Тем не менее документация по «Балилле» Б.М. Малинину пригодилась. Однако это не спасло конструктора от нараставшей в стране волны репрессий.
Уже 1 ноября 1926 г. Борис Михайлович возглавил новое Техническое бюро № 4 по проектированию подводных лодок на Балтийском судостроительном заводе в Ленинграде. Под его началом работали инженеры Э.Э. Крюгер, А.Н. Щеглов и 4 чертёжника-конструктора. За короткий срок коллектив рассчитал 32 варианта сочетаний тактико-технических элементов лодок различных типов. Из них были выбраны основные элементы головной лодки 1-й серии типа «Д» — «Декабрист».
5 марта 1927 г. на Балтийском заводе состоялась закладка первых трёх подлодок, а в следующем месяце, 14 апреля, состоялась закладка ещё трёх субмарин на заводе в Николаеве. В конце 1930 г. были подписаны приёмные акты головных подводных лодок «Декабрист» и «Революционер», а остальные были приняты в 1931 г.
Но при проведении заводских испытаний у подлодок данного типа был выявлен серьёзный недостаток конструкции — при погружении и всплытии было выявлено их стремление крениться. Вскоре конструктор С.А. Базилевский из группы Б.М. Малинина успешно разобрался в причинах этого явления и создал теорию погружения полутора- и двухкорпусных лодок. Это позволило полностью разрешить вопрос об обеспечении нормального погружения и всплытия подводных лодок любого типа.
Но 27 июля 1930 г. Б.М. Малинин был арестован и репрессирован. Вместе с ним были арестованы инженеры С.А. Базилевский и Э.Э. Крюгер. Бориса Михайловича обвинили во «вредительстве» и приговорили к высшей мере наказания. Но вскоре этот приговор заменили на 10 лет ИТЛ.
Отбывать наказание пришлось, начиная с 5 января 1932 г., в Особом конструкторско-техническом бюро № 2 (ОКТБ-2) ОГПУ Ленинградской области277, которое размещалось на территории Адмиралтейского судостроительного завода им. А. Марти278. Помимо Б.М. Малинина в это бюро «бросили» отбывать наказание осуждённых инженеров С.А. Базилевского279, Э.Э. Крюгера280, П.Г. Гойнкиса281, К.К. Перцева282, К.И. Руберовского283, Л.Х. Казина284 и др. В ОКТБ-2 под руководством А.Н. Асафова285 заключённые продолжали трудиться над проектом новой подводной лодки «Правда», названной в честь одноимённой газеты (всего было построено 3 ед., но серия была признана неудачной, тем не менее проект послужил прообразом одного из самых совершенных проектов подлодок тех лет — типа «К»), а также над созданием проекта малой субмарины серии VI «Малютка» (для перевозки её по железной дороге в любой конец страны).
К счастью, пребывание в заключении оказалось недолгим. В апреле 1932 г. постановлением Коллегии ОГПУ Борису Михайловичу срок засчитали условно и освободили из-под стражи. Необоснованно репрессированного Б.М. Малинина и его коллег реабилитировали. И 20 мая 1932 г. конструктор приступил к работе помощником главного инженера в новом ЦКБС-2 (ныне — ЦКБМТ «Рубин»), созданном на базе расформированного ОКТБ-2286.
Дело в том, что все 6 его субмарин типа «Д» к тому времени уже были приняты флотом и входили в состав МСБМ и МСЧМ (по 3 ед., с 11.1930 г. по 10.1931 г.). При этом по своим тактико-техническим данным на тот период лодки этого проекта не уступали субмаринам ведущих иностранных флотов.
Как уже упоминалось, в сентябре—октябре 1930 г. ряд оборонных, судостроительных и других предприятий Италии, в том числе строящих подводные лодки, посетила советская военно-морская делегация во главе с А.К. Сивковым. Но и на этот раз итальянцы остались верны себе.
В ходе двухмесячного визита в Италию советским военным морякам удалось попасть на боевые корабли лишь незадолго до отъезда. По просьбе главы делегации в план показных манёвров включили атаки двух подлодок на тяжёлый крейсер «Тренто». Субмарины атаковали его четырьмя практическими торпедами с дистанции около 22 кабельтовых и успеха не добились.
