В связи с началом войны Николай Александрович с семьей – женой, Наталией Александровной Гурвич, 3-летним сыном Сашей и 11-летней дочерью жены от первого брака Татьяной – осенью 1941 года эвакуируется в г. Улан-Удэ Бурят-Монгольской АССР. В сентябре 1942 года семья переезжает в Ташкент к семье младшего брата Сергея, к тому времени профессора строительной механики. В Ташкенте Николай Александрович занимается реабилитацией раненых, а также им «…за период эвакуации (1942–1943)… вычислены и подготовлены к печати „Пятизначные таблицы десятичных логарифмов“, получившие одобрение Московского математического общества»[10]. В 1943 году семья возвращается в Москву, где, с июля 1943 года, Н. А. Бернштейн становится профессором кафедры физиологии Государственного центрального ордена Ленина института физкультуры (ГЦОЛИФК), а с сентября 1943 – профессором Института психологии Академии педагогических наук. С июля 1944 года также начинает заведовать лабораторией физиологии движений Центрального научно-исследовательского института физкультуры (ЦНИИФК[11]). С 1943 по 1947 год Николай Александрович состоит научным консультантом, а с февраля 1948 по март 1949 года заведует отделением физиологии и патофизиологии движений в Московском научно-исследовательском институте протезирования Министерства социального обеспечения и читает курс психофизиологии движений на кафедре психологии МГУ.
Весной 1945 года ЦНИИФК и Институт неврологии выдвигают Николая Александровича кандидатом в члены-корреспонденты Академии медицинских наук СССР, куда его избирают в октябре 1946 года. Дирекция ЦНИИФК, представляя 5 мая 1945 года Бернштейна к званию члена-корреспондента Академии медицинских наук СССР, пишет: «Профессор Н. А. Бернштейн по праву считается создателем нового, советского периода в истории учения о движениях человеческого тела. Ни по совершенству техники исследования, ни по точности анализа механической стороны движения, ни по глубине проникновения в его физиологическую сущность в мировой литературе не встречалось и не встречается работ, стоящих на уровне исследований профессора Н. А. Бернштейна». Экспериментальный материал, накопленный к этому времени Бернштейном, становится основой его представлений об иерархическом многоуровневом управлении движениями человека со стороны центральной нервной системы, которые он излагает в монографии «О построении движений», опубликованной в 1947 году, за которую в мае 1948 года ему присуждают Сталинскую премию второй степени по биологическим наукам[12].
Но премия не спасла ученого от травли. Еще 29 ноября 1947 года в докладе «профессора А. Г. Воробьева» на совещании научно-технического отдела Ленинградского научно-исследовательского института протезирования «Очерки по гомомеханике. 1. Одно замечание по работам проф. Н. А. Бернштейна» автор требует «ввести в науку термин „гомомеханика“», которым, по его мнению, следует назвать все, что делает Бернштейн, и критиковать его «с точки зрения общей механики». Затем следует собственно критика, обоснованная лишь дважды повторенной в скобках фразой: «…развивается теория, это доказывающая». Надо сказать, что критика в адрес Бернштейна звучала и задолго до этого: в предисловии к остающемуся актуальным по сей день «Практическому руководству по циклограмметрии», изданному в 1934 году под общей редакцией Николая Александровича, руководство института, выпустившего эту книгу, указывает, что нельзя сводить «все объяснение движений… к кинематической картине и… количественному анализу… динамических усилий». Характерно, что расправу с учителем чинят руками его учеников: «…Для приведенных здесь критических замечаний по поводу установок Н. А. Бернштейна нами использованы… критические выступления… участницы настоящего пособия З. В. Могилянской»… Итак, в развернувшейся в CССР в 1948 году «борьбе с космополитизмом» физкультура и спорт нашли цель в лице Н. А. Бернштейна. В архиве Д. Д. Донского[13] хранится «Заключение по письму профессора Н. А. Бернштейна от 7 марта 1949 года на имя товарища И. В. Сталина», в котором рапортуется о редакционной статье в газете «Советский спорт» от марта 1949 года, озаглавленной «До конца разоблачить космополитов и их подголосков», причем нападки на работников в области физической культуры ведутся в связи «с одной антипартийной группой театральных критиков». В заключение даны итоги проведенных открытых партийных собраний, заседаний ученых советов Институтов физкультуры в Москве и Ленинграде, Института протезостроения[14]. Одобренная к печати книга «О ловкости и ее развитии» не издается. В августе 1950 года критика в адрес Бернштейна появляется на третьей странице газеты «Правда» в разделе «Критика и библиография» в статье «Против вульгаризации теории физического воспитания», подписанной П. Жуковым и А. Кожиным. В газете «Советский спорт» в сентябре 1950 года в статье «Где же учебники для физкультурных институтов и техникумов?» ругань в адрес теории Бернштейна возникает уже только в связи c критическим разбором учебника А. Д. Новикова «Физическое воспитание», как и в журнале «Теория и практика физической культуры» того же года.
Несмотря на продолжающиеся нападки на Бернштейна, в декабре 1950 года «решением Президиума академии медицинских наук постановлено развернуть при Институте нейрохирургии кабинет физиологии движений для восстановления экспериментальной работы» под его руководством. За полгода (с января по июнь 1951-го) Николай Александрович создает в Институте нейрохирургии кабинет физиологии движений, где уже с ноября с помощью хроноциклографической методики начинает исследования больных. В то же самое время, судя по письму, написанному Бернштейном в мае 1951 года Л. В. Чхаидзе[15], все тот же «погромщик» Жуков[16] на заседании в Институте нейрохирургии устраивает «дико погромное, в неприличной форме выступление, создавшее панику в местном штабе и впечатление у ошеломленного (очень тепло относящегося ко мне) коллектива, – что я погиб невосстановимо». В январе 1952 года Николая Александровича вместе с оборудованием переводят из Института нейрохирургии в Институт неврологии, где 19 марта 1953 года кабинет физиологии и патологии движений ликвидируют, а Бернштейна переводят на должность рядового сотрудника в лабораторию с тем же названием. 2 апреля 1955 года Николай Александрович Бернштейн, старший научный сотрудник Института неврологии АМН СССР, на основании собственного заявления уходит с работы в связи с переходом на инвалидность. Он зарабатывает переводами в реферативном журнале, где «за период с 1.IV.1955 по 1.IV.1959 выполнено… 725 рефератов… опубликованных в журнале „Биология“. C 1959 года (по 03.11.1964. – В. Т.) выполнено около 600 рефератов для журналов „Биология“ и „Математика“…»
Новая волна интереса к Николаю Александровичу Бернштейну возникает в связи с наступившей в СССР «оттепелью», а в российской науке – с интересом к новой науке кибернетике, исследующей принципы управления в технических и биологических системах: в 1957 году Бернштейн выступает на мехмате МГУ на семинаре Алексея Андреевича Ляпунова, а затем на Московском физиологическом семинаре, организованном в 1958 году Израилем Моисеевичем Гельфандом и Михаилом Львовичем Цетлиным. Поддерживая молодых, Николай Александрович пишет предисловия к книгам, привлекает их к написанию совместных статей для энциклопедии. В 1959 году при подготовке первых космонавтов к Николаю Александровичу обращаются с вопросами о возможности координированных движений человека в невесомости. Когда в декабре 1960 года в Москву приезжает «отец кибернетики» Норберт Винер, Николай Александрович переводит его лекции и дарит ему свою статью «Проблема взаимодействия координации и локализации» (1935), предвосхитившую идеи кибернетики.
