В течение полутора лет после катастрофы «Союза-1» были проведены необходимые доработки космического корабля. Но если в 1966-начале 1967 года многие руководители советской космической программы действовали зачастую авантюристически и принимали далеко не самые разумные решения, то теперь, после гибели Владимира Комарова, стали излишне осторожничать и перестраховываться. И это можно было понять. К середине 60-х годов прошлого века авторитет СССР как первой космической державы был непререкаем. США были очень сильно уязвлены падением своего престижа из-за запуска первого искусственного спутника Земли Советским Союзом. Еще больнее «щелкнул Америку по носу» Юрий Гагарин, совершив первый полет человека в космическое пространство. Американцам было обидно быть только вторыми. Устами президента США Джона Ф. Кеннеди они так сформулировали свои задачи в космосе: «В ближайшее десятилетие американцы должны быть на Луне… США должны догнать и перегнать СССР в космосе - это наша национальная задача». Тогда, в начале шестидесятых эти мечты и планы на фоне советских космических успехов вызывали только ироническую усмешку. Но уже к концу десятилетия стало совершенно ясно, что мечты о высадке на Луну скоро станут реальностью.
Чем же ответил на этот вызов Советский Союз? В 1962 году была заложена сверхмощная ракета-носитель Н-1 с расчетом, что первый ее полет состоится через четыре года. В 1964 году началась разработка кораблей «Восход» - модернизированного для полета двух или трех космонавтов «Востока». Кроме того, С.П.Королев обещал в 1963-1964 годах построить космический корабль «Север» - первый вариант «Союза». В начале шестидесятых ни у кого из руководителей советской космонавтики не было сомнений в том, что СССР не уступит своего первенства в космосе. Проектанты и конструкторы верили в безграничные возможности своей техники. Планы космической экспансии поддерживало руководство страны во главе с Первым секретарем ЦК КПСС Н.С.Хрущевым. Но уже к середине шестидесятых годов стало чувствоваться начало отставания Советского Союза в исследованиях космического пространства. Космические корабли «Восходы» дали возможность советским космонавтам совершить еще два блестящих полета, но после них была допущена величайшая глупость и ошибка – был запрещен полностью подготовленный длительный космический полет на «Восходе-3». Строительство «Восходов» как «неперспективных кораблей» было прекращено - на этом настояли кураторы советской космонавтики из ЦК КПСС и Советского правительства. Высказывалось мнение, что нужно форсировать строительство «Союзов» и ракеты Н-1. В конечном итоге это форсирование привело к неоправданной ничем спешке, спешка – к принятию авантюристических по своему содержанию решений запускать космические корабли «к праздничным датам», что в конечном итоге вылилось в гибель Владимира Комарова, а трагедия с Комаровым породила массовую перестраховку. Даже уже на надежной и отработанной технике космонавтов теперь все же опасались посылать в космос.
30 октября 1967 года впервые в истории космонавтики на орбите была выполнена автоматическая стыковка искусственных спутников Земли «Космос-186» и «Космос-188». 15 апреля 1968 года этот эксперимент был успешно повторен искусственными спутниками «Космос-212» и «Космос-213». Таким образом, сложнейшая научно-техническая задача по стыковке на околоземной орбите двух космических аппаратов оказалась блестяще решенной. Георгий Береговой и его коллеги по подготовке к новому космическому полету очень внимательно следили за всем процессом сближения и стыковки кораблей, находясь в Центре управления полетами в Евпатории.
28 августа 1968 года был запущен еще один космический корабль 7К-ОК «Союз» под названием «Космос-238», благополучно вернувшийся на Землю. Все пять беспилотных полетов кораблей серии «Союз», выполненные после гибели В.М.Комарова, прошли успешно. Государственная комиссия приняла решение о подготовке нового пилотируемого полета. В новом полете предполагалось сделать то, что не удалось сделать в апреле 1967 года - осуществить стыковку двух космических кораблей, что позволило бы начать подготовку к запуску долговременных орбитальных станций.
