Противник пытался вырваться из окружения, создавая сильные группы численностью в несколько тысяч человек с танками и артиллерией. Однако части 39-й армии в ходе тяжелых боев не выпустили противника из котла, уничтожив большинство окруженных частей. 27 июня по предложению Людникова через радиоустановки немцам был передан ультиматум с предложением сложить оружие, после чего они начали сдаваться. С Витебской группировкой было покончено. В ходе этой операции вермахт потерял 20 тысяч человек убитыми и почти столько же пленными[101].
В июле — августе 1944 года 39-я армия влилась в состав 1-го Прибалтийского фронта и участвовала в изгнании немецких войск с территории Литвы и освобождении городов Шяуляя, Паневежеса. Каунаса. В интересах достижения общего успеха, в последующие несколько месяцев 39-я армия несколько раз переходила из «своего» 3-го Белорусского фронта в 1-й Прибалтийский и обратно. В сентябре армия Людникова получила приказ провести важную Таурагскую операцию, целью которой являлся разгром немецких войск у города Таураге, прикрывавших пути в Восточную Пруссию с северо-восточного направления. После тщательной разведки, проведенной по указанию Людникова, выяснилось, что оборона врага не имеет оперативных резервов. Как и в Витебском сражении, было принято решение нанести мощный удар на ограниченном участке. Артиллерийские позиции врага на высотах было намечено подавить «Катюшами».
Перед началом сражения на КП к Людникову прибыли представитель Ставки маршал Советского Союза А. М. Василевский, командующий фронтом генерал-полковник И. Д. Черняховский, член Военного совета фронта генерал-лейтенант А. А. Макаров, маршал артиллерии М. Н. Чистяков, генерал-полковник авиации Т. Т. Хрюкин. Присутствие такого количества видных военачальников дает представление о том, какое значение придавалось готовящейся операции.
Шестого октября, как и было намечено, залпами «Катюш» была начисто сметена вражеская артиллерия, прикрывавшая пути к Таураге. Главная ударная сила Людникова — 5-й гвардейский стрелковый корпус, при поддержке штурмовиков Ил-2 и артиллерии, прорвал вражескую оборону. Несмотря на довольно сильное сопротивление, 7 октября город был освобожден, остатки гарнизона взяты в плен. Продолжением операции явился захват сильно укрепленного городка Юрбаркас и переправа наших частей через Неман на его левый берег. Полки 262-й дивизии генерал-майора З. Н. Усачева 9 октября пересекли границу СССР и вошли в немецкое местечко Аугстогаллен, став, таким образом, первым соединением Красной армии, ступившим на территорию Германии.
В эти дни Людников испытывал огромное удовлетворение и радовался ратным подвигам своих бойцов и командиров, он вспоминал: «Эту дату — 9 октября — мы запомнили навсегда. В этот день войска 39-й армии первыми перешли границу гитлеровского рейха. За шесть дней наступления 39-я армия прошла с боями и маневром в другой район сто пятьдесят километров. Объезжая части, я не заметил усталости на лицах солдат… Граница Восточной Пруссии стала для них тем рубежом, на котором у каждого словно бы появилось «второе дыхание».
Незадолго перед Таурагской операцией случилось у Ивана Ильича еще одно радостное, хотя и неожиданное событие. К нему на фронт сумел добраться его старший сын Анатолий. Ему было неполных 17 лет, и он хотел воевать. Доводы отца о том, что его возраст в армию не берут, не подействовали. На это Анатолий возразил: «Ты с 15 лет в армии, а я что, хуже?» Пришлось оставить его в армии и зачислить в полк связи. Иван Ильич был с ним строг и даже поругивал, но в глубине души одобрил его решение.
Наступление наших войск в Прибалтике продолжалось почти без пауз. 11 октября И. Д. Черняховский вызвал Людникова на КП фронта, где уже находились командующие 5, 31 и 11-й гвардейской армий, и ознакомил их с задачей, поставленной перед войсками 3-го Белорусского фронта. Предстояло нанести мощный удар в направлении на Гумбиннен и Инстербург, ликвидировать войска противника перед границей Восточной Пруссии и прорвать укрепленную приграничную полосу. 39-й армии Людникова предстояло вступить в бой из второго эшелона и за четыре дня продвинуться на 30 километров. Важная роль, которая отводилась 39-й армии в предстоящей операции, свидетельствует о том, что успешные действия Людникова и его подчиненных в Белоруссии и Прибалтике не остались не замеченными Ставкой и командованием фронта.
