Летом 1831 года в Кронштадте вспыхнула эпидемия холеры. Смертность была очень большая. Матросы и обыватели, считая, что погибают от отравленной воды, расправлялись со всеми подозрительными личностями. Всюду шествовали похоронные процессии. Черные плащи сборщиков трупов (из арестантов) в круглых широких шляпах и с факелами в руках приводили людей в ужас. К осени холера утихла, а к зиме исчезла совсем, оставив после себя много сирот. Император Николай I, подавая пример подданным, первый выделил 5 тысяч рублей на сиротский дом для девочек. Еще 20 тысяч рублей собрали офицеры и матросы по подписке.

Из воспоминаний художника-мариниста А. П. Боголюбова, служившего лейтенантом, об эпидемии холеры в Кронштадте: «Наступила холера 1846–1847 годов. Скучная была жизнь в этой нездоровой крепости, народ мер сильно, адмирал Дурасов храбро ходил по экипажам и больницам, водил меня за собою. Раз я ехал с ним на катере в Раниенбаум, на пути гребец почувствовал себя дурно. Приехав в Ковш, адмирал вышел и тотчас же велел мне отвезти больного обратно в госпиталь. По пути больного терли щетками, но с ним была сильная сухая холера, и, когда его понесли на носилках ребята, он скончался. Впечатление было неприятное, но что делать, от судьбы не убежишь… Я уже в это время был второй год в лейтенантском чине, и мне дали орден Св. Анны 3-й степени, что немало меня установило в среде товарищей. Но осенью добрый мой адмирал А. Л. Дурасов вдруг захворал холерою и на вторые сутки скончался. В нем и его семье я потерял истинно добрых и почтенных людей, ибо адмиральше очень многим обязан по части светского воспитания, которому она меня выучила, часто подсмеиваясь остроумно над моими резкостями слова и действий. Они переехали в Петербург, а я серьезно захворал, что и пригвоздило меня в Кронштадте».

В первые годы существования Кронштадта для заболевших существовали так называемые госпитальные избы, но там можно было только отлежаться и подкормиться. А в «хофшпитали» были и лекари, и подлекари, и даже лекарства. Но тем не менее больных становилось все больше. И самой распространенной болезнью была цинга. Один из первых главных врачей кронштадтского госпиталя Д П. Синопеус описал это заболевание на латинском языке, назвав его кронштадтской цингой. Злее этой формы цинги на свете не было. Но в переполненных деревянных бараках часто случались пожары, и больных приходилось размещать в казенных домах, казармах и пустующих дворцах. В 1723 году Петр велел учредить в Кронштадте госпиталь, который и построили в 1730 году — три деревянных на каменном основании флигеля. Однако очень скоро оказалось, что этого явно недостаточно. Во время частых эпидемий госпиталь был переполнен и условия содержания больных были невыносимыми. В то время так и говорили:

Именно поэтому в 1740 году был построен дополнительный госпиталь в Ораниенбауме и часть больных отправляли туда. Оба госпиталя вмещали 400 человек. Там имелись аптека, церковь, кухня, конторы и квартиры врачей.

В 1761 году кронштадтский госпиталь полностью сгорел, но всех больных спасли и перевели на полковой двор. Решили строить новый госпиталь, но в 1764 году в Кронштадте произошел новый пожар, и стало уже не до нового госпиталя. Теперь больных матросов временно расположили во дворце в Средней гавани, а кроме того, наскоро выстроили несколько временных бараков. Во дворце больными матросам было плохо. Здание долго стояло без ремонта, текла крыша, палаты тесные и все соединены, отчего трудно изолировать заразных больных. В 1783 году дворец… сгорел. Поэтому почти тысячу больных разместили где попало. Разумеется, о качественном лечении говорить уже не приходилось.

Строительством нового госпиталя руководил адмирал Самуил Грейг, но и новый, выстроенный им, госпиталь был сырым и вмещал менее половины имеющихся больных.

С 1788 года часть больных стали снова отправлять в Ораниенбаум.

