Несмотря на то, что дом Асикага имел глубокие корни в Канто̄, этот район тяготел к самостоятельности как центр власти военного сословия. Решив сделать ставку на родственные связи, Асикага Такаудзи в 1349 г. направил в Канто̄ своего сына Мотоудзи, присвоив ему титул Канто̄ канрэй — правитель Канто̄. Главным советником-помощником при нем был назначен Уэсуги Нориаки.
В дополнение к прежним восьми провинциям, в Канто фу (район Канто) были включены еще Идзу и Каи. Канто канрэй получил очень широкие полномочия: он имел административную и судебную власть, право самостоятельно начинать военные действия, назначать чиновников на должности в местных управлениях, а также право наблюдать за деятельностью буддийских и синтоистских храмов. За собой правительство бакуфу оставило только право регулировать порядок наследования в доме Уэсуги.
Все же тенденции к самостоятельности в Канто были очень сильны. При этом оппозиционные настроения по отношению к Асикага Такаудзи подогревались тем, что многие из военных домов ранее были сторонниками его брата Тадаёси. После смерти Мотоудзи в 1367 г. эти настроения усилились. Во второй половине XIV в. в Камакура были созданы органы управления, аналогичные столичным. Глава дома Асикага в Канто̄ стал носить титул кубо̄, означавший, что его обладатель исполнял государственные, а не частные (си) функции; ранее такой титул могли носить только сёгуны. Обязанности канрэй были переданы главе дома Уэсуги, что также демонстрировало независимость Канто̄ от центральной власти.
Провинции Муцу и Дэва на севере Хонсю̄ были окончательно включены в ареал японской государственности в период первого бакуфу. Положение района в тылу Канто̄, делало его стратегически важным. Император Годайго назначил управителем Муцу своего ближайшего соратника Китабатакэ Тикафуса. Асикага Такаудзи также назначал в этот район верных ему военачальников. В 1392 г. Канто̄ кубо̄ Асикага Удзимицу взял Муцу и Дэва под свою юрисдикцию и назначил туда в качестве канрэй своего сына. Кюсю и юго-западная оконечность Хонсю были районами, в которых до 80-х годов XIV в. сохранялось сильное влияние южного двора. Правда, военные походы Имагава Садаё подавили там прямое сопротивление сторонников «южан», но местные военные дома оставались сильны, самостоятельны и к тому же, как правило, не имели связей с военными домами Канто. Учитывая эти обстоятельства, власти Муромати бакуфу были вынуждены в провинциях Сацума и Осуми назначить сюго из дома Симадзу, в Хиго, Будзэн и Тикудзэн — из дома Сёни, в Бунго — из дома Отомо, в Суо — из дома Оути. Таким образом, правительство бакуфу, фактически, признало их власть.
Позиции бакуфу были наиболее сильны в 44 провинциях, расположенных между Канто и северным Кюсю. Назначенные туда сюго были выходцами из 22 домов, связанных с Асикага родственными или вассальными узами. Однако, даже эти сюго всячески стремились получить максимальную самостоятельность. Поэтому было введено правило, обязывавшее сюго центральных провинций проживать в столице, что обеспечивало постоянный контроль над ними центральной власти. И хотя эта система не была законодательно оформленной, подобно сложившаяся позднее, при Токугава, системе заложничества санкин котай, тем не менее, к концу правления 3-го сёгуна Асикага она сделалась, фактически обязательной. Если сюго самовольно без разрешения покидал столичную резиденцию и направлялся в свою провинцию, это расценивалось как бунт.
