Значительная часть атеистических интернет-проектов — экстремистской антицерковной и антихристианской направленности. Среди откровенно кощунственных сайтов — «Boga.net», «Bogu.Pisem.Net», «Поп-обозрение». Атеистическое интернет-издание «Денница», организованное в Набережных Челнах, открыто исповедует сатанизм. Декларируемой целью сайта «Anti-Christian.web» является борьба с христианством. Один из последних атеистических интернет-проектов сайт «No cult», созданный в 2001 г., в качестве заслуживающей уважения ценности провозглашает «разум свободного человека» и настаивает на опровержении и порицании «религии, суеверий, обскурантизма».
В декабре 2000 г. в Институте физики земли РАН прошла 1-я Антиклерикальная научно-практическая конференция «Наука, религия, атеизм», обратившаяся к РПЦ с призывом «умерить свой реваншистский пыл». 26 декабря в Институте развития прессы состоялась пресс-конференция по теме «Угроза клерикализма и нарушение прав неверующих в современной России», в которой участвовали члены исполкома АТОМ (Я. Левинсон, Н. Гудсков, А. Щев), заявившие о якобы имеющем место в России массовом нарушении конституционных принципов светского государства, светского образования, светской гос. службы и т.д. Участники конференции констатировали, что наблюдаемый ими «реванш клерикальных сил» осуществляется «ради давно отживших ветхозаветных мифов и нелепых суеверий». Конференция продемонстрировала, что часть правозащитнического движения смыкается с постсоветским атеистическим.
Одновременно в российском обществе в 90-х гг. формировался атеизм в форме «секулярного (светского) гуманизма». Главная инициатива в процессе формирования данной разновидности постсоветского атеизма принадлежит проф. философского фак-та МГУ В. А. Кувакину, учредившему в мае 1995 г. вместе с единомышленниками Межрегиональное общественное объединение «Российское гуманистическое общество» (РГО), целью которого является «содействие развитию гуманизма, в том числе разработке, распространению и утверждению в российском обществе идей светского, гражданского гуманизма, свободомыслия; содействие изучению принципов научно-атеистического и других форм нерелигиозного мировоззрения (скептицизма, агностицизма, индифферентизма по отношению к религии)». Объясняя понятие «светский гуманизм», Кувакин утверждает: «Человек, а не вымышленный Бог превыше всего! Гуманизм по мировоззрению противостоит религии. Стремясь завуалировать объективную бесчеловечность религии, философы от теологии выдвинули понятие «религиозного гуманизма».
Чтобы не путать его с подлинным гуманизмом, введен в обращение термин «светского», т.е. нерелигиозного, или секулярного, гуманизма».
В декларации РГО «Принципы гуманистического мировоззрения» говорится о связи гуманизма с атеизмом, поскольку гуманистам чуждо признание реальности сверхъестественного и трансцендентного. В РГО состояли академики РАН В. Л. Гинзбург, Э. П. Кругляков, Г. П. Абелев, проф. МФТИ С.П. Капица, Э.В. Памфилова и др. Идея объединения была заимствована из опыта международного секулярного гуманистического движения, создавшего в 1953 г. «Международный гуманистический и этический союз», в котором в конце XX в. ведущую роль играл философ П. Курц (США), президент «Международной академии гуманизма». Во 2-й пол. 90-х гг. XX в. в Москве действовал семинар «Современный гуманизм и современная Россия» (руководитель — проф. М. Н. Грецкий), на котором обсуждались принципы и перспективы современного гуманизма в России и в мире, содержание таких понятий, как «свободомыслие», «нравственность» и т.д.
С.-Петербургское отделение РГО приняло активное участие в подготовке и проведении международной конференции «Наука и гуманизм — планетарные ценности третьего тысячелетия», прошедшей в С.-Петербурге в июне 2000 г. Кувакин так оценил значение этого форума: «Конференция отразила решимость приверженцев светского государства и ценностей светской культуры противостоять моральной деградации, клерикализации и иррационализации российского общества» (Здравый смысл. 2000. №16). В отличие от АТОМ, членами которого являются преимущественно молодые люди, в РГО молодежь фактически отсутствует.
