После сражения Дмитрий Иванович Шуйский с воеводами даже не позаботились известить царя о битве под Новгородом Северским. Борис узнал о ней из других источников и тут же прислал в войско чашника Вельяминова-Зернова, велев сказать Мстиславскому: «Государь и сын его жалуют тебя, велели тебе челом ударить, да жалуют тебя, велели о здоровье спросить». Князю Д. И. Шуйскому с товарищами царь велел поклониться и добавить: «Слух до нас дошёл, что у вас, бояр наших и воевод, с крестопреступниками литовскими людьми и с расстригою было дело, а вы к нам не писали, каким обычаем дело делалось, и вы то делаете не гораздо, вам бы о том к нам отписать вскоре».

Царь Борис решил укрепить командование действующей армией и послал в помощь Мстиславскому... Василия Шуйского.

21 декабря 1604 года войско самозванца потерпело тяжёлое поражение у села Добрыничи, но к этой победе братцы Шуйские имели весьма малое касательство.

После смерти царя Бориса три брата Шуйские присягнули царевичу Фёдору. Апрель, май и начало июня 1605 года братья провели в Москве. Чем они занимались, историкам не ведомо, видимо, просто ожидали развязки драмы.

Ни один из Шуйских не поехал вместе с другими боярами в Тулу присягать Лжедмитрию. Лишь в Серпухове Дмитрий Шуйский и Фёдор Мстиславский встречали самозванца.

20 июня 1605 года самозванец торжественно въехал в столицу. Вот тут бы Василию Ивановичу выйти ему навстречу и торжественно объявить, что злодей Борис заставлял-де его молчать четырнадцать лет, что он сам хоронил в Угличе подставного ребёнка и т. д. Однако Василий этого не сделал, его вообще не было среди встречавших.

23 июня по приказу Лжедмитрия были арестованы Василий Шуйский и его два брата. К Петру Басманову, которого самозванец поставил ведать политическим сыском, пришло несколько доносов на Василия Ивановича Шуйского. Шуйский якобы говорил: «Черт это, а не настоящий царевич! Не царевич это, а расстрига и изменник!» По другой версии Шуйский даже пытался устроить государственный переворот.

Во всяком случае, никаких конкретных обвинений, предъявленных В. И. Шуйскому, до нас не дошло.

Подойдём к «заговору» Шуйских с точки зрения здравого смысла. Какая-то вероятность успеха у Шуйских могла быть, когда самозванец находился ещё в Туле. Но сейчас, когда он торжественно встречен в Москве народом, в самый разгар эйфории, охватившей столицу, поднимать мятеж? Это было бы равносильно самоубийству, а Шуйских за дураков никто и не считал. Вполне логично было бы им подождать, пока пройдут торжества, уляжется эйфория, народ не только не почувствует облегчения, а, наоборот, ощутит новые тяготы. Самозванцу же придётся платить по счетам польским наёмникам, Мнишеку, купцам, польскому королю и т. д. Уплата же даже части этих долгов неизбежно должна была вызвать народное возмущение и, соответственно, падение самозванца. Так был ли резон Шуйскому спешить с организацией переворота, а тем более заниматься пустой болтовнёй о расстриге?

Отсюда явствует, что Дмитрий устроил провокацию против клана Шуйских. Тогда возникает вопрос: а зачем? Пока народ считает Отрепьева царём, никакие Шуйские не конкуренты сыну Ивана Грозного, а если выяснится, что на престоле беглый монах, то на престол может претендовать любой князь Рюрикович, а их в Московском государстве были десятки. Скорее всего, Дмитрия на расправу с Шуйскими подтолкнули бояре, видевшие в них конкурентов.

Риторический вопрос: кому мог встать на дороге клан Шуйских? Годуновы были мертвы или находились под стражей в отдалённых городах. Остаются Романовы.

Был резон пугнуть Шуйского и у Гришки Отрепьева. Он не боялся встречи с теми, кто знал царевича Дмитрия и инока Григория. Большинству он показывал большой пряник, а другим доставался кнут. Самозванец щедро одарил «свою мать» инокиню Марфу за то, что она «узнала» его, опального монаха Пафнутия произвёл в митрополиты Крутицкие, то есть сделал вторым лицом русской церкви, за то, что тот не узнал своего сожителя по келье. А тут главный свидетель молчит, словно воды в рот набрал. В народе о красноречивом молчании Василия Ивановича уже пошли дурные толки.

