«И патриярх Иев со всем освящённым собором, слушев углетцкого дела, и сказу митрополита Галасеи, и челобитные городового приказщика Русина Ракова, говорил на соборе.

В том во всём воля государя царя и великого князя Фёдора Иоанновича всея Руси: а преже сего такова лихова дела и такие убойства стались и крови пролитье от Михаила от Нагово и от мужиков николи не было.

А перед государем царём и великим князем Фёдором Иоанновичем всея Руси Михаила и Григория Нагих и углетцких посадцких людей измена явная, что царевицю Дмитрею смерть учинилась божьим судом, а он, Михайло Нагой, государевых приказных людей: дияка Махаила Битяговского с сыном, и Микиту Кочалова, и иных дворян, и жильцов, и посадских людей, которые стояли за Михаила Битяговского и за всех за тех, которые стояли за правду и разговаривали посадцким людем, что они такую измену зделали, — велел побити напрасно, умышленьем, зато, что Михайло Битяговской с ним, с Михаилом с Нагим, бранился почасту за государя, что он, Михайло Нагой, держал у себя ведуна Ондрюшу Мочалова и иных многих ведунов.

И за то великое изменное дело Махайло Нагой з братьею и мужики углечане по своим винам дошли до всякого наказанья. А то дело земское, градское, в том ведает бог да государь царь и великий князь Фёдор Иоаннович всея Руси, всё в его царьской руке, и казнь, и опала, и милость, о том государю как бог известит.

А наша должная молити господа бога, и пречистую богородицу, и великих русских чюдотворцов Петра, и Алексея, и Иону, и всех святых о государе царе и великом князе Фёдоре Иоанновиче всея Руси и о государыне царице и великой княгине Ирине о их государьском многодетном здравии и о тишине межусобной брани».

На основании патриаршего приговора царь Фёдор приказал схватить Нагих и угличан, «которые в деле объявились», и доставить их в Москву.

Ещё раз отмечу, репрессии в Угличе начались только после вынесения соборного приговора, а до этого комиссия Шуйского никого и пальцем не тронула. Есть и ещё любопытная деталь, которую почему-то игнорируют наши историки. Многие «активисты» Нагих, как, например, тот же холоп Михаила Нагого Тимофей, до завершении следствия бежали из Углича. Угличане, оставшиеся в городе, были наказаны в соответствии со степенью участия в убийствах. Всего было наказано несколько десятков человек, одним отрубили голову, другим отрезали язык, а остальных сослали в Сибирь. Был «наказан» даже колокол в церкви у Спаса, в который бунтовщики ударили в набат. Колокол публично высекли плетьми, отрубили ухо, вырвали язык и отправили в Сибирь, где он был записан «первоссыльным неодушевлённым».

Братьям Нагим заодно с убийствами у Угличе навесили поджоги домов в Москве летом 1591 года. По совокупности преступлений их разослали «по городам». Марию Нагую «за недосмотрение за сыном» отправили в Николовыксинскую пустынь (монастырь), где она была пострижена под именем Марфы. Позже её перевели в Горицкий Воскресенский женский монастырь на реке Шексне.

Собственно, на этом угличская история и закончилась. О смерти царевича Дмитрия все забыли, тем более что в сентябре 1591 года царица Ирина вновь понесла. На сей раз ей удалось доносить ребёнка. Если бы ей удалось родить здорового сына, то об инциденте в Угличе в многотомной «Истории России» Соловьёва остался бы один абзац. Но, увы, 26 мая 1592 года у царя Фёдора родилась дочь, названная Федосьей. Она часто болела и умерла 25 января 1594 года. Через несколько лет и её сделают жертвой «коварного» Бориса.

В начале 90-х годов XVI века власть Бориса Годунова значительно возрастает. Если в 1584—1586 годах он был «первым среди равных» бояр, то к 1593 году он становится неограниченным властителем. К 1595 году официальный титул Бориса Годунова приобрёл следующий вид: «Царский шурин и правитель, слуга и конюший боярин и дворовый воевода и содержатель великих государств — царства Казанского и Астраханского». Такого титула никто и никогда не имел и не будет иметь в Московском государстве.

Борис Годунов стал крупнейшим землевладельцем в России. В начале 1587 года царь Фёдор пожаловал Бориса богатейшей вотчиной Вагой, а затем Комарицкой и другими волостями. Борис, как конюший и правитель, бесконтрольно распоряжался всей казной Московского государства.

