Митрополит Афинагор принимал активное участие в работе всемирной ассамблеи Христианской ассоциации молодежи YMCA (Хельсинки, 1926 г.) и присутствовал в качестве наблюдателя на VII Ламбетской конференции (июль 1930 г.). В августе 1930 г. Синод Константинопольского Патриархата с согласия Элладской Церкви избрал его Архиепископом Нью-Йоркским, экзархом Северной и Южной Америки. Владыка Афинагор придал епархиальным архиереям статус викариев и ввел особый церковно-административный орган – духовно-светские ассамблеи, решения которых при одобрении Патриархии становились обязательными; в 1931 г. вступил в действие новый устав архиепископии для православных христиан греческого происхождения (действовал до 1977 г.). За время управления владыкой Афинагором архиепископии число общин в ней увеличилось со 119 до 350; в Помфрете (штат Коннектикут) были основаны семинария (1937 г.) и Академия св. Василия (1944 г.) (в 1947 г. их перевели в Бостон, при чем семинария получила название Святого Креста); открывались новые катехизаторские школы; с 1934 г. начал издаваться журнал «Православный обозреватель». Как и ранее на о. Корфу, владыка ввел полифоническое церковное пение за богослужением; в 1938 г. он принял гражданство США[90].
Американское руководство считало архиепископа Афинагора наиболее подходящей кандидатурой для нормализации отношений между Грецией и Турцией и для противостояния находившейся под советским влиянием Московской Патриархии. Правда, сначала выбор греческих властей склонялся в пользу бывшего Афинского архиепископа Хрисанфа (Филиппидиса), но затем им пришлось уступить. Так как владыка Афинагор не был гражданином Турции, его кандидатура противоречила постановлениям правительства о выборах Константинопольского Патриарха, однако, учитывая позицию администрации США, власти Турции допустили его выборы, и префект Стамбула выдал ему турецкий паспорт сразу же после прибытия Первосвятителя в аэропорт[91]. На кандидатуру владыки Афинагора также дал согласие представитель Католической Церкви в Нью-Йорке кардинал Спелман.
В первые годы своего Патриаршества Афинагор I был настроен резко антикоммунистически. В ноябре 1948 г., еще до интронизации, он заявил по бостонскому радио: «Америка помогает Турции и Греции, так как она знает, что эти два государства должны бороться против дикого зверя, угрожающего человечеству». 7 декабря в издаваемой в Сан-Франциско русской газете «Новая заря» было опубликовано интервью владыки корреспонденту газеты, в котором говорилось: «Мы, православные, простираем руку дружбы всем религиям, христианским, мусульманским и другим, желающим бороться против коммунизма и других сил, которые борются против свободы совести и основных прав человеческой личности. Если я поеду через Лондон, я переговорю с главой Англиканской церкви. Я был бы весьма счастлив, если бы глава римского католицизма Папа тоже протянул руку дружеского сотрудничества нам и принял бы нашу руку»[92]. Подобные заявления отвечали интересам американского правительства, стремившегося объединить Православные Церкви на Ближнем Востоке и Ватикан под флагом борьбы с коммунизмом.
27 января 1949 г. на своей интронизации Патриарх снова призвал к сотрудничеству христиан различных направлений и мусульман для борьбы против коммунистической опасности, которая угрожает личной свободе и всему цивилизованному миру[93]. В этой же речи он заявил: «Мы заблуждаемся и грешим, если думаем, что православная вера сошла с небес и что другие учения недостойны. Триста миллионов людей избрали магометанство как путь к Богу, а другие сотни миллионов – протестанты, католики и буддисты. Цель каждой религии – сделать человека лучше»[94]. Патриарх Афинагор также говорил, что всюду будет распространять американский стиль жизни, и все международные проблемы могут быть разрешены с помощью религии.
