Хотя касса и страдает еще неизлеченным недугом недоимочности, но выгоды кассы несомненны. Мы начинали дело с одной тысячи, а теперь их у нас почти двадцать одна; каждый год дает по несколько тысяч. Поэтому новые расходы в несколько сотен касса понесет совершенно свободно».

Затем отец Роман прочитал заявление священника Антония Мшанецкого, который предлагал ввести в устав новый параграф, позволявший тратить уже имеющиеся средства на постройку и ремонт церквей. Но это предложение категорически было отвергнуто, так как не соответствовало благотворительным целям учреждения, направленным на помощь семьям священнослужителей.

На собрании состоялись выборы членов Правления и ревизионной комиссии на следующий год. Председателем Правления был вновь избран отец Роман, председателем ревизионной комиссии – протоиерей Евгений Аквилонов, а одним из членов ревизионной комиссии протоиерей Георгий Шавельский. В конце собрания протопресвитер Александр тепло поблагодарил отца Романа и его сотрудников за их труды, принесшие в столь краткий срок обильные плоды.

Став священником, отец Роман всего себя посвятил приходской деятельности, и этот напряженный труд через несколько лет сказался на его здоровье: он заболел туберкулезом, туберкулезом заболела и его супруга, и дальнейшее их пребывание в климате Санкт-Петербурга врачи сочли нежелательным.

3 октября 1908 года архиепископ Варшавский Николай (Зиоров) назначил отца Романа настоятелем Николаевской церкви в городе Томашове Петроковской губернии и законоучителем местного Александровского 4-х классного училища. На очередном собрании военного и морского духовенства, состоявшемся 17 ноября 1908 года, протопресвитер Александр Желобовский сообщил, что священник Роман Медведь по слабости здоровья переходит на службу в епархию на родине. Он поблагодарил отца Романа за добросовестность, усердие и рачительность, с которыми тот вел дела благотворительности. «За четыре года своего существования, – сказал отец Александр, – касса имеет уже капитала до 25 тысяч рублей, и за эти же годы выдала пособий 16 тысяч рублей. Мне и в голову не приходило, чтобы это дело дало такой блестящий результат».

После кончины протопресвитера армии и флота Александра Желобовского на эту должность 7 мая 1910 года был назначен протоиерей Евгений Аквилонов, придерживавшийся во многом взглядов своего предшественника. Будучи сам ученым богословом, он был ценителем высшего богословского образования и старался привлекать на службу в ведомство военного духовенства священников с академическим образованием. Через неделю после своего назначения протоиерей Евгений исхлопотал возвращение отца Романа в военное ведомство и 14 мая 1910 года назначил его настоятелем построенного в 1857 году обширного Адмиралтейского собора в Севастополе, вмещавшего до восьмисот человек, освященного в честь святителя Николая Чудотворца. К собору были приписаны храм святого равноапостольного князя Владимира и церковь Черноморского флотского экипажа во имя святого Ростислава, вмещавшая до тысячи человек, построенная для матросов, которые жили на берегу, и для обучавшихся новобранцев. Причт собора размещался в расположенном рядом с собором каменном двухэтажном доме. 20 июня 1910 года отец Роман был возведен в сан протоиерея и назначен благочинным над Севастопольскими неподвижными военно-морскими храмами Черноморского флота.

Еще в 1905 году командование Черноморским флотом было обеспокоено религиозным и нравственным состоянием моряков. Командование видело главным средством воспитания команд их духовно-нравственное развитие, проведение бесед для противодействия влиянию сектантов и антиправительственных агитаторов. Однако при массе живущих в Севастополе моряков их религиозные пожелания удовлетворить было почти невозможно. Имеющийся в Севастополе небольшой штат морского духовенства при существовавших трех храмах морского ведомства едва мог удовлетворить религиозные потребности офицеров и их семей. Сами храмы могли вместить лишь небольшую часть моряков, на судах находилось всего два священника, и потому большая часть моряков не только была лишена духовного руководства, но и лишена возможности посещать богослужения. По этой причине командование Черноморского флота просило штаб флота увеличить число штатных священнослужителей, добавив к двум имеющимся восемь священников, по числу флотских экипажей. Или хотя бы даже трех – на два экипажа по одному священнику. Командование просило назначить священников «достаточно подготовленных, обладающих даром слова и могущих относиться к делу не с официальной лишь стороны, а вложить в него все свои силы и способности».

Назначение отца Романа благочинным явилось благоприятным для созидательной деятельности флотского духовенства. В конце 1910-го и в начале 1911 года был проведен ряд собраний берегового духовенства и офицеров Черноморского флота под председательством командующего флотом вице-адмирала Ивана Федоровича Бострема. На этих собраниях духовенство дружно свидетельствовало о низком религиозно-нравственном уровне моряков, причем именно тех, кто уже служил некоторое время во флоте. Нравственное состояние новобранцев, по мнению духовенства, было вполне удовлетворительно. Отец Роман сообщил, что доля новобранцев, не пораженная добрачным сожительством и развратом, была от 60 % до 90 %, зато старослужащие были задеты различными формами разврата от 90 % до 99 %. Причины этого он видел, в частности, в неблагоприятных условиях служения духовенства на флоте. Например, литургии на кораблях совершались только в двунадесятые праздники, и для ведения бесед с нижними чинами священникам флотским начальством времени не предоставлялось. Только во второй половине 1911 года в связи с широким распространением сектантства и по инициативе вице-адмирала Бострема духовенству было разрешено собраться на совещание, которое привело наконец к практическим результатам: «Стали более точно соблюдаться статьи морского устава относительно богослужений, то есть чаще стали совершаться обедни и всенощные бдения; священнику было предоставлено два часа в неделю для бесед с командой; было назначено по одной копейке с человека для приобретения и бесплатной раздачи командам брошюр и листков религиозно-нравственного содержания…»

После назначения командующим Черноморским флотом вице-адмирала Андрея Августовича Эбергарда к этим положениям добавились новые: «Благочинные, сначала судовой, а потом флагманский, получили права непосредственных докладов командующему флотом; те суда, где не было священников, были распределены между наличным составом духовенства; не осталось ни одной части флота, которая не была бы поручена духовному наблюдению того или другого священника; священники стали вести беседы не только на тех судах, на которых числились, но и судах, им приписанных; было вменено в обязанность командам судов, не имеющих своих священников, посещать богослужения в береговых морских храмах, и главным образом во Владимирском соборе». Морякам наконец была дана возможность соблюдать пост и приготовиться к исповеди и принятию Святых Христовых Таин. Хотя результаты этих мер и получились утешительными, но, однако, недостаточными в сравнении даже с тем, что было тогда в армейских частях.

Приближалось смутное время, обнажавшее не только социальные, но и религиозные проблемы. «Таврические епархиальные ведомости» в 1911 году писали о них: «Злоупотребляя дарованной Высочайшим Манифестом 17 апреля 1905 года религиозной свободой, всюду в городах и в селах появились разного рода лжеучителя, которые под видом благочестия и проповеди о спасении во Христе стали распространять в народе пагубные ереси…

Город Севастополь в этом отношении является наглядным, весьма характерным, хотя и печальным примером. Здесь приютились и ведут деятельную пропаганду всякого рода сектанты. Здесь есть баптисты, „евангелические христиане“, адвентисты, есть хлысты, „новые израилитяне“, духоборы, толстовцы. Все эти сектанты враждуют друг с другом, в одном только они сходятся – в крайней вражде и ненависти к Церкви Православной».