Одним из главных требований Минамото-но Ёритомо к отрекшемуся императору Госиракава было предоставление ему права самому назначать дзито̄ — «управляющих земельным владением», и сюго — «военных губернаторов провинции». Учреждение этих двух административных должностей было необходимо, главным образом, для урегулирования связанных с земельными владениями противоречий между хэйанской аристократией и воинами, использовавшими «право сильного» в период «войны гэмпэй». В районах Канто̄ и части Кинай новая должностная система начала работать в 1190–1199 гг.

Термин дзито̄ впервые появился в IX веке, но означал вид земельного владения а не должность человека, Однако уже в XI в. в ряде документов, связанных с сёэн, рекомендовалось обращаться к дзито, чтобы разрешить ту или иную спорную ситуацию. В 60–80 годах XII в. дом Тайра назначал в свои владения дзито из числа преданных вассалов, чтобы поддерживать порядок и следить за сбором налога. Тогда это нововведение касалось исключительно земельных владений Тайра, но с 1185 г. власти бакуфу получили право назначать дзито̄ во все владения как аристократии, так и церкви.

Владельцы сёэн вынуждены были согласиться с появлением в их владениях посторонних «контролеров», большей частью воинов Канто. В сёэн дзито:

I — собирал налог для владельца сё̄эн;

II — имел право судить и наказывать за нетяжкие преступления;

III — возглавлял администрацию владения и имел

право назначать ее чиновником данной;

IV — был ответственным за все работы в сё̄эн, строительство и поддержание ирригационных сооружений, дорог и пр.

За это дзито получал наследственное право на владение участком земли в подведомственном ему сёэн.

Для бакуфу, обладавшему военной силой, было важно не столько юридическое право на владение землей, сколько установление своего реального контроля в том или ином сёэн и, разумеется, на провинциальном уровне. Для этого и понадобилось введение должности сюго, хотя она тоже не была новой. В эпоху Хэйан существовали временные должности о̄рёси и цуйбуси — специальных контролеров или управляющих, которые назначались императором в особых случаях (военных конфликтов, земельных споров и пр.). Как правило, на эти должности выбирались представители местной знати.

Сюго имели следующие обязанности:

I — набор воинов провинции для сторожевой службы, и для службы на время военных действий,

II — поддержание порядка в провинции и, в случаях необходимости, арест преступников.

На эти должности, в большинстве случаев становившиеся наследственными, назначались наиболее преданные военачальники сёгуна, часто уже занимавшие какие-либо должности в провинциальных управлениях. Такими были главы домов Миура, Тиба, Ояма. Сюго, обладая военной силой, под предлогом преследования преступника вторгались в сё̄эн, присваивали себе земли арестованного, или просто захватывали те или иные участки.

Судя по всему, введение административных должностей дзито и сюго давало возможность бакуфу установить некоторый контроль над землями и людьми, хотя на всем протяжении существования первого сёгуната управление как земельными владениями, так и провинциями сохранялось, по большей части, в руках прежних владельцев.

Гокэнин (вассалы сёгуна) — еще одно введение Ёритомо. В эпоху Хэйан «кэнин» назывались воины (буси, или самурай), служившие аристократическому (кугэ) или военному (букэ) дому. Они подчинялись приказам главы воинского формирования (ро̄до̄ или ро̄дзю̄). Слово гокэнин образовано добавлением уважительной частицы «го» к прежнему названию. Это были воины-буси, находившиеся на службе у Минамото-но Ёритомо и его сыновей. Гокэнин, или, как их еще называли, Камакура-доно гокэнин («гокэнин камакурского господина») или Канто̄ гокэнин, имели как бы более высокий статус, чем остальные буси. В их обязанности на службе сёгуна входило:

I — нести сторожевую службу у императорского дворца;

II — осуществлять охрану дворца сёгуна в Камакура;

III — охранять границы страны от вторжения чужеземцев;

IV — исполнять военную службу в случае возникновения войны.

За это сёгун, в свою очередь, должен был обеспечить им гоон — охрану незыблемости земельного владения, к которому могли присоединяться дополнительные участки в качестве вознаграждения за службу.