Усилению власти Бориса способствовали также его успехи во внешнеполитических делах.

В январе 1590 года многочисленное русское войско двинулось к шведской границе. При войске находился сам царь Фёдор Иоаннович. Воеводами были: в большом полку — князь Фёдор Мстиславский, занимавший после ссылки отца первое место между боярами; в передовом полку — князь Дмитрий Хворостинин. При царе, в звании дворовых или ближних воевод, находились Борис Годунов и Фёдор Никитич Романов.

Русские войска взяли крепость Ям. Князь Хворостинин разгромил у Нарвы двадцатитысячное шведское войско под командованием Густава Банера. Остатки войска были осаждены в Нарве. Хотя противнику и удалось отбить приступ русских к крепости, шведское командование сочло нецелесообразным продолжать войну.

25 февраля 1590 года в лагере русских под Нарвой шведский фельдмаршал Карл Хенрикссон Хорн подписал перемирие сроком на один год. По условиям перемирия шведы возвращали русским крепости Ям, Ивангород и Копорье. Шведы предлагали окончательный мир, но русские основательно мириться без Нарвы не хотели.

Перемирие со шведами не продержалось и девяти месяцев. В ноябре 1590 года шведы внезапно напали на крепость Иван-город, но были отбиты. В декабре шведские отряды «пожгли сёла близ Яма и Копорья».

Летом 1591 года против шведов в Эстляндию была выслана сильная рать, большим полком которой командовал воевода Пётр Никитич Шереметев, а передовым полком — князь Владимир Тимофеевич Долгоруков. Шведам удалось разбить передовой полк, а Долгорукова взять в плен.

Летом того же 1591 года несколько шведских судов начали грабить берега Белого моря, но получили отпор и ретировались.

В октябре-ноябре 1592 года русские войска впервые за много лет начали наступление в Финляндии. Они подвергли огню и мечу территорию от Выборга до Або (Турку).

В ноябре 1592 года умер шведский король Юхан (Иоанн) III. На престол взошёл Сигизмунд III Ваза, который уже был королём Польши с 1587 года.

Русское правительство во избежание долговременной войны со Швецией и Польшей вынуждено было пойти на уступки новому королю. Говоря «правительство», мы подразумеваем Бориса Фёдоровича Годунова, который постепенно становился фактическим правителем государства. Слабоумный же царь Фёдор практически не вмешивался в вопросы внешней политики России.

18 (27)[11] мая 1595 года у мызы Тявзин на реке Нарове, к северу от крепости Нарва, был подписан Тявзинсий мирный договор. Согласно условиям договора:

— Россия уступает Швеции княжество Эстляндское со всеми замками: Нарва, Ревель, Вейсенштейн, Везенберг, Падис, Тольсборг, Нейшлот, Боркгольм, Гапсаль, Лоде, Леаль, Фикал.

— Швеция возвращает России замок Кекскольм (Корелу) с уездом и признает принадлежность русскому государству Ивангорода, Яма, Копорья, Нотебурга, Ладоги. Обязуется не нападать на Псков, Холмогоры, Кольский острог, Сумек (Сум-посад), Каргополь и Соловецкий монастырь.

Тявзинский договор давал определённые гарантии для транзита товаров в Россию и из неё, но лишал Россию возможности строить флот и порты на Балтике. Так, Выборг и Ревель открывались свободно для русского купечества, а Нарва — для шведского купечества, но не для иностранцев. Торг мог вестись только на нарвской стороне, но не на ивангородской. Для русских купцов взаимно открывались города Швеции, Финляндии и Эстляндии для торговли в соответствии с существующими пошлинами. Для всех иностранных купцов и судов Нарва должна быть закрыта. Русские не имели права создавать порты в городах Ингерманландии, например, в Ниене и Луге.

В целом мир оказался не выгодным для России и был следствием грубых просчётов наших дипломатов. Протестантская Швеция и католическая Польша физически не могли управляться одним монархом. Шведы испугались контрреформации и восстали против короля Сигизмунда III. Во главе восстания стал дядя короля герцог Карл Зюдерманландский (впоследствии король Карл IX). В 1598 году войско Карла разбило королевскую армию в битве при Стонгебру. В следующем году личная уния с Польшей была официально расторгнута.