8 сентября 1943 г. православная церковь созвала Собор с участием 19 епископов, 16 из которых только что были освобождены из лагерей; Собор избрал митрополита Сергия патриархом Русской православной церкви. 14 сентября 1943 г., через два дня после интронизации патриарха, Совет народных комиссаров учредил Совет по делам Русской православной церкви. 19 мая 1944 г. был создан еще один орган, Совет по делам религиозных культов, в задачу которого входило руководство отношениями с неправославными конфессиями. Сразу же после своего создания Совет по делам РПЦ и Совет по делам религиозных культов при СНК СССР начали работу по открытию церквей и иных культовых сооружений и регистрации религиозных общин226.

Следует отметить, что оба Совета были учреждены в качестве консультативных органов при правительстве, а не при органах государственной безопасности. Несмотря на то что надзор НКГБ за деятельностью Советов молчаливо признавался внутри страны и открыто осуждался за рубежом, положение Советов как правительственных органов придало повороту в советской религиозной политике теперь уже правовой статус. Это весьма примечательно, поскольку с момента роспуска Комиссии по делам культов в 1938 г. и вплоть до учреждения Советов единственными учреждениями, занимавшимися делами религий, были органы безопасности. Политическое значение новых порядков еще более подчеркнули усилия по возведению видимой преграды между Советами и НКГБ. 7 июля 1945 г. НКГБ издал секретную ориентировку, где его местным органам разъяснялось, что после создания «специальных органов» по религиозным делам функции аппарата госбезопасности будут «ограничиваться интересами разведывательной и контрразведывательной работы»227. Местных сотрудников НКГБ проинструктировали о разделении полномочий между органами безопасности и уполномоченными Советов. Офицеры НКГБ не должны были вмешиваться в деятельность обоих Советов, обсуждать их работу со своей агентурой или использовать институт уполномоченных Советов для прикрытия оперативных мероприятий. В одном случае сотрудник НКГБ получил выговор за использование «внутренних каналов» для передачи Карпову письма от своего агента, поскольку это «подчеркнуло перед агентом связь органов НКГБ с Советом по делам Русской православной церкви при СНК СССР»228. Сотрудникам НКГБ также напомнили, что Советы подотчетны не им, а Совету министров и что «открытое и прямое использование органами НКГБ института уполномоченных в своих целях может привести также к утверждению среди церковников нежелательного мнения о том, что [Советы] являются „филиалами“ органов НКГБ»229.

Тот факт, что решение о возвращении религии в жизнь советского общества исходило лично от Сталина, подтверждает, что он считал политическую угрозу, которую представляла собой религия, эффективно нейтрализованной230. Тем самым перед религиозными организациями была открыта возможность стать партнерами государства в деле послевоенного восстановления народного хозяйства. Более того, после аннексии территорий Прибалтики (Эстонии, Латвии и Литвы), Молдовы, Западной Украины и Западной Белоруссии, ни одна из которых, в отличие от прочих советских территорий, не прошла в 1920–1930‐е гг. ни через кампанию воинствующего атеизма, ни через коллективизацию, на территории расширившегося Советского Союза появились тысячи церквей, священников и верующих. В то время как численность открытых церквей на неоккупированных территориях СССР в довоенный период снизилась с 3617 (в 1936 г.) до приблизительно 950 (в 1939 г.), после аннексии на территории Советского Союза было уже 8279 православных церквей, а также тысячи религиозных общин, представлявших другие конфессии – римско-католическую церковь, украинскую греко-католическую (восточного обряда, униатскую) церковь, а также сектантов, чья лояльность по отношению к советской власти была под вопросом231. Столкнувшись с вновь возникшей религиозной проблемой, Сталин рассматривал православную церковь как орудие установления контроля над западными территориями, где советская власть была наиболее слабой, и даже поддерживал православную церковь, чтобы ослабить местные доминирующие конфессии, такие как литовская католическая церковь или украинская греко-католическая церковь232. С этой целью Сталин сразу же после войны распустил и объявил вне закона украинскую греко-католическую церковь и передал ее имущество православной церкви. Сталин также считал православную церковь полезным орудием международной политики, противовесом влиянию Ватикана в Европе в условиях начинавшейся холодной войны233.

Новая советская модель церковно-государственных отношений имела явное сходство с церковно-государственными отношениями имперского периода. Так, Иван Полянский, полковник НКГБ, назначенный председателем Совета по делам религиозных культов, четко объяснил, каким он видит традиционное положение православной церкви как младшего партнера государства, не имеющего собственных политических амбиций. Как он докладывал Отделу пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) в 1947 г.,

Вслед за инкорпорацией православной церкви в советское государство Сталин стал применять сходную стратегию по отношению к другим конфессиям. Подобно тому как он восстановил патриаршество, чтобы создать централизованный иерархический орган по управлению православной церковью, в 1943 г. он создал аналогичное исламское учреждение – Духовное управление мусульман Средней Азии и Казахстана235. Он также разрешил создание союза евангельских христиан-баптистов, чтобы вывести баптистов из подполья и подчинить их контролю Совета по делам религиозных культов; но проведение в жизнь этой меры вызвало впоследствии раскол между теми баптистами, которые хотели легализоваться на условиях, предложенных государством, и теми, кто предпочитал не регистрироваться в официальных органах и оставаться в подполье236.

Означало ли сближение Сталина с православной церковью и сам поворот в религиозном вопросе отказ от прежнего партийного понимания религии? Безусловно, новые отношения между государством и церковью порождали у современников множество толкований и дезориентировали как обычных советских граждан, строивших различные умозаключения о месте религии в послевоенном обществе, так и партийных работников, которые восприняли новые порядки как предательское отступление от идейной чистоты237. В своем исследовании, посвященном религиозному возрождению в годы войны, Перис отмечает, что многие верующие воспринимали сталинский поворот как возвращение к «естественному» порядку вещей. «Верующие, давно привыкшие к тому, что государство берет на себя ответственность за все сферы деятельности и даже мысли, теперь уверовали, что забота об их православных душах тоже перешла в компетенцию государства». В самом деле, некоторые верующие воспринимали Совет по делам РПЦ как возрожденный Святейший синод и обращали свои прошения одновременно патриарху и Карпову, используя «смесь дореволюционной и советской терминологии, свидетельствовавшей о союзе церкви и государства»238. Как пишет Перис, «сталинская реплика, обращенная к Карпову на встрече в сентябре 1943 г., что Карпов не должен стать обер-прокурором церкви… звучала неубедительно. Практически на следующее утро были восстановлены многие элементы дореволюционных отношений между церковью и государством»239.