Послы нагло врали, как, впрочем, и положено дипломатам. Расходные книги Чудова монастыря засвидетельствовали факт осады Кремля с полной неопровержимостью. В середине мая 1586 года монастырь закупал боеприпасы «для осадного времени». Как видим, монастырские служки и холопы в дни осады охраняли кремлёвские стены вместе с верными Годуновым стрельцами.

Поднимать население на восстание — дело крайне опасное, особенно когда зачинщики восстания стремятся не к радикальным переменам, а к простой смене правителей. Это ещё раз показал московский бунт 1586 года: чернь вышла из-под контроля Шуйских. Уничтожение клана Годуновых и, возможно, Романовых, могло произойти только ценой большой крови и полного разгрома стрельцов. А что потом? Смогли бы в случае победы Шуйские обуздать московскую чернь? Однозначных ответов на эти вопросы у Шуйских, видимо, не было, и они решили заключить мир с Борисом Годуновым. Роль посредника взял на себя митрополит Дионисий. В нашей исторической литературе его принято называть сторонником Шуйских. На самом же деле Дионисий был хитрым и чрезвычайно честолюбивым человеком. Его поведение свидетельствует о том, что он не желал полной победы ни Шуйским, ни Годуновым. А сторону тех и других Дионисий принимал исключительно из тактических соображений. Он вёл свою борьбу за власть. Заметим, у него было много шансов на успех. Дионисий мечтал стать наставником и фактическим правителем при набожном царе Фёдоре. В Средние века отмечены десятки случаев, когда глава церкви становился главой светской власти при неспособном правителе.

С помощью Дионисия стороны быстро достигли компромисса. Князь Иван Петрович Шуйский вышел к восставшим и заявил, что Шуйские помирились с Годуновыми. Из толпы вышли два купца и сказали князю: «Помирились вы нашими головами: и вам от Бориса пропасть, и нам погибнуть». В ту же ночь эти два купца были схвачены.

Какое-то время условия соглашения между Годуновыми и Шуйскими более-менее выполнялись обеими сторонами. А тем временем Шуйские готовили страшный удар Борису — развод царя Фёдора с Ириной. (У Фёдора и Ирины не было детей, хотя царица неоднократно беременела, но каждый раз случались выкидыши).

Вскоре представители земства вместе с митрополитом явились во дворец и подали царю Фёдору прошение, «чтобы он, государь, чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». Прошение это было равнозначно соборному приговору: его подписали князь Иван Шуйский и ряд членов Боярской думы, митрополит Дионисий, епископы и вожди посада — гости и торговые люди.

Шуйские недооценили характер Фёдора. Ещё в последние годы жизни Иван Грозный пытался заставить развестись Фёдора, но каждый раз наталкивался на решительное сопротивление. Применить же крайние меры после убийства царевича Ивана Грозный не решался. Сейчас же развода требовал не свирепый царь-отец, а подданные. Заметим, что хотя Фёдор не любил лезть в государственные дела и доверял это ближним боярам, но при этом никогда не считал их равными себе.

Царь категорически отверг идею развода. Кроме того, красноречивому Борису удалось перетащить на свою сторону митрополита Дионисия. Вопрос о разводе царя был снят.

Настал черёд и Годунову нанести ответный удар. Шуйских он решил оставить напоследок, а пока надо было свергнуть церковную верхушку. 13 октября 1586 года по приказу царя митрополит Дионисий был лишён сана. Борис Годунов довольно мягко обошёлся с честолюбивым митрополитом. Дионисия сослали в новгородский Спасский Хутынский монастырь, игуменом которого он был до своего назначения на митрополию. Его ближайшего сподвижника Сарайского и Крутицкого епископа Варлаама Пушкина отправили в Антониев монастырь в Новгороде. Опальные церковники получили возможность продолжать свои «беседы» в тиши и уединении. Место Дионисия на митрополичьей кафедре занял Иов.

Согласно «Истории патриарха Иова», в апреле 1569 года Иван Грозный посетил Успенский монастырь, стоявший на берегу Волги напротив города Старицы. Царь обратил внимание на молодого монаха Иова — воспитанника архимандрита Германа. Был он красив, имел приятный голос, проникновенно читал наизусть Писание и произносил слова молитв столь трогательно, что Грозный царь со своими опричниками плакали в умилении... Царь повелел произвести Иова в архимандриты.

