 пар машин с двойными передвижными дощечками по 125 р. за пару – 1875 рублей.

Типографщику:

за набор разборных таблиц для российской цифири с напечатанием по 20 р. за таблицу – 40 р.

за набор двух разборных таблиц для французской цифири с напечатанием по 20 р. за таблицу – 40 р.

за набор одного листа и напечатание чисел и букв, принадлежащих к разборным таблицам обеих сих цифирей, – 10 р.

за набор 112 1/2 страниц российской наборной азбуки и напечатание по 30 р. за страницу, а за все 112 1/2 страниц – 3375 р.

за набор 122 1/2 страниц французской наборной азбуки и напечатание по 30 р. за страницу, а за все 122 1/2 страницы – 3675 р.

Бумаги:

Александрийской 83 л. по 2 р. 50 к. каждая – 207,50

Итого 9222 р. 50 к. Коллежск. сов. Хр.Миллер»

Русская дешифровальная служба еще с середины XVIII века вела успешную борьбу с королевской Францией, практически без особых трудностей, «взломав» её шифры. Подобное состояние дел перекочевало и в XIX век. Русские дешифровальщики и здесь поработали хорошо: царь Александр I имел достаточно информации о переписке наполеоновских генералов.