Николай I в 1832 году также велел строить в Кронштадте новый большой госпиталь, который и был построен в 1840 году. Он вмещал 1500 больных и 300 запасных мест. Оснащен был по последнему слову техники того времени, и Морское ведомство рекомендовала его как образец для всех портов.

Одним из самых страшных испытаний в истории старого Кронштадта стало знаменитое наводнение 7 ноября 1824 года. Одновременное наводнение в Петербурге, унесшее тысячи человеческих жизней, воспел А. С. Пушкин в поэме «Медный всадник»:

Но первым удар морской стихии принял на себя Кронштадт. Почти весь остров Котлин был затоплен, вода разрушила конструкции многих укреплений крепости, снесла строения. «…В день наводнения в кронштадтских гаванях находилось 28 кораблей, 19 фрегатов и до 40 транспортов, — писал Ф. Ф. Веселаго. — Страшную картину разрушения представляли оторванные от палов суда, свалившиеся друг с другом, проталкивающиеся между тремя рядами пал и, наконец, становившиеся на мель или сваи и на обломки разрушающихся гаванских укреплений…»

Историк пишет: «Волны бушевали в улицах и иногда, казалось, грозили смыть все встречавшееся им на пути, — повсюду разъезжали катера, баркасы и простые лодки для спасения тонувших людей и плывшего всякого скарба. Сильный и частый дождь обращался при одуревавших человека порывах ветра в какую-то неудержимую, стремительную душу, обнимавшую и проникавшую моментально насквозь бедных тружеников, пришедших на помощь ближнего и отстаивавших казенное и частное добро. В гаванях царил невообразимый хаос, — суда, брошенные на мель, образовали в нескольких местах сплошную кучу, из которой, казалось, и вывести их было невозможно, или это, по крайней мере, представляло гигантский труд. Деревянных укреплений на гаванских стенках не существовало более; они были снесены еще до рассвета этого злосчастного дня с пушками и находившимися на них якорями и ядрами. Остались только полуразрушенные два бастиона и еще половина бастиона почти в таком же виде. Каменные постройки и самая гранитная стенка гавани уцелели, хотя в некоторых местах и были повреждены, как сказано будет ниже, — бруствера разрушены и пушки опрокинуты. Орудия со станками провалились между террасами. Магазины в Военной гавани были повреждены в значительной степени. Середина одного из них была совсем сдвинута с места навалившимися на него судами разной величины, а сорвавшийся с соседнего бастиона сруб приткнулся к палу».

Из статьи Н. Рыкачева в газете «Кронштадтский вестник» за 16 июля (28 июня) 1885 года: «…В небольшом домике на одной из кронштадтских улиц сидел офицер 3-го флотского экипажа, популярный беллетрист своего времени В. Мирошевский и писал: «Любезные, почтенные родители! Это случилось со мною 7-го числа: в этот день я сидел в своей низменной хате и писал вам письмо, часов в десять утра мой хозяин, старик лет 60, вошел ко мне в комнату и сказал, что в улицах, которые стоят на низком месте, разлилась вода, и многие стоят в домах своих почти по колено затоплены, прибавив к этому, что он очень доволен своим местом, которое несколько повыше, а потому воды он не опасается… Между тем вода стала входить к нам во двор… вскоре показался небольшой ручеек под моими ногами, я перенес стол на другое место и все продолжал писать. Между тем, вода разливалась все более и более, стала приподнимать пол, я по уверению хозяев, не подозревал никакой опасности, велел вынуть из печи горшок щей и поевши немного хотел идти в канцелярию своего экипажа, чтобы окончить письмо, но хозяева уговаривали меня никуда не ходить… Но поскольку вода в комнате была уже выше колен, я хотел уйти. Стал отворять дверь, но ее силой затиснуло водою. Покуда мы со стариком употребляли все усилия, чтобы отворить ее, то были в воде уже по пояс. Наконец дверь уступила нашим усилиям, я выбежал на улицу и увидел ужасную сцену. Вода в некоторых домах достигла до крыш… люди сидели на чердаках, кричали и просили о помощи…