К рассматриваемому времени Гражданская война уже началась, и необходимость контрразведывательного обеспечения войск и прифронтовой полосы уже перестала вызывать сомнения даже у самых ортодоксальных противников оперативной работы. Правда, основным противником в данном случае являлись не иностранные разведки, а спецслужбы внутренних оппонентов, что не могло не создать весьма специфическую ситуацию. Как известно, октябрьский переворот, как его именовали сами большевики, вызывал симпатии далеко не у всех граждан России, и немало из них активно боролись за свержение советской власти. Не составляли исключения и органы военной контрразведки, в значительной степени засоренные противниками режима. Первым сигналом тревоги прозвучало дело подпольной организации “ОК”, в которую входил ряд сотрудников Военно-морского контроля (ВМК) и Регистрационной службы морского генерального штаба (МГШ). Она была совершенно случайно раскрыта на рубеже 1917 и 1918 годов, а ее руководители Р. А. Окерлунд и начальник ВМК А. К. Абрамович были расстреляны. В результате принятых мер по очистке морской контрразведки от контрреволюционных элементов 25 января 1918 года Петроградское морское контрразведывательное отделение и контрразведку Балтфлота ликвидировали, а их задачи передали Отделению военного контроля в Гельсингфорсе, где пока еще базировались основные силы флота. Именно его вместе с другими структурами контрразведки в столице Финляндии позднее негласно проверял первый закордонный агент-нелегал ВЧК А. Ф. Филиппов (“Арский”), в результате чего они были фактически распущены и воссозданы лишь в Петрограде в октябре 1919 года. Обстановка в Военконтроле была не столь скандальной, но, вне сомнения, из-за антисоветских убеждений многих ее сотрудников военная контрразведка в данном виде никак не могла считаться опорой власти, тем более в условиях гражданской войны. Кроме того, сотрудники Военконтроля, как правило, сосредоточивались исключительно на классической борьбе со шпионажем и совершенно не желали участвовать в борьбе с контрреволюцией, полагая ее несвойственной им задачей. Первым на это обратил внимание член ВЦИК В. И. Кингисепп, указывавший в своей докладной записке в ВЦИК, СНК, РВСР и ВЧК: “С тех пор, как изменился характер войны, с тех пор, как она стала гражданской войной, трудно и даже невозможно отличить шпионаж от контрреволюционных действий”[88]. В создавшейся ситуации это было полностью справедливо и не могло не вызывать тревогу. Нелояльная секретная служба смертельно опасна для любого правительства, поэтому для борьбы с контрреволюцией и не в последнюю очередь для надзора за Военконтролем ВЧК получила указание о создании фронтовых чрезвычайных комиссий, некоторое время работавших в контакте с Иногородним отделом ВЧК. Первая из них была сформирована в соответствии с постановлением СНК РСФСР от 16 июля 1918 года об образовании Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком фронте с подчинением ей всех ЧК прифронтовой полосы. Ее создание было поручено Лацису. Опыт сочли положительным, и 28 ноября 1918 года в постановление 2-й Всероссийской конференции Чрезвычайных комиссий был включен специальный пункт: “Принимая во внимание необходимость обеспечения Красной армии от всяких попыток контрреволюционеров к провокационным выступлениям, могущим повредить делу защиты РСФСР, 2-я Всероссийская Конференция Чрезвычайных Комиссий постановляет: организовать при всех фронтах и армиях в действующей армии фронтовые и армейские ЧК и предоставить им право назначения отдельных комиссаров для этой цели в ту или иную воинскую часть”[89].