РГО инкорпорировано в международное гуманистическое движение. Ведется регулярный обмен информацией с Международным гуманистическим и этическим союзом (МГЭС) и Секретариатом для Восточной Европы Европейской гуманистической федерации, Международной академией гуманизма, Комитетом по расследованию заявлений о паранормальных явлениях. Делегация РГО участвовала в работе Первом международной конференции гуманистических обществ стран Восточной и Центральной Европы и России (Берлин, нояб. 1995), международной конференции «Гуманистическое видение европейской интеграции» (Польша, сент. 1996), Первого всемирного конгресса скептиков (Баффало, США, июнь 1996), Летней школы Центра исследований (Амхерст, США, июнь-июль 1998) и т.д. Установлен контакт с учителями подмосковных школ с целью введения в программу экспериментальной факультативной дисциплины «Гуманизм».
С 1996 г. РГО издает ежеквартальный журнал «Здравый смысл» («журнал скептиков, оптимистов и гуманистов») при содействии Исследовательского центра и Совета по секулярному гуманизму (Амхерст, США), философского фак-та МГУ, Российского философского общества, Общероссийского общественного движения «За здоровую Россию». В 2000 г. №15 журнала был полностью посвящен «новому российскому атеизму». РГО издало книги Курца «Запретный плод: Этика гуманизма» (М., 1993) и Кувакина «Твой рай и ад: Человечность и бесчеловечность человека» (СПб.; М., 1998).
К концу 90-х гг. деятельность сторонников «нового русского атеизма» начала приобретать политические формы. В апреле 2001 г. АТОМ провел пресс-конференцию под названием «Нет мракобесию в XXI веке», на которой была представлена декларация «В защиту свободы совести и светского государства». В этом документе «новые русские атеисты» выразили «глубокую тревогу по поводу нарастания в Российской Федерации проявлений клерикализма, в особенности со стороны РПЦ». Под текстом декларации подписались 150 чел.: академики РАН Гинзбург, В.Н. Страхов и Е.Л. Фейнберг, правозащитник С. А. Ковалёв, депутат Гос. Думы В. Семёнов, политологи и журналисты А. Бузгалин, Б. Кагарлицкий и др. Несмотря на активность (РГО, напр., участвовало в ноябре 2001 в Гражданском форуме), постсоветское атеистическое движение еще не выработало единой идеологии и не приобрело силу общественно значимого движения, но уже стало общественно заметным явлением.
Общим проектом российского постсоветского атеистического движения стал открывшийся в Москве в феврале 2001 г. общедоступный субботний лекторий «Академия свободомыслия», созданный усилиями АТОМ, Об-ва атеистов Подмосковья, Объединения исследователей религии, РГО и Молодежного университета современного социализма. Лекции читают известные исследователи А. и религиеведы (З. А. Тажуризина, Р. А. Лопаткин, Кувакин и др.) и молодые пропагандисты атеизма. В июне 2001 г. на «А-сайте» появился доработанный текст «Манифеста атеизма», в котором декларируется: «Атеизм является не «простым неверием в бога», а представляет собой мировоззрение, включающее в себя научные, моральные и социальные основания для отрицания существования бога и философию жизни без бога». В результате обсуждения «Манифеста» обнаружилось, что в современном атеистическом движении нет единого мнения по вопросу о том, является ли основой атеизма светский гуманизм (позиция «А-сайта» и РГО) или атеизм — более многообразное явление. Давно намечавшийся раскол оформился 10 нояб. 2001 г., когда часть исполкома АТОМ не согласилась с исключением Бордова (Warrax) из членов организации, полагая, что атеистическое общество должно быть терпимо ко всем формам атеизма, в т.ч. сатанистским, анархистским и большевистским.
Прошли дискуссии вокруг Закона о свободе совести (1997), по вопросам о социальной роли Церкви, возможности светского теологического образования и т.п. Они продемонстрировали сложный процесс осмысления в постсоветском обществе таких понятий, как «свободомыслие», «свобода совести», «светский» (по отношению к гос-ву и образованию), и обнаружили приверженность атеистическому мировоззрению многих современных, отечественных религиеведов и правозащитников. Это объясняется тем, что после краха «научного атеизма» как государственной идеологии большинство кафедр «научного атеизма» перепрофилировались в кафедры религиеведения и истории религий. В 1993 г. был утвержден стандарт подготовки бакалавра по образовательному направлению «Религиеведение», в 1996 г. — по специальности «Религиеведение». Методологический подход к формированию стандарта обнаружил атеистическую ангажированность разработчиков (напр., «свободомыслие» понимается исключительно как «богоборчество, религиозный индифферентизм, скептицизм, нигилизм, антиклерикализм, атеизм и т.д».), что вызвало неоднозначную реакцию среди общественности. Одновременно в российском обществе развернулась дискуссия по вопросу о допустимости преподавания теологии в светских вузах.
