Несмотря на то, что в отрядах самообороны собралось значительное число патриотически настроенных людей, в большинстве случаев их желания и работа не приносили ожидаемых результатов. Это было результатом отсутствия координации в деятельности отрядов, командования отрядами некомпетентными лицами, плохого материально-техническое снабжения. И хотя ряд ответственных лиц пытался решить вопросы с анархией и разбродом в отрядах самообороны, сделать этого они так и не смогли. В связи с тем, что ни руководство страны, ни руководство МО не могли решить эту проблему, сами командиры частей и подразделений были вынуждены взять инициативу в свои руки. С этой целью 3–5 мая в Агдаме прошло совещание командиров отрядов, частей и подразделений, которые вели боевые действия в Карабахе. Среди участников были даже командиры 701-й ОМСБР Задир Рзаев, 703-й ОМСБР Наджмеддин Садыхов и 708-й ОТБР Эльхан Оруджев. Участники совещания выступили против того, что нет единого командования, каждый воюет сам за себя по своим личным планам. Они единодушно поддержали создание единого центра для совместной деятельности и приняли обращение к Верховному Совету, Кабинету министров, МО, гражданам Азербайджана⁹⁰.

В обращении говорилось, что участники совещания единогласно приняли решение об объединении отрядов, частей и подразделений в Военное Единство и создании Совета Военного Единства. В целях защиты интересов отрядов, частей и подразделений, контроля за исполнением решений Совета Военного Единства, решения организационных вопросов и вопросов снабжения единогласно был избран полномочный представитель Военного Единства – Сурет Гусейнов. Несмотря на то, что данное собрание и решение об образовании Военного Единства было продиктовано благими желаниями создания единого командования для защиты страны, по сути, оно означало нарушение принципа единоначалия в армии. Фактически создавалась параллельная структура по управлению войсками.

Видимо, решение командиров отрядов, частей и подразделений объединиться вокруг единого центра вызвало обеспокоенность властей. Так, уже 6 мая МО был издан приказ о создании единого командования всех воюющих частей, и данное командование было возложено на первого заместителя министра обороны – Дадаша Рзаева⁹¹.

В апреле начался процесс перевода территориальных отрядов самообороны в состав бригад, которые формировались в этом районе. Этот процесс сопровождался большими трудностями. Были большие проблемы с управляемостью некоторых территориальных батальонов самообороны. Привыкшие действовать сами по себе, многие территориальные подразделениям самообороны не признавали никакой власти над собой, самовольно оставляли свои позиции, нарушали принципы военной дисциплины и субординации. И данная проблема была характерна почти для всех районов. Кадровые офицеры, назначенные командирами соединений на территории прифронтовых районов, часто не могли добиться того, чтобы территориальные батальоны самообороны подчинялись им. Это было связано также с тем обстоятельством, что территориальные отряды самообороны формировались из местного населения сельских районов, и назначенные со стороны кадровые офицеры, которые уже многие годы служили за пределами республики, а некоторые плохо говорили по-русски, не могли установить никакого контакта с личным составом таких подразделений. А личный состав с недоверием относился с назначенным со стороны офицерам, которые к тому же плохо знали азербайджанский язык.

Ещё одним недостатком территориальных батальонов самообороны было то, что при их комплектовании применялся принцип формирования территориальных батальонов самообороны из числа местных жителей. Расчёт был на то, что люди, живущие в прифронтовой зоне, будут мотивированы необходимостью защиты мест своего проживания. Но такая форма комплектования территориальных батальонов самообороны имела и ряд существенных недостатков. Сформированные из числа жителей нескольких близлежащих сёл одного района, они сразу теряли свою манёвренность. Свою задачу они видели в том, чтобы защищать свои сёла, и ничего более. Перебросить их на другой участок фронта, вывести на полигоны для переформирования и обучения фактически не представлялось возможным. Кроме того, формирование таких подразделений из местных жителей приводило к тому, что по вечерам многие военнослужащие просто расходились переночевать по домам. Поэтому в случае боевой тревоги возникала проблема с тем, чтобы собрать личный состав. При начале наступления со стороны противника многие бойцы, бросив свои позиции, сразу разбегались по домам, чтобы вывести свои семьи. На это отдельно указал в своём выступлении 02 ноября 1993 г. Гейдар Алиев: «К примеру, большинство солдат и офицеров воинской части, вышедшей из Зангеланского района, – местные жители. И вместо того, чтобы воевать, защищать свою землю, они, едва заслышав стрельбу, занялись тем, что вывозили свои семьи, другими делами»⁹².

