Однако подобная кадровая политика таила в себе и большую опасность. Армянские наместники были склонны к сепаратизму, особенно соблазнительному при слабом контроле со стороны центральной власти. Когда правители Эдессы, в условиях постоянной мусульманской агрессии наделялись большей самостоятельностью. Вскоре, воспользовавшись борьбой различных группировок за власть в Константинополе в 1077 году, в Эдессе закрепились независимые армянские правители. Но единого и мощного государства в Эдессе создать армянам не удалось. Слишком много было претендентов на власть.
В 1096 году эти земли попали под контроль крестоносцев. Эдесса стала столицей франкского графства, существовавшего до 1144 года, пока город окончательно не попал под господство мусульман.
Армянский исследователь В.А. Арутюнов, на основе источников по истории Эдессы составил список византийских правителей Эдессы в 1032 – 1077 годах, отметив, что среди них подавляющее большинство составляли армяне.
1032 – стратиг протоспафарий Георгий Маниак, родом армянин. Он отвоевал город у мусульман.
1032 – 1036 – Лев Лепендрин, неудачно боролся с мусульманской агрессией и попав в плен сдал город сирийцам.
1037 – 1038 – стратиг Апокап, армянский ишхан (князь), ранее служил армянскому правителю Тайка Давиду, после военачальник императора Романа III Аргира.
1038 – стратиг, протоспафарий Варазваче Торникян из Тайка. Он происходил из знатного армянского рода. Варазваче отбил нападение на город мусульман.
1057 – 1058 – дука магистр Алусиан, болгарский принц из династии Комитопулов. Второй сын Болгарского царя в 1015 – 1018 годах, Ивана Владислава и Марии. Обосновался в Византии, получив титул магистра. Женился на знатной армянке из Харсиана. Управлял византийскими областями на Кавказе, в 1047 – 1048 годах фемой Васпуракан, до 1057 года – фемой Иверия. Был близок к императорской семье, его сестра Евдокия была женой Византийского императора в 1057 – 1059 годах Исаака I Комнина, а дочь Анна стала супругой императора Романа IV Диогена, правившего в 1068 – 1071 годах.
1059 – катепан Иоанн Дукица, возможно принадлежал к знатной аристократической фамилии Дук, в 1059 – 1078 годах, занимавших Византийский престол.
1062 – дука Даватанос, возможно происходил из рода Даватинов, погиб под Амидой в 1062 году.
1065 – дука Василий Апокан. армянский ишхан (князь), сын бывшего Эдесского стратига.
1066 – 1067 – Пигонит.
1068 – 1070 – дука Василий Алусиан, сын Эдесского дуки византийского магистра и болгарского принца Алусиана и армянки. В 1068 году он отстоял город от турок-сельджуков.
1071 – катепан проэрд Павел.
1072 —1077 – Лев (Левон) Даватанос, брат бывшего Эдесского дуки Деватаноса.
В 1071 году Эдесса едва избежала мусульманского господства. В августе 1071 года византийская армия была разгромлена сельджуками. Император Романе IV Диогене попал в плен. За свою свободу император обещал передать султану Алп-Арслану значительные территории, в том числе Эдессу, Антиохию и другие города. Но правительство отказалось ратифицировать договор. Эдессу сельджукам не передали. её новым наместником стал проэдр Павел.
Дальнейшая история Эдессы связана с армянским полководцем, византийским государственным деятелем Филартосом Вахамием (Филарет Варажнуни). Византийская принцесса Анна Комнина, дочь императора Алексея I, автор исторического труда «Алексиады», об истории правления своего отца, сообщает о Филартосе Вахамеи, что он был армянином, человеком значительного ума и мужества и стал доместиком императора Романа IV Диогена.
Византийский хронист Матвей Эдесский называет его изменником, выскочкой, принявшим греческую веру, презиравшим соотечественников и погубившим многих армянских князей.
Филартос, был выходцем их армянского Васпуракана. Его происхождение неизвестно. Вполне очевидно, был незнатен, иначе бы хронисты непременно указали бы на его родство с каким-либо царским или знатным родом. Владел укреплённым городом Мараш в Северной Киликии. Выдвинулся при императоре Романе IV Диогене, царствовавшим в 1068 – 1071 годах. Получил титул великого доместика схола Востока, то есть военного правителя всех восточных областей империи.