М. Я. Лацис
Чекисты и ранее подбирались к контролю над армией, при этом менее всего интересуясь борьбой со шпионажем. Еще в марте 1918 года, после рассмотрения вопроса о Региструпре на VII съезде РКП (б), было принято решение изъять из него контрразведку и подчинить ее напрямую совместно Управлению делами РВСР и ВЧК. С этого момента советская военная разведка и контрразведка уже никогда более не объединялись в едином органе. 9 апреля 1918 года Президиум ВЧК поручил одному из отделений Отдела по борьбе с контрреволюцией заняться проведением контрразведывательных мероприятий в военной среде, под которыми в действительности подразумевался контроль за благонадежностью войск, однако на этом этапе дальше пожеланий дело не продвинулось. Одновременно ВЧК пыталась не только внедриться в РККА, но и поглотить существовавшую структуру военной контрразведки. Данный процесс имел объективную основу, поскольку содержание двух параллельных аппаратов для обеспечения безопасности войск являлось действительно непозволительной роскошью. К концу 1918 года это стало очевидным и для чекистов, и для военных. В принципе, и у РВСР и Наркомвоена, и у ВЧК отсутствовали сомнения в целесообразности объединения органов военной контрразведки, однако было пока неясно, кому она будет подчиняться.
Начался постепенный процесс внедрения органов госбезопасности в армейскую среду. Военное руководство на данном этапе не слишком возражало против такого процесса, поскольку и РВСР, и ВЧК выполняли одну принципиальную задачу — защиту завоеванной власти. Для выработки совместной линии действий 12 ноября 1918 года члены Реввоенсовета республики С. И. Аралов и А. П. Розенгольц провели совещание с Ф. Э. Дзержинским и достигли договоренности о необходимости слияния подчиненных им оперативных аппаратов в единый Особый отдел с задачами ведения агентурной разведки, контрразведки и выявления контрреволюционеров в армии и на флоте. Вопрос подчиненности новой структуры на этом совещании не обсуждался. Тогда же было решено создать совместную комиссию для реорганизации Военконтроля и армейских ЧК. Однако в спокойный процесс слияния вмешался член Коллегии ВЧК Лацис, внезапно даже для Дзержинского совершивший ряд шумных и демонстрационных действий, в том числе в прессе, направленных на дискредитацию и ликвидацию аппарата ОВК. Не исключено, что именно это и вызвало возникновение первой трещины между армейскими и чекистскими руководителями. И хотя Коллегия ВЧК, а также Бюро ЦК РКП (б) осудили действия Лациса и приняли решение о недопустимости использования его в дальнейшем в сфере обеспечения безопасности армии, свою негативную роль он уже сыграл.
Несмотря на неожиданно возникшие разногласия, проблему объединения Военконтроля и ЧК следовало решать без задержки. В связи с этим 19 декабря 1918 года Бюро ЦК РКП (б) приняло решение о чистке штата Военконтроля и объединении его с Военным отделом ВЧК и фронтовыми чрезвычайными комиссиями. Для облегчения слияния возглавлявшего Военный отдел ВЧК М. С. Кедрова рекомендовали на параллельный пост заведующего Военконтролем. Активную часть ОВК возглавил Артузов. Вскоре военные и чекисты пришли к окончательному решению, и 4 января 1919 года Кедров издал приказ № 1 по Особому отделу с предложением без промедления приступить к слиянию фронтовых, окружных[90] и губернских военных отделов местных ЧК с аппаратами Военконтроля для образования системы местных Особых отделов. Уже 3 февраля 1919 года новая структура была утверждена постановлением ВЦИК, в котором она именовалась Особым отделом (00) при ВЧК[91] с функциями защиты власти, обеспечения безопасности революционных завоеваний и лишь в третью очередь — контрразведки. Совместно подписанное РВСР и ВЧК Положение при особых отделах при ВЧК и губчека гласило:
“1. Борьба с контрреволюцией и шпионажем в армии и флоте возлагается на Особый отдел при ВЧК.
2. Общее руководство вышеуказанной борьбой возлагается на ВЧК, которая через свой Особый отдел руководит работой местных Особых отделов, контролирует их деятельность и руководит работой агентуры за границей[92], в оккупированных иностранными державами и занятыми белогвардейцами областях.
3. Особый отдел ВЧК вместе с тем непосредственно под контролем Реввоенсовета Республики выполняет все его задания”[93].