На другой день А.К. Сивков и его коллеги должны были выйти в море на известной подлодке «Балилла». Итальянцы дали «добро» познакомиться с возможностями её шумопеленгаторов. Однако, прибыв в порт, советские военные моряки субмарины там не обнаружили. Й только перед отъездом делегации в Москву итальянская сторона пояснила, что «Балиллы» не оказалось на стоянке из-за неправильно отданных указаний.
Кроме того, в ходе переговоров и совместных заседаний при обсуждении вопросов, касающихся, к примеру, тактики применения подводных лодок, использования их совместно с лёгкими силами флота в бою на минно-артиллерийской позиции, итальянцы никогда не давали развёрнутых ответов.
Неслучайно по итогам визита А.К. Сивков доложил в Наркомат обороны СССР следующее: «...Не представляется возможным опыт Италии автоматически перенести на наши подлодки. В связи с этим считаю необходимым получить в Италии технические консультации по вопросу исправления наших лодок, а также по установлению полной ясности в вопросах, связанных с остойчивостью двухкорпусных лодок»287. Тем не менее советско-итальянские контакты в области подводного кораблестроения продолжились.
Развивались отношения между СССР и Италией и по линии обмена визитами кораблей флотов двух стран. В частности, 25 июня 1925 г. в г. Ленинграде с дружественным визитом побывали 3 итальянских эсминца — «Пантера», «Тигр» и «Лев».
А на следующий год, в июне, в рамках договорённостей между правительствами СССР и Италии о проведении учений итальянских ВМС на Чёрное море прибыли 4 эсминца королевского флота под командованием генерал-лейтенанта Итало Бальбо. 2 из них — «Калатафими» и «Палестро» — посетили г. Одессу. А в Хаджибеевском лимане одновременно приводнились 35 летающих лодок «Савойя» С-55.
Спустя семь лет, с 23 по 27 мая 1933 г. советский г. Батум в период учебного плавания посетили 2 подлодки итальянского флота — «Дельфино» и «Трикеко». В порту их встречали крейсер «Красный Кавказ» под флагом командира бригады подводных лодок Морских сил Чёрною моря Г.В. Васильева288, а также посол и военный атташе Италии в СССР Пополнив запасы, итальянские субмарины убыли в Румынию, в Констанцу289.
Ответный визит отряда советских кораблей в составе того же крейсера «Красный Кавказ» в сопровождении эсминцев «Петровский» и «Шаумян» состоялся в Неаполь с 30 октября по 2 ноября 1933 г. Это был пятый визит советских боевых кораблей в этот порт после августа 1924 г., когда его впервые посетил сторожевой корабль «Воровский» в ходе перехода на Дальний Восток, и шестой — в Италию290.
При этом необходимо отметить, что в январе 1930 г. итальянские порты Кальяри (о. Сардиния) и Неаполь посетили экипажи ЛК «Парижская коммуна» и КР «Профинтерн» МСБМ, осуществлявших переход из Кронштадта в Севастополь. Походом руководили командир дивизии линкоров Л.М. Галлер и член РВС Г.П. Киреев (являлся комиссаром отряда), а ЛК «Парижская коммуна» командовал К.И. Самойлов291. Всех их впоследствии не пощадила волна репрессий. Как не пощадила и находившихся ранее, в 1924 г., на борту «Воровского» военморов Н.В. Алякринского, З.А. Закупнева, Я.И. Кудзи и П.И. Смирнова-Светловского.
Сотрудничество развивалось и в области авиации. Так, в 1929—1930 гг. для ВВС Красной Армии в Италии закупались привязные аэростаты292. После спасения советским ледоколом «Красин» в июле 1928 г. членов экипажа дирижабля «Италия», достигшего Северного полюса и потерпевшего катастрофу, его командир, инженер-конструктор, генерал-майор У. Нобиле изменил свои взгляды на Советский Союз.
После осложнения его отношений с итальянскими фашистами в мае 1932 г. с группой своих специалистов он уехал в СССР. Здесь за четыре года совместной работы с советскими учёными в организации «Дирижаблестрой» при Главном управлении Главвоздухфлота У. Нобиле смог наладить производство первых советских дирижаблей полужёсткого типа, в том числе для военных целей293. Впоследствии на базе «Дирижабльстроя» возникли новые отечественные предприятия: Долгопрудненское конструкторское бюро автоматики, Центральная аэрологическая обсерватория и Химический завод тонкого органического синтеза.