Сюго провинций Канто должны были проживать в Камакура. Что касается тандай провинций Кюсю (фактически, тех же сюго), то, хотя их не обязывали проживать в каком-то определенном месте, большинство из них построили свои резиденции в столице. Вероятно, их привлекала культурная жизнь столицы, да и желание быть в центре политических событий. В провинциях на время отсутствия сюго назначались один или несколько «исполняющих обязанности» (сюгодай) из числа ближайших вассалов. Поскольку сообщение между столицей и провинциями зачастую было затруднено, сюго постепенно теряли контроль над своими провинциями, в то время как сюгодай укрепляли свое положение. Это ситуация наиболее часто встречалась в тех провинциях, куда сюго были назначены «со стороны». В этом случае они с момента своего назначения вынуждены были опираться на наиболее влиятельные местные дома, кокудзи, которые в его отсутствии постепенно концентрировали в своих руках военную силу и власть. Сёгун фактически был главой государства, легитимность его деятельности обеспечивал император, сам находившийся под контролем сёгуна. В период Муромати бакуфу сёгуны обладали почти той же широтой власти, как впоследствии сёгуны Токугава. Они наказывали и награждали, собирали налог с различных видов деятельности (ремесленной, торговой), контролировали последовательность престолонаследия в императорском доме, разбирали конфликты, возникавшие между военными домами, под их контролем находились все внешние связи.
Ключевой фигурой в системе власти Муромати бакуфу стал канрэй. Именно он обеспечивал отношения между сюго и сёгуном. Как глава ёриай (совета сюго) он посвящал сюго в дела бакуфу, сёгуну же сообщал мнения сюго по разным проблемам и предупреждал о возможном недовольстве. Должность канрэй занимали попеременно представители трех семей: Хосокава, Сиба и Хатакэяма. Эти три дома получили название санкан — «три канрэй». Именно они и составляли действительную опору власти второго бакуфу.
Первый канрэй — Хосокава Ёриюки — был назначен в 1367 г., Когда сёгуном стал Асикага Ёсимицу. Тогда под его контролем находилось 17 провинций. Сёгуну было всего 13 лет, поэтому первые годы его правления напоминали регентство, однако никогда в Муромати бакуфу не повторилась ситуации Камакура бакуфу, когда сёгуны утратили реальную власть. Возможно, этого не случилось потому, что пост канрэй не удалось монополизировать какому-либо одному дому. Хосокава Ёриюки занимал этот пост в 1368–1379 гг., его сменил Сиба Ёсимаса (1379–1398), а затем Хатакэяма Мотокуни. Впоследствии, хотя очередность иногда нарушалась, система работала еще более столетия.
Для усиления центральной власти Асикага Ёсимицу необходимо было взять под контроль всех сюго. Асикага Ёсимицу начал с подчинения самого сильного, могущественного военного дома Ямана, контролировавшего 1/6 часть страны (11 из 66 провинций). Дом Ямана, во главе с Удзикиё, имел посты сюго в 11 провинциях области Санъиндо, включая Идзуми и Кии. В 1392 г. произошли события Мэйтоку-но ран. Ёсимицу собрал армию из враждебных Ямана домов, таких как Хатакэяма, Хосокава, О̄ути. Произошло сражение, в котором Имана Удзикиё был разбит и погиб. Эти события привели почти к полувековому подчинению дома Ямана центральной власти; только в 1441 г. он вновь окреп настолько, что поднял голову против бакуфу.
В 1399 г. сёгун переключился на следующего сильного и опасного для центральной власти сюго Оути Ёсихиро, Ёсихиро всегда выступал на стороне сёгуна: и во время воссоединения императорских дворов в 1392 г., и в военном походе на Кюсю под руководством Имагава Садаё, и во время кампании против Ямана. После победы над последним он получил посты сюго еще в 6 провинциях в дополнение к уже имевшимся Суо̄, Нагато, Ивами и Будзэн. Это способствовало укреплению его положения и усилению его влияния при дворе. Благодаря тому, что его владения были расположены в западной части страны, дом Оути играл важную роль в отношениях с материком — как торговых, так и политических.
В 1399 г. Оути Ёсихиро был обвинен в заговоре против бакуфу: будто бы он вместе с Канто̄ канрэй Асикага Мицуканэ намеревался выступить против Киото. Не вполне ясно, насколько обоснованным было это обвинение. Произошли события, которые вошли в историю под названием Оэй-но ран. Между войсками сёгуна и дома О̄ути состоялось сражение, в котором О̄ути Ёсихиро был убит, после чего Асикага Мицуканэ признался в том, что они готовили заговор. Однако дом Оути не был уничтожен: часть владений перешла к Морими, младшему брату Ёсихиро, который сумел сохранить власть и владения дома на западе страны.