Филартос после прихода к власти в Византии в 1071 году Михаила VII Дуки, будучи сторонником свергнутого правителя Романа IV Диогена, не подчинился новому императору. Опираясь на значительные военные силы, в основном состоящие из малоазиатских армян, он укрепился в труднодоступных районах Киликии, отрезанных турками-сельджуками от основной части империи, и восстал против империи. Филартос со временем расширил свои владения в Киликии, Северо-Западной Месопотамии и Северной Сирии. Подвластные ему земли простирались от Сасуна в Киликии, который удерживал Торник Мамиконян, до Антиохии. Его резиденцией был город Мараш.
Для мятежа Филартос выбрал удачное время, когда центральная власть в империи была наиболее слабой. А турки-сельджуки застряли в Анатолии и не трогали Киликию. Армянское население региона поддерживало независимую политику Филартоса, но против него выступали армянские князья, считавшие его выскочкой.
Чтобы легитимизировать свою власть Филартос формально признал себя вассалом нового императора Никофора III Вотаниата, занимавшего престол в 1078 – 1081 годах. За поддержку Византийский монарх возвёл Филартоса в звание в севаста, а после августа. Это обезопасило его от притязаний Византии, турок-сельджуков и, главное, подняло авторитет у армянских князей. Филартос жестоко расправился с оппозицией. Его власть в подвластных ему землях быдла столь огромна, что Филартос даже вмешивался в духовные дела. Он, своей властью, назначал местных церковных иерархов.
Упрочив свою власть, Филартос приступил активной внешней политике. Воспользовавшись тем, что в 1076 году греки восстали и убили наместника Антиохии Васака Пахлавуни, родом армянина, Филартос захватил этот огромный город, сделав его своей резиденцией. В 1077 году его армия под командованием армянского князя Василия Апокапа осадила Эдессу. Армянское население города восстало против византийского дуки Льва Даватаноса. Дука, опасаясь за свою жизнь, бежал из города, после чего Василия Апокап вступил в Эдессу.
Филартос, в награду за военные успехи назначил Апокапа своим наместником в захваченной им Эдессе.
После смерти Василия Апокапа в 1083 году, его сменил дука Смбат Вхкаци, мужественный боец против турок-сельджуков. Смбат происходил из знатного армянского рода, имевшего родовое владение в Вихике, в южном Тайке, в Армении. Его отец Багтар Вхкаци состоял на византийской службе. В 1064 году он занимал важную должность катапана Востока и дука Иверии. Смбат был избран правителем Эдессы горожанами, собравшимися в храме Святой Софии, без санкции Филартоса Вахамеи.
Однако через полгода Смбат Вхкаци был смещён с должности августом Филартосом Вахамеем по доносу недовольных армянских ишханов. Филартос жестоко расправился с недовольными горожанами. Многих ослепили, других отправили в Марш резиденцию августа Филартоса в оковах. Их имущество конфисковали.
Вскоре, теснимый турками-сельджуками, в виду того, что мусульмане захватили Антиохию, Филартос Вахамий сделал Эдессу своей резиденцией.
Однако его сил недостаточно чтобы сдерживать натиск мусульман. У Филартоса нет союзников. Новый Византийский император Алексей I Комнин занят борьбой с южно-итальянскими норманнами, вторгнувшимися на Балканы. У него нет лишних войск. Более того император, чтобы не воевать на два фронта, заключил с турками мир и признал все захваченные ими земли в Малой Азии.
Это поставило августа Филартоса в трудное положение. Чтобы сохранить свои владения Филартос решил пойти на сговор с мусульманами. В это время в Малой Азии было много мелких и средних полунезависимых мусульманских государств. Чтобы обезопасить себя от их набегов Филартос признал себя вассалом Сельджукского султана Мелик-шаха, правившего в 1072 – 1092 годах.
Чтобы заручиться поддержкой султана Филартос Вахамий лично отправился ко двору Мелик-шаха в Багдад. В столице, в городе Эдессе, вместо себя август оставил ромейского князя Паракаманоса. Воспользовавшись отсутствием правителя в Эдессе, недовольные политикой августа Филартоса армянские князья организовали переворот. Паракаманос был свергнут и убит. Новым правителем Эдессы стал князь Парсам.