Хотя Минамото-но Ёритомо стремился утвердить свою власть в рамках политической системы Камакура бакуфу, он не намеревался при этом ликвидировать власть императорского дома. Такая двойственность властных структур была отражением сложных процессов, происходивших в то время в японском обществе.

Успешная кампания против северных Фудзивара (осю сэйбацу) была настолько убедительным доказательством военной мощи Минамото-но Ёритомо, что в 1192 г. последовал императорски указ, даровавший ему титул сэйи тайсёгун. Забегая вперед, необходимо отметить, что Ёритомо уходит в отставку с поста сёгуна в 1195 г. с тем, чтобы получить более высокий пост в общегосударственной иерархии — утайсё̄ (главы внутренней дворцовой стражи). Это показывает, что для Ёритомо было по-прежнему важно вписаться в существовавшую иерархическую систему императорского двора. Так же, как Тайра-но Киёмори, Ёритомо мечтал стать дедушкой императора, и, таким образом, легитимным соправителем в государстве. В 1195 г. ему удалось выдать дочь замуж за императора Готоба. Но мечтам не суждено было сбыться из-за скорой смерти дочери. В 1196 г, Ёритомо вернулся в Камакура. Фоном этих событий стал его конфликт с его старейшим соратником, представителем столичной аристократии Кудзё̄ Кандзанэ, дочь которого также была одной из жен императора. Кудзё̄ Канэдзанэ стал сэссё̄ в 1186 г. Он был сторонником сотрудничества императорского двора и бакуфу, и есть свидетельства, что будто бы именно он способствовал выходу императорского ука о присвоении титула сэйи тайсёгун Ёритомо в 1192 г. Однако 1196 г. политическая карьера Кудзё̄ Канэдзанэ завершилась, он лишился всех титулов и поста главы дома-клана.

Подобно большей части аристократических семей, дом Минамото имел свою систему управления людьми и землями. Ее элементами были, во-первых, образованное в 1180 г. самурай докоро, помимо исполнения военных и полицейских функций, ведавшее делами вассалов Минамото — гокэнин; во-вторых, юридическое ведомство монтю̄дзё, созданное в 1184 г. и занимавшееся судебными делами; и, в-третьих, мандокоро (или кумондзё), созданное в 1190 г. для решения как политических, так и общеадминистративных вопросов. Постепенно эти ведомства одного дома-клана начали работать в более широких, общегосударственных масштабах. Таким образом к концу XII в. были фактически созданы все главные институты управления бакуфу.

Кроме того, были созданы ведомства в районах, которые необходимо было держать под постоянным контролем. В императорской столице была учреждена должность Кёто сюго (своего рода, военный губернатор Киото), в зону деятельности которого входила не только столица, но и западная часть страны. На Кю̄сю̄ был назначен тиндзэй бугё̄. Район, присоединенный после военного похода на север 1189 г. начал управляться с 1195 г. осю собугё. На эти должности назначались наиболее верные вассалы Минамото-но Ёритомо. На уровне провинций исполнение распоряжений бакуфу было в руках сюго, в сёэн — дзито.

Однако при этом общегосударственная система управления рицурё, отягощенная институтами эпохи инсэй, также сохранилась. Таким образом, власть двора (кугэ сэйкэн) и власть военного сословия (букэ сэйкэн) продолжали существовать параллельно. Обе сложные разветвленные властные структуры поневоле взаимодействовали, поскольку ни одна из них не была в состоянии полностью взять верх. Это вынужденное взаимодействие было одной из характернейших черт первого сёгуната.

После смерти Минамото-но Ёритомо в 1199 году Ходзё Токимаса стал регентом (сиккэн, букв, «держатель власти») при Ёрииэ, втором сёгуне. Таким образом, внутри высшей власти бакуфу возник аналог дуальной системы императорского правления. В ней также возникли два соправителя, связанных родственными узами по материнской линии; при этом реальное управление осуществлял сиккэн из дома Хо̄дзё̄, а сё̄гун из дома Минамото обладал лишь представительскими функциями.