20 августа перед командиром Группы «А» Героем Советского Союза Виктором Карпухиным в устной форме была поставлена задача: «Захватить Белый дом, интернировать правительство и руководство России». Для этого ему были приданы Группа «Вымпел» и силы МВД. Без больших человеческих жертв среди гражданского населения взять Белый дом было неосуществимо. Это было основной причиной отказа старших офицеров Группы «А» принимать участие в штурме.
5 декабря 1992 года. Москва. Аэропорт «Внуково». Освобождение 347 пассажиров (рейс Минеральные Воды – Москва), захваченных террористом-одиночкой.
Зима 1992 года. Северный Кавказ. Выполнение оперативных задач в зоне осетино-ингушского вооруженного конфликта совместно с сотрудниками «Вымпела». Старший – Герой Советского Союза Геннадий Зайцев.
1990-е годы. Сотрудники Группы «А» КГБ-ФСБ обеспечивали личную безопасность главы Русской Православной Церкви (РПЦ) во время поездок по стране и за рубежом. Командировки в Прибалтику, на Западную Украину, в Ростовскую область и город Волгодонск.
3-4 октября 1993 года. Москва. Дом Советов. Сотрудники Группы «А» и бойцы «Вымпела» приняли участие в разрешении острейшего политического кризиса, приведшего к массовым акциям неповиновения и боевым действиям в центре российской столицы. Отказавшись штурмовать Белый дом, они вступили в переговоры с защитниками парламента и вывели из горящего здания всех находившихся в нем людей. От пули снайпера погиб сотрудник Группы «А» младший лейтенант Геннадий Сергеев. Посмертно удостоен звания Героя России.
Командир Группы «А» – Герой Советского Союза генерал-майор Геннадий Зайцев, руководитель «Вымпела» – генерал-лейтенант Дмитрий Герасимов.
23-26 декабря 1993 года. Ростов-на-Дону – Краснодар – Минеральные Воды – Махачкала. Освобождение учительницы и 15 учеников 9-го класса «В» средней школы № 25 Ростова-на-Дону, захваченных вооруженной «бандой Казака». Старший – Герой Советского Союза Геннадий Зайцев.
26-27 мая 1994 года. Населенный пункт Кинжал (Ставропольский край) – Бачи-Юрт (Чечня). Освобождение 30 пассажиров экскурсионного автобуса «Икарус» со школьниками, их родителями и учителями, захваченных группой вооруженных чеченцев. Старший – Герой Советского Союза Геннадий Зайцев.
Весна-зима 1994 года. Город Моздок, Северная Осетия-Алания. Выполнение оперативных задач и охрана спецпоезда, в котором находились министр обороны Павел Грачёв и глава МВД Виктор Ерин. Старшие – Анатолий Савельев и Юрий Дёмин.
1995-1996 годы. Чеченская Республика. Сотрудники Группы «А» участвовали в боевых действиях, а также привлекались для ночного усиления в качестве мобильных групп антитеррора и дополнительной охраны Дома правительства и здания УФСБ в чеченской столице.
14-19 июня 1995 года. Группа хорошо вооруженных террористов численностью 195 человек, возглавляемая Шамилем Басаевым, захватила в заложники более 1600 жителей города Будённовска (Святой Крест), которых согнали в местную больницу. Тех, кто отказывался идти, расстреливали.
Террористы выдвинули требования российским властям: остановить военные действия в Чечне и вступить в переговоры с режимом Джохара Дудаева.
В ходе войсковой операции (командир «Альфы» – Александр Гусев) погибли сотрудники Группы «А» майор Владимир Соловов, лейтенанты Дмитрий Бурдяев и Дмитрий Рябинкин. Посмертно награждены орденами Мужества.
Август 1995 года. Москва – Северная Осетия-Алания. Задержание группы лиц, занимавшихся перепродажей огнестрельного оружия, поступавшего с Кавказа в столичный регион.
20 сентября 1995 года. Город Махачкала, Республика Дагестан. Освобождение пассажиров автобуса (маршрут Махачкала – Нальчик), захваченных двумя вооруженными террористами. Старший – Александр Гусев.
14 октября 1995 года. Москва. Васильевский спуск. Нейтрализация вооруженного террориста Виктора Сургая, захватившего в непосредственной близости от Кремля автобус с южно-корейскими туристами. Руководитель – генерал-майор Александр Гусев.