Когда Первоиерарх Зарубежной Русской Церкви митрополит Анастасий узнал о произошедших выборах Константинопольского Патриарха, то послал в греческий собор в Сан-Франциско в качестве своих представителей протопресвитера Михаила Польского и протодиакона Ф. Задорожного. Патриарх Афинагор пригласил их сослужить ему и заявил, что он одинаково относится ко всем русским, независимо от их юрисдикции[95]. При этом следует упомянуть, что в первой половине ноября 1948 г. Константинопольский Патриарх радушно принял в Нью-Йорке экзарха Московской Патриархии Северной и Южной Америки архиепископа Макария (Ильинского) и управляющего делами экзархата протоиерея Иосифа Дзвончика, обещав совершить богослужение в русском нью-йоркском соборе свт. Николая. А прихожане русских православных церквей в Америке писали в Париж своим соотечественникам, что Патриарх Афинагор перед отъездом из США всюду говорил, что «он друг Русской Церкви, сторонник единения всех Православных Церквей и готов служить во всех русских храмах»[96].
Новоизбранный Патриарх прибыл в Стамбул 26 января 1949 г. (с посадкой 25 января в Париже, где он совершил богослужение в храме св. кн. Александра Невского русского Западно-Европейского экзархата) на борту личного самолета американского президента Г. Трумена, который проводил Первосвятителя перед вылетом из Нью-Йорка. Вместо себя экзархом Северной и Южной Америки Патриарх Афинагор (занимавший престол до своей кончины 7 июля 1972 г.) назначил архиепископа Коринфского Михаила. Согласно мнению некоторых историков, кандидатуру владыки Афинагора «навязали США, желавшие обеспечить улучшение отношений между Грецией и Турцией»[97]. Афинагор I стал первым Константинопольским Патриархом, посетившим столицу страны Анкару, где встретился с президентом Турецкой республики.
В Турции существовало мнение, что избрание Патриархом Афинагора спасло Константинопольскую Патриархию от превращения в послушный инструмент Советского Союза. Так, редактор турецкой газеты «Сон Поста» писал 8 февраля 1949 г.: «Православные Церкви, благодаря избранию Афинагора, нашли противоядие против яда, которым атеистическая Россия под маской религии хочет отравить сознание христиан. Можно, наконец, думать, что при американском посредничестве удастся устранить раскол, который в течение многих веков разделял Римскую и Православную Церковь. Если бы этой цели достичь не удалось, то Патриарх Афинагор не только не смог бы выполнить возложенную на него задачу, но это означало бы поддержку парадокса в виде атеистического государства, делающего вид, что оно уважает религию»[98].
14 января 1949 г. Совет по делам Русской Православной Перкви направил в Совет Министров докладную записку, в которой сообщал, что Патриарх Афинагор «является ставленником американцев, стремящихся прибрать к своим рукам Вселенский Патриархат». В записке также говорилось о мнении Патриарха Алексия, который полагал необходимым после получения известительной грамоты «послать чисто официальный ответ, без выражения одобрения или неодобрения выборов», а затем поставить перед Патриархом Афинагором ряд вопросов: об осуждении Архиерейского Синода Зарубежной Русской Церкви и других церковных групп, не признающих Московской Патриархии; о благоприятном разрешении вопросов, относящихся к Польской, Финляндской Православным Церквам и к русскому Западно-Европейскому экзархату (в зависимости от ответа на эти вопросы будет определена позиция Московской Патриархии)[99].
На интронизации Патриарха Афинагора 27 января отсутствовали представители Православных Церквей Восточной Европы (кроме Элладской), на что он заявил корреспондентам турецких газет: «Мы пригласили русских, они не захотели прибыть. Это их дело. Мы не могли сделать большего». Когда в беседе с журналистами разговор зашел о намерении Московского Патриарха доминировать над «другими Православными Церквами», Патриарх Афинагор возразил: «Алексий Московский обманывается, поскольку Церкви России, Румынии, Сербии, Польши, Украины, Закарпатья, Антиохии и т. д. признают, в рамках своей автономии, главенствующую роль Фанара»[100].