Уже в первой половине XVII века высказывалось подозрение, что иезуиты позаботились о засылке своих агентов в ряды Братства. На деле первоначально снисходительное отношение высших сановников католической церкви к ордену сменилось преследованиями, к которым явно приложили руку иезуиты. В 1620 году Адам Хазелмейер, придворный юрист или даже секретарь эрцгерцога Максимилиана, вместе с другими розенкрейцерами был как еретик осуждён на пожизненную каторгу на галеры, а сам орден был объявлен «зловредным обществом магов». По некоторым сведения, пятеро розенкрейцеров были повешены в Германии за принадлежность к Братству. В своих мемуарах кардинал Ришелье писал о «превратных мнениях» розенкрейцеров.

Появившиеся в первые десятилетия XVII века произведения розенкрейцеров вызывали у лютеран сомнения относительно религиозной ортодоксальности ордена и ярые нападки со стороны католиков. Розенкрейцеров подозревали в связи с дьяволом, колдовстве, в том, что они склоняют доверчивых людей к занятиям магией, пагубным для души, и вообще в вольнодумстве.

Братству розенкрейцеров приписывали важную роль в создании через ряд других организаций («Колледж Грешэма» и др.) в 1662 году английского Королевского общества – первой в Европе Академии наук. Унаследованные формы мистики и магии служили порой лишь оболочкой, в которой происходило формирование новых научных идей, основ передового мировоззрения последующей эпохи Просвещения, складывание по сути противостоявшего церковной схоластике взгляда на природу и общество.

В конце XIX и начале XX века в Англии были изданы книги, утверждавшие, что главой Ордена розенкрейцеров был Фрэнсис Бэкон.

Духовник короля Якова I Джозеф Глэнвиль передаёт, что Бэкон создал общество для осуществления своих любимых идей. Писательницей миссис Потг и её единомышленниками была выдвинута гипотеза о том, что Фрэнсис Бэкон изложил идеалы Братства розенкрейцеров в утопии «Новая Атлантида» (1624), изданной посмертно, в 1627 году. Эта гипотеза подкреплялась утверждением, будто Бэкон передал наследие розенкрейцеров масонам.

Утверждают, будто в «Новой Атлантиде» воспроизводятся символы розенкрейцеров, которые потом были заимствованы у них масонами, – солнце, луна, звезда, куб, угломер. А вот среди самих знаков и символов надо обнаружить изобретённые Бэконом с целью ввести в заблуждение того, кто хотел бы проникнуть в тайны общества.

Аналогичная легенда существует и о Декарте. Считается, что он умер в 1650 году. Однако имеется письмо от его многолетней покровительницы – шведской королевы Христины, будто бы датированное 27 февраля 1652 года (или 1654 года), в котором она излагает Декарту своё намерение, подобно ему, покинуть мирскую жизнь. На этом основании отдельные учёные в начале XX века высказывали сомнение в истинности общепринятой даты смерти философа. Декарт писал о розенкрейцерах, что если они шарлатаны, то заслуживают разоблачения, но, если в их учениях есть хоть крупица истины, ею не следует пренебрегать. Некоторые историки предполагают, что Декарт во время своего пребывания в Германии и Голландии вступил в Орден розенкрейцеров при содействии своего друга, математика Фаульхабера.

В XVI и XVIII столетиях, легенда о розенкрейцерах оказалась тесно связанной с легендами, которыми заполнена история астрологии.

Среди многих тайных союзов второй половины XVIII века особое внимание привлекал Орден золотых розенкрейцеров. Однако связь золотых розенкрейцеров XVIII века с действительным или мнимым Орденом розенкрейцеров XV–XVIII веков не имеет документальных подтверждений.

Наиболее раннее свидетельство существования розенкрейцеров в XVIII веке находят в изданном в 1710 году трактате Самуэля Рихтера (писавшего под псевдонимом Синсерус Ренатус) «Правдивое и полное описание философского камня Братства Ордена золотых розенкрейцеров и т. д.» В трактате разъяснялось, что философия должна позволить проникнуть в тайны природы и способствовать достижению земного счастья, а теософия розенкрейцеров призвана раскрыть тайны божества и вечной жизни.