6 февраля 1968 года В. П. Мишин и Н. П. Каманин договорились о назначении экипажей для осуществления стыковки двух космических кораблей «Союз». Общая задача на предстоящий полет формулировалась следующим образом:
- сначала на космическом корабле с активным стыковочным узлом (активном корабле) «Союз – 2» стартует один космонавт;
- ровно через сутки на космическом корабле с пассивным стыковочным узлом (пассивном корабле) «Союз – 3» в космос отправляются еще три космонавта;
- на следующий день производится стыковка двух кораблей, причем на завершающем этапе она проходит вручную, т.е. управляет космическими кораблями не автоматика, а сами космонавты;
- после стыковки два космонавта в скафандрах переходят через открытый космос из пассивного корабля в активный;
- после завершения перехода космические корабли расстыковываются;
- в автономном полете оба корабля находятся еще двое – трое суток;
- с интервалом в одни сутки производится посадка космических кораблей: сначала приземляется активный космический корабль с тремя космонавтами на борту, а на следующий день на Землю возвращается пассивный корабль с одним космонавтом.
Хотя общая договоренность о новых космических полетах уже была достигнута, но из-за чрезмерной перестраховки и боязни отправить в полет космонавтов, практически весь май 1968 года прошел в острых дискуссиях о дальнейшей судьбе программы полетов на кораблях «Союз». В ходе совещаний конструкторов и представителей Центра подготовки космонавтов рассматривались разные варианты космических программ:
- первоначальный вариант «1+3» (один космонавт на активном корабле и три на пассивном с переходом двух из них в активный корабль);
- более осторожные варианты «1+2» (с переходом одного космонавта) и «2+2» (без перехода);
- «очень осторожный» вариант «0+1» (просто стыковка с беспилотным кораблем).
Каманин, остро чувствовавший ситуацию, записал в своем дневнике в те дни:
«Сейчас решается вопрос: «Что дальше делать с «Союзами»?». Мишин - за пилотируемый полет, космонавты тоже, а Устинов, Афанасьев, Дементьев и Смирнов хотят выполнить еще два технологических пуска. «Союз» после последних доработок выглядит уже хорошим кораблем, но у него есть еще два слабых места - запасная парашютная система и САС (система аварийного спасения – С.Ч.). По завершении доработок совершены три посадки кораблей после космического полета, выполнено 23 приземления макетов при сбросе с самолетов. Основная парашютная система вполне надежна, но запасная система и САС имеют много отказов (порывы строп и куполов). Вероятность использования САС и запасной парашютной системы невелика - в такой обстановке Королев взял бы на себя всю ответственность и пошел бы на полет. Космонавты и специалисты ВВС поддержали бы такое решение. Но, к сожалению, Мишин - не Королев, он занял уклончивую позицию: «Сам я не буду предлагать пилотируемый полет, если ЦК меня заставит - я пойду на такой полет».
Короче говоря, сейчас над многими довлеет чувство перестраховки. ВВС поддержали бы решение о полете, но такого решения нет. Все эти проволочки и колебания отнимают массу времени - есть опасение, что до сентября-октября 1968 года мы не будем иметь пилотируемых полетов в космос».
И Каманин оказался прав: нерешительность руководителей космической программы и опять появившиеся технические проблемы на кораблях «Союз» действительно сдвинули сроки запусков на осень 1968 года.
А экипажи космонавтов продолжали свои тренировки. Теперь, после принятия общего решения о выполнении новой космической миссии в 1968 году, в состав первого экипажа предполагалось включить космонавтов Константина Феоктистова, Георгия Берегового, Бориса Волынова, Евгения Хрунова и Алексея Елисеева. Их дублерами планировались Георгий Шонин, Андриян Николаев, Виктор Горбатко и Валерий Кубасов.