Бои за Шушу и Лачин показали, что территориальные отряды самообороны в массе своей небоеготовны и не способны выполнять поставленные боевые задачи. Командиру 704-й ОМСБР, подполковнику Эльбрусу Оруджеву, так и не удалось добиться того, чтобы территориальные батальоны самообороны начали подчиняться ему. Хотя по приказу МО все территориальные подразделения самообороны в Шушинском и Лачинском районах были переданы в его подчинение. Большая часть территориальных отрядов самообороны нарушала приказы командования, была неспособна выполнить поставленные боевые задачи, а зачастую просто бежала, бросив свои позиции.

В своей служебной записке (направленной в Кабинет министров, Милли Меджлис, МО, МВД) в конце мая 1992 г. чрезвычайный и полномочный представитель президента по Карабаху, Алисааб Оруджев, докладывал, что есть угроза захвата Тертерского, Агдамского, Кельбаджарского, Губадлинского, Зангеланского, Джебраильского, Геранбойского и Ханларского районов, и просил принять необходимые меры по укреплению обороны районов. В своей записке он так характеризовал положение дел в территориальных силах самообороны: «…Отряды самообороны вышеуказанных районов с трудом обороняют прифронтовые населённые пункты. Очень низкий уровень дисциплины среди офицеров и солдат национальных сил самообороны, неумение управлять военной техникой, отсутствие координации с силами соседних районов, отсутствие единого командования в последнее время показывает себя со всей откровенностью. Население, не чувствуя надёжной защиты, продолжает покидать свои дома. То, что добровольческие отряды были просто механически переведены в состав МО, создало обманчивое видение увеличения численности вооружённых сил, при этом боеспособность данных подразделений не увеличилась, а между новыми и предыдущими командирами сложились плохие отношения. Пользуясь случаем, хочу отметить необходимость перехода от комплектования армии добровольцами к комплектованию по призыву. Материально-техническое обеспечение армии, особенно вопросы продовольственного и прочего хозяйственного обеспечения, на низком уровне».

Несмотря на все сложности, заслуги территориальных отрядов самообороны в защите территориальной целостности Азербайджана не подлежат сомнению. С их участием было проведено много славных военных операций. На начальном периоде войны именно на их плечи легла основная тяжесть войны. Многие бойцы и командиры этих отрядов были удостоены звания «Национальный герой Азербайджана». Такие командиры территориальных отрядов самообороны, как Мехман Алекперов, Ширин Мирзоев, Аллахверди Багиров и многие другие, навсегда вписали своё имя в историю Азербайджана.

Но, т. к. их статус территориальных сил самообороны не отвечал требованиям военного времени, было принято решение об их ликвидации. 8 июня 1992 г. был ликвидирован штаб Сил национальной самообороны. В соответствии с данным приказом, офицеры и прапорщики передавались в распоряжение управления кадров МО. Солдаты и сержанты, служившие в отрядах самообороны по контракту, которые желают продолжить службу в рядах МО, должны были быть распределены по частям и подразделениям; не желающие продолжить службу в МО должны были быть уволены. Солдаты и сержанты, служившие в отрядах самообороны по призыву, должны были быть направлены в распоряжение организационно-мобилизационного управления МО⁹³.