Родители Иова были простыми посадскими людьми, так что путь к светской карьере их сыну был закрыт. Но успехи в церковной карьере зависели гораздо больше от личных качеств человека, нежели от его происхождения. Вспомним, к примеру, что Никон и Аввакум были из одной деревни.

В 1571 году Иов становится архимандритом московского Симонова Успенского монастыря, а через четыре года — архимандритом более престижного Новоспасского монастыря. 16 апреля 1581 года Иов был рукоположен в сан епископа Коломенского.

По свидетельствам современников, Иов имел хорошее образование, но был человеком посредственным. Такие люди навсегда задерживаются на средних ступенях служебной лестницы, они являются хорошими исполнителями, но мало подходят на роль главных действующих лиц.

9 января 1586 года, в разгар борьбы с Шуйскими, по велению Годунова Иова перевели из Коломны в Ростов и назначили архиепископом Ростовским, Ярославским и Белозерским. Пробыв архиепископом менее года, Иов уже 11 декабря 1586 года занял митрополичью кафедру.

В середине декабря 1586 года Шуйские вновь организовали мятеж московских горожан. О подробностях мятежа официальные летописцы молчат. Но любопытно донесение витебского воеводы польскому королю, отправленное в конце декабря. Воевода писал, что мятеж горожан в Москве возглавил Андрей Иванович Шуйский. Восставшие якобы напали на двор Годуновых и разгромили его. При штурме двора были убиты сам Борис и 800 человек его сторонников. На самом деле штурм годуновского подворья не удался, и сам мятеж был подавлен.

Расправа над побеждёнными на сей раз была жёстче. Купец Фёдор Нагай и шесть купцов — сторонников Шуйских были публично казнены у Кремлёвской стены. Десятки торговых людей разослали по разным городам «на житьё».

Князья Шуйские были отправлены в ссылку в свои вотчины. Но в начале 1587 года Борис Годунов приказал взять под стражу Шуйских. Князя Ивана Петровича Шуйского схватили по дороге, когда он ехал в свою суздальскую вотчину. Иван Петрович под караулом был отправлен на Белоозеро. Там его постригли в монахи под именем Иова. 16 ноября 1588 года старец Иов преставился, причём недруги Годунова утверждали, что его удавили по приказу Бориса. Пока ни современниками ни историкам не приходило в голову обвинить Бориса в глупости или патологической жестокости. Так зачем же ему понадобилось убивать весьма популярного в народе человека, героя обороны Пскова, который, став монахом, уже не мог участвовать в политической борьбе, даже если бы ему удалось бежать из монастыря?

Князь Андрей Иванович Шуйский был отправлен в Каргополь, где через полгода скончался при невыясненных обстоятельствах. Естественно, и его смерть приписали козням Бориса.

В города Галич и Шую были сосланы братья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Ивановичи Шуйские. Опалы непосредственно не затронули В. Ф. Скопина-Шуйского, который находился «на жаловании в Каргополе» и не принимал участия в мятеже 1586 года.

По отдалённым городам были разосланы и сторонники Шуйских. Так, князя И. А. Татева сослали в Астрахань, И. Ф. Крюк-Колычева — в Нижний Новгород и т. д. На время из столицы был удалён и свояк Шуйских князь Д. А. Ногтев-Суздальский. Его ссылка была почётной — он стал воеводой в Свияжске.

Сторонник Шуйских боярин Ф. В. Шереметев не подвергся опале вместе с Шуйскими и сохранил боярский чин. Но в 1589—1590 годах, видимо не без связи с делом Шуйских, он был вынужден постричься в монахи.

Разгромив клан Шуйских, Борис дал ясно понять князьям Рюриковичам, что им и их сторонникам нечего и мечтать о престоле.

Коллегиальное управление, бывшее в России в 1584—1585 годах, постепенно превращается в единоличное правление Бориса Годунова. Естественно, это сказывается и на богатстве рода Годуновых. В 1584—1586 годах царь Фёдор жалует Борису и его родне десять вотчин. Отметим лишь пожалование в