9-18 января 1996 года. Город Кизляр – село Первомайское. Республика Дагестан. Участие в освобождении большого числа заложников, захваченных в больнице Кизляра, по пути следования и на месте бандой террористов во главе с главарем «Армии генерала Дудаева» Салманом Радуевым и полевым командиром Хункар-Пашой Исрапиловым.
В ожесточенных боях за Первомайское принимали участие бойцы и сотрудники разных силовых ведомств: внутренние войска («Витязь») и специальные отряды быстрого реагирования (СОБР) МВД, ФСБ, СПБ, спецназ ГРУ и армейские подразделения Министерства обороны. В ходе войсковой операции погибли сотрудники Группы «А» майоры Андрей Киселёв и Михаил Воронцов. Посмертно награждены орденами Мужества.
11-28 августа 1996 года. Город Грозный, Чеченская Республика. Оборона здания УФСБ во время массированного нападения отрядов сепаратистов на чеченскую столицу. Сводный отряд состоял из 21 сотрудника Группы «А» и 14 бойцов Краснодарской «Альфы», а также работников УФСБ. Руководитель – Александр Михайлов.
10 декабря 1997 года. Москва. Аэропорт «Шереметьево-1». Нейтрализация Геннадия Тодикова, угрожавшего взорвать самолет Ил-62М, следовавший по маршруту Магадан – Норильск – Москва.
19-20 декабря 1997 года. Москва. Посольство Швеции. Освобождение торгового представителя Швеции Яна-Улофа Нюстрема, взятого в заложники вооруженным террористом Сергеем Кобяковым. В ходе операции погиб начальник штаба «Альфы» – полковник Анатолий Савельев, обменявший себя на заложника. Посмертно удостоен звания Героя России.
1999-2009 годы. Северный Кавказ. Сотрудники Управления «А» выполняли оперативно-боевые задачи на территории Дагестана и Чеченской Республики. Участие во второй военной кампании на Северном Кавказе.
Как уже было отмечено, после распада СССР и реорганизации КГБ Группу «А» передали в подчинение Главному управлению охраны России (ныне – ФСО). Сотрудники подразделения получили дополнительные задачи по обеспечению личной безопасности высших лиц государства.
В 1995 году «Альфа» вошла в состав Федеральной службы безопасности, а с 1998 года и по сей день Управление «А» является частью Центра специального назначения ФСБ России.
До начала второй чеченской войны оставался неполный год, когда 8 октября 1998 года по инициативе Директора ФСБ Владимира Путина было принято решение о создании мобильного «кулака» – в целях усиления силового блока ФСБ. Последующие события в стране и мире полностью подтвердили правильность и, что главное, своевременность принятого решения.
Знаковые операции Группы «Альфа» ФСБ России. 2000-е годы:
Январь 2000 года. Обеспечение личной безопасности Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, находившегося на Святой Земле по случаю 2000-летия Рождества Христова. Город Иерусалим, Израиль.
13 марта 2000 года. Захват террориста и полевого командира Салмана Радуева, осуществленный сотрудниками Группы «А» в составе сводной оперативно-боевой группы Центра специального назначения ФСБ России. Пос. Новогрозненский. Чечня.
21 сентября 2000 года. Освобождение строителей гостиницы, захваченных С. Хугаевым и И. Савченко. Поселок Лазаревское Краснодарского края.
19-22 июня 2001 года. Сотрудники «Альфы» участвовали в полномасштабной специальной операции по уничтожению банды одного из наиболее кровавых полевых командиров – Арби Бараева, отличавшегося маниакальной жестокостью и специализировавшегося на похищении людей и работорговле. Станица Ермоловская (Алхан-Кала), Чеченская Республика.
Вторая чеченская кампания:
11 июля 2001 года. Населенный пункт Майртуп Курчалоевского района, Чеченская Республика. Уничтожение одного из ближайших подручных главаря иностранных наемников Хаттаба – полевого командира, уроженца Саудовской Аравии Абу Умара, руководившего в 1990-х годах учебным лагерем по подготовке диверсантов-взрывников на окраине селения Сержень-Юрт.
31 июля 2001 года. Минеральные Воды. Нейтрализация террориста С. Эдиева, захватившего пассажиров автобуса «Икарус», следовавшего рейсом Невинномысск – Ставрополь. Старший – Александр Мирошниченко.