За три с половиной года существования возобновленного «Современника» в жизни и творчестве Некрасова произошло многое: поэт окончательно расстался с А.Я. Панаевой, создал школу для крестьянских детей на своей родине, в селе Абакумцеве, приобрел имение Карабиха, совершил второе путешествие за границу, каждую осень и часто зимой ездил на охоту, напечатал три следующие издания «Стихотворений Николая Некрасова», начал издавать книги дешевой библиотеки для народа, которые печатал за свой счет, выплачивал пенсион довольно многим людям, среди них пенсию матери И.И. Панаева, семье сосланного в Сибирь Чернышевского, малолетним братьям Добролюбова.

Но главным делом, главной заботой всегда оставался журнал. Пожалуй, ни в какие другие годы Некрасов так много и часто не печатался в «Современнике» – в двадцати трех номерах появились его произведения. Все лучшие лирические стихотворения этих лет, поэма «Мороз, Красный нос», пролог к поэме «Кому на Руси жить хорошо» (и подробный ее план) были представлены на его страницах. Кроме того, поэт очень активно обратился к жанру сатирическому, избрав злободневность предметом изображения, почти как в фельетонах своей юности. Но теперь содержание циклов его сатир «О погоде», «На улице», «Суд», «Балет» было серьезно и разносторонне отражало события городской и общественной жизни».

Некоторые фельетоны («Газетная», «Песни о свободном слове») были связаны тематически с объявленной в апреле 1865 г. реформой цензуры, отменявшей многие прежние правила. Она вступила в силу с сентября 1865 г., и отныне издатели, освобожденные от обязательной цензуры, сами несли ответственность за «допустимость» публикуемых текстов, а власть оставляла за собой право наказывать их в случае нарушений. Поначалу могло показаться, и многим казалось, что наступает едва ли ни эпоха свободы слова, но постепенно стало ясно, что карательная цензура, несомненно облегчившая многим путь к читателю, для оппозиционных изданий оказывалась гораздо более опасна, чем цензура предварительная.

Некрасов понял это довольно быстро. А через полгода «Современник» получил два предупреждения подряд, в ноябре и декабре 1865 г. И оба раза поводом для них, наряду с другими, стали и его собственные произведения. В первом случае это фельетон «Газетная» (так называлась комната в Английском клубе, где читали газеты), и предметом осмеяния в нем был цензор, горюющий о старых цензурных порядках. А во втором – стихотворение «Железная дорога». Больших усилий стоило поэту предотвратить третье предупреждение и на время спасти журнал от гибели.

Выстрел Каракозова в императора Александра II, прозвучавший 4 апреля 1866 г. возле Летнего сада, перевернул все планы и поставил журнал перед катастрофой. Во главе созданной по приказу царя Следственной комиссии по раскрытию заговора о покушении на жизнь императора был поставлен граф М.Н. Муравьев. Он заслужил прозвание «Вешатель» за невероятную жестокость, с какой подавил польское восстание и расправлялся с сотнями его участников (среди повешенных был и бывший сотрудник «Современника» Сигизмунд Сераковский), и он был ненавистником либералов всех уровней и оппозиционной печати. Для Некрасова это был страшный удар, а когда через несколько дней начались аресты и похватали людей из окружения «Современника», в том числе и Г.З. Елисеева, он понял, что надо принимать меры экстраординарные.

В этой ситуации Некрасов принял, наверное, одно из самых неудачных в своей жизни решений. По совету графа Г.А. Строганова, старшины петербургского Английского клуба, он решил написать посвященное Муравьеву торжественное стихотворение и прочитать его на обеде в честь адресата. Поступок этот не принес ничего, кроме унижения. Муравьев стихов не принял и спасать журнал не стал. А Некрасова осудили все – и вельможные члены клуба, ненавидевшие Муравьева, и сотрудники «Современника», которые не приняли оправданий редактора и склонны были обвинять его в трусости, и коллеги-журналисты, пересказывавшие несохранившийся текст «мадригала» в своих изданиях и изощрявшиеся в пародиях, и, конечно же, читатели, много лет не прощавшие своему поэту оды палачу.

«Муравьевская ода» разрушила то восторженно-уважительное отношение читателей к Некрасову, что сложилось за предшествующие годы. Теперь бывшие поклонники писали ему гневные и разочарованные письма, кое-кто из прежних знакомых не подавал руки при встрече. Личность Некрасова как-то переосмыслилась во мнении общества: те привычки его жизни, что всегда раньше просто принималось окружением как данность (любовь к картам и роскоши, гурманство, собственное имение, высокосветские знакомства), теперь расценивались как пороки, а искренность его многолетнего участия в идеологических и общественных исканиях «молодой России» подвергалась сомнению. А сам поэт годами не переставал казниться и каяться в своем «падении» и просить прощения за случившееся:

Текст этого покаянного стихотворения, по словам поэта, был написан почти сразу после чтения оды палачу, как только он осознал для себя позор и горечь происшедшего.

«Современник» же спасти не удалось. Апрельский номер журнала вышел 2 мая. Пятый был представлен в цензуру 4 мая и в печать уже не был допущен. После полученного третьего предупреждения издание было приостановлено 12 мая. А 28 мая 1866 г. «по Высочайшему повелению. журналы “Современник” и “Русское слово”, вследствие доказанного с давнего времени вредного их направления, прекращены».

Однако Некрасов перестал бы быть собой, поддавшись разразившемуся удару. Полтора года он был занят разными делами: ликвидацией «Современника», что заняло несколько месяцев, затем поисками новой деятельности – готовился издать литературный сборник и пригласил участвовать в нем критика Д.И. Писарева, недавно вышедшего из крепости, вместе с Салтыковым начал готовить сборник «Для детского чтения» и написал для него маленькие поэмы «Дядюшка Яков», «Пчелы» и «Генерал Топтыгин», но главной его работой было создание первых глав поэмы «Кому на Руси жить хорошо». И не мог он не думать о новом журнале…

Решение было найдено неожиданно. В ноябре 1867 г. Некрасов и редактор разорявшегося журнала «Отечественные записки» А.А. Краевский заключили договор об аренде. По нему Некрасов становился «гласно ответственным» редактором и получал «полную свободу» во всем, что касалось редактирования журнала, а Краевский принимал на себя обязанности издателя, т. е. всю хозяйственную часть. Номинальным редактором журнала, чье имя должно стоять на обложке, оставался Краевский. Несмотря на свои громкие протесты, Салтыков и Елисеев (выпущенный из-под ареста) приняли доводы Некрасова и согласились с этим. Ведь было очевидно, что власти никогда не позволят ему самостоятельно издавать новый журнал, более того, даже добиться официального утверждения Некрасова в качестве редактора так и не удалось до конца его жизни.

Для руководства журналом был создан новый триумвират: Салтыков был приглашен руководить отделом беллетристики, Елисеев – отделом публицистики, себе Некрасов, кроме общего руководства, оставил отдел поэзии, библиографией ведал Н.С. Курочкин, обязанности секретаря редакции исполнял В.А. Слепцов (а с 1872 г. – А.Н. Плещеев); роль главного критика взял на себя Писарев, а через несколько месяцев в журнал пришел молодой радикальный критик и публицист Н.К. Михайловский.