О том, с чем пришлось столкнуться войскам 3-го Белорусского фронта на завершающем этапе войны, Людников вспоминал: «В течение долгих лет гитлеровцы создавали в Восточной Пруссии многополосную, глубоко эшелонированную систему полевых и долговременных укреплений… Города-бастионы прикрывались с востока многоэтажными дотами. Эти железобетонные подземные сооружения… лежали на пути к главной цитадели Восточной Пруссии, городу-крепости Кёнигсбергу… На защиту сел и городов Восточной Пруссии гитлеровское командование преднамеренно бросило те части, которые здесь же комплектовались… Они отстаивали свой родной дом, свою семью и сопротивлялись с невиданным ожесточением». Времени для подготовки наступления почти не оставалось, данных о системе обороны противника не хватало. Командование фронта провело силовую разведку, однако полученных результатов по-прежнему было недостаточно. Людников приказал своим подчиненным, следуя за атакующей в первом эшелоне 5-й армией, вести интенсивную разведку.
На следующий день после начала наступления 3-го Белорусского фронта — 17 октября — двинулась вперед 39-я армия. Однако выдержать заданный темп не удалось. Прусские укрепления оказались мощнее, а готовность противника оказать ожесточенное сопротивление — выше, чем это было под Витебском и в Литве. В течение двух с половиной месяцев, до середины января 1945 года, в войсках велась напряженная подготовка, солдаты и командиры учились преодолевать укрепления и сражаться ночью. 39-й армии, усиленной танковой бригадой и несколькими полками САУ, предстояло наступать на Пилькаллен и Тильзит.
Начавшееся 13 января 1945 года наступление с первых минут пошло не по плану: в полном тумане, несогласованно началась артподготовка, что вызвало резкую реакцию Черняховского, а погодные условия не позволили применить авиацию. Проанализировав сложившуюся обстановку, Людников предложил командующему фронтом использовать положение 94-го корпуса, глубже других углубившегося в немецкую оборону, и нанести удар на второстепенном направлении южнее Пилькаллена, поставив под угрозу окружения всю инстербургскую группировку гитлеровцев. Получив согласие Черняховского, 17 января 39-я армия Людникова прорвала немецкую оборону и через два дня овладела городом Тильзит.
В конце января Людников в расположении своей армии последний раз встретился с Черняховским и получил от него задачу на взятие Кёнигсберга — одной из сильнейших немецких крепостей. 18 февраля генерал армии И. Д. Черняховский был смертельно ранен осколком снаряда, командование фронтом принял маршал Советского Союза А. М. Василевский.
Преодолев сильную линию укреплений на реке Дайме, 39-я армия прорвалась на Земландский полуостров, а отдельные ее соединения вышли к побережью Балтийского моря. Части Людникова пресекли все попытки противника вырваться из окруженного Кёнигсберга и ликвидировали коридор, связывавший его с портом Пиллау. 6 апреля войска 3-го Белорусского фронта приступили к штурму Кёнигсберга. Ожесточение битвы возрастало с каждым днем. Людников и его подчиненные сполна испытали всю тяжесть этого сражения и горечь потерь. 7 апреля немцы 35 раз контратаковали наши части, из них 18 раз — позиции 39-й армии. 9 апреля Кёнигсберг был взят, а его почти стотысячный гарнизон капитулировал. Однако на участке армии Людникова на полуострове Земланд бои еще продолжались.
Во избежание ненужного кровопролития, 11 апреля А. М. Василевский обратился к продолжавшим сопротивляться немецким частям с предложением о сдаче в течение суток. Не получив ответа, советские войска открыли огонь на полное уничтожение противника. Наступил день 16 апреля, один из самых радостных в жизни Ивана Ильича Людникова. Вслушиваясь в тишину, нависшую над приморским простором, расстилавшимся впереди зеленью негустых перелесков и солнечными бликами моря вдали, он и находившиеся рядом офицеры штаба еще не понимали, что происходит. Поздним вечером того же дня части Людникова коротким штурмом подавили последний очаг сопротивления в местечке Фишхаузен. Так для него и его однополчан закончилась Великая Отечественная война.