Дмитрий предал Василия Шуйского суду специально созванного собора, на котором присутствовали бояре, думные дворяне и духовенство. Собор был собран 24 июня, то есть на следующий день после ареста Шуйских. На соборе сам царь выступил с обвинением Шуйских. Он напомнил, что в роду князей Шуйских всегда были крамольники и что «отец» его Иван Грозный семь раз приказывал казнить изменников Шуйских, а «брат» Фёдор наказал брата Василия Шуйского также за измену. Фактически Лжедмитрий отказался от версии большого заговора. Трое братьев Шуйских лично хотели совершить террористический акт, «...подстерегали, как бы нас заставши врасплох, в покое убить, на что имеются несомненные доводы». Лжедмитрий уверял, что имеет неоспоримые доказательства вины Шуйских, и поэтому никакого разбирательства, допроса свидетелей и других формальностей на соборном суде не было.

Однако Дмитрию пришлось встретиться с сильной оппозицией в Боярской думе. Формально бояре «кричаху» на братьев Шуйских, но всё же они были против смертной казни. Что же касается Дмитрия, он и не собирался казнить Шуйских, и процесс о покушении на царя превратился в фарс. На соборе Василий Шуйский покаялся во всех приписанных ему преступлениях. «Виноват я тебе... царь-государь: всё это я говорил, но смилуйся надо мной, прости глупость мою!» — говорил Шуйский. Он просил патриарха и бояр сжалиться над ним и просить за него царя. Собор осудил Василия Шуйского на смерть, а его братьев приговорил к пожизненному заключению. Казнь боярина была назначена на следующий день.

Утром 25 июня Василия Шуйского вывели на Красную площадь, где собралась многотысячная толпа горожан. Боярин был взведён на эшафот, где ему зачитали приговор и перечислили его преступления. По одним сведениям, Василий, стоя у плахи, плакал и молил о пощаде: «От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирождённого государя своего», взывал к народу: «...помилуйте меня от казни, которую заслужил». По другой версии, он просто простился с народом, объявив, что умирает за правду, за веру и народ христианский.

Шуйский уже положил голову на плаху, как из Кремля выехал гонец, объявивший, что царь Дмитрий помиловал осуждённого.

Современники и позднейшие историки предлагали различные версии мотивов помилования Шуйского. Так, историк Р. Г. Скрынников ссылается на поляка С. Борша, прибывшего в Москву вместе с самозванцем. Борш писал: «Царь даровал ему жизнь по ходатайству некоторых сенаторов». Другие авторы утверждают, что Лжедмитрия убедил простить Шуйского его секретарь Бучинский, некоторые считают, что это сделал дьяк Афанасий Власьев. Называют даже царицу Марфу, которая была ещё в дороге и знать не знала о процессе Шуйского.

На самом же деле руководил всем фарсом сам Отрепьев, хотя, возможно, идея была подана ляхами. Цель самозванца была достигнута — Шуйских основательно пугнули. А начинать царствование с казни «принца крови» милосердному царю явно не к лицу, да и в будущем Шуйские могли пригодиться в качестве противовеса другим боярским кланам.

Василий Шуйский вместе с братьями Дмитрием и Иваном были отправлены в ссылку в пригород Галича, а их имения отобраны в казну. Забегая вперёд, скажем, что 30 июля Лжедмитрий объявил полное прощение Шуйским, которые к тому времени ещё даже не доехали до места ссылки. Всех троих братьев отправили в Москву, где им вернули боярство и все вотчины.

В завершение спектакля «Дело Шуйских» самозванец пожаловал их дальнего родственника восемнадцатилетнего Михаила Васильевича Скопина-Шуйского титулом «Великий Мечник». В Западной Европе этот титул существовал с раннего Средневековья, им называли рыцаря, носившего за королём тяжёлый меч. На Руси такого титула никогда не было, видимо, тут Гришка поддался польскому влиянию. Между тем Михаил Скопин-Шуйский ухитрился в шестнадцать лет стать боярином. За что его так возвысил царь Борис, можно только гадать. Зато мотивы Отрепьева очевидны — сын Грозного царя приближает к себе юного, красивого и талантливого князя Рюриковича. Чем не украшение двора, да и в будущем он может пригодиться.