В трактатах первой половины XVIII века, упоминавших о, розенкрейцерах, сообщались взаимоисключающие сведения. В это время в германских государствах, особенно южных, действовало значительное число алхимиков; некоторые из них (что видно из названий опубликованных ими трактатов) именовали себя золотыми розенкрейцерами. Число их значительно возросло примерно с 1755 года во всей Германии, Австрии и в других владениях Габсбургов, а также в Польше. Это был период, когда происходило сближение между розенкрейцерами и масонами, жаждавшими приобщиться к загадочной таинственности алхимических опытов. В свою очередь алхимики, видимо, заимствовали у «шотландского» масонства его организационные формы.

Реальное существование Ордена золотых розенкрейцеров как организации может быть прослежено, вероятно, только с 1757 года. С 1761 года розенкрейцеры подвизаются в Праге. В изданном в том же году трактате фигурируют устав и ритуалы ордена.

Однако более подробные сведения о золотых розенкрейцерах имеются примерно с 1767 года. Во главе ордена стояли «император» и «вице-император» с неясными полномочиями. Члены ордена делились на семь классов. Как утверждалось, орден насчитывал 77 «магов», 2700 «верховных философов первого ранга», 3900 «высших философов второго ранга», 3000 «младших магов», 1000 «адептов», 1000 молодых членов ордена, не выполнявших самостоятельной работы, и наконец, неуказанное число недавно принятых новичков. С 1775 года управление ордена переместилось в Вену, а для Северной Германии центром союза стал Берлин.

Золотые розенкрейцеры активно участвовали в развитии тамплиерской легенды, в умножении количества степеней в масонских ложах, вербовали братьев в свои ряды и в 1777 году объявили себя высшей степенью масонского ордена.

70-е годы были временем быстрого возрастания численности и влияния Ордена золотых розенкрейцеров. Утверждали, что орден насчитывал свыше 5800 членов, поделённых на 9 степеней. Это были врачи, теологи, учёные, офицеры, представители дворянства и верхов буржуазии. 8 августа 1781 года в орден вступил под именем Ормезуса наследник прусского престола, через несколько лет ставший королём Фридрихом-Вильгельмом II (1788–1797 гг.)

Многие биографы Гёте считают, что он был принят в ряды розенкрейцеров. В «Тайнах» он писал: «Узрит тесно сплетёнными крест и розу тот, что присоединиться к розенкрейцерам». В «Годах ученья Вильгельма Мейстера» герой неожиданно обнаруживает, что его уже давно ведёт по жизненному пути неизвестное ему тайное общество. В старом замке, в часовне, скрытой от постороннего глаза, общество раскрывает ему свои тайны.

Предполагали, что и в «Волшебной флейте» Моцарта речь также идёт о таинствах розенкрейцеров.

Однако во второй половине 80-х годов появились первые симптомы упадка ордена. Многие были разочарованы неосуществлением надежд на приобщение к «божественной мудрости». Представления розенкрейцеров об их прошлом, их притязания на сверхъестественные знания стали объектом резкой критики, в том числе и в рядах самого ордена.

В 90-х годах в Пруссии сильное недовольство вызвало засилье при дворе шайки духовидцев и алхимиков, которые в полном согласии с высшими сановниками дурачили недалёкого Фридриха-Вильгельма II. Осенью 1792 года в Париже с лёгкой руки Бомарше рассказывали, будто Фридриха-Вильгельма II вызвали с бала условным паролем розенкрейцеров и в полутёмной комнате перед королём предстал… призрак его деда Фридриха II. Его умело сыграл известный актёр Флери, специально для этого пробравшийся из Парижа. «Призрак» поведал королю, как его дурачили французские роялисты, скрывая от него, что весь народ Франции против вмешательства иностранцев в дела страны. Король запомнил предостережения, и две недели прусская армия оставалась около Вердена, так и не получив приказа о наступлении в направлении Парижа. А потом произошло сражение при Вальми, где неожиданный успех охваченных революционным пылом, но слабо обученных и плохо организованных французских войск был во многом следствием непонятной нерешительности прусского командования.