В пятом часу к главному подъезду здания СНК (бывшее здание Судебных установлений) подъехал личный шофер Ленина Гиль; Ленин, Свердлов и Чичерин сели в машину и поехали в посольство. О прибытии их немцам сообщил Бонч-Бруевич, указавший, что "главы правительства […] желают официально переговорить с представителями германского посольства". Прибывших пригласили в парадную комнату посольства. Все сели. Ленин, сидя, "произнес краткую реплику на немецком языке, в которой принес извинения правительства по поводу случившегося внутри здания посольства", т. е. не на контролируемой советским правительством территории. Ленин прибавил, что "дело будет немедленно расследовано и виновные понесут заслуженную кару"(64).
"Реплика" Ленина, конечно же, не могла удовлетворить сотрудников германского посольства. По существу, Ленин снял с советских органов какую-либо ответственность за убийство германского посла, указав, что за происшедшее в стенах посольства советская власть не отвечает. Речь свою он произнес сидя. Немцы отметили "холодную вежливость" Ленина(65), но сделать по этому поводу ничего не могли. Члены советского правительства вышли затем во внутренний дворик посольства. В здании остался только Стучка, начавший производить "обследование" места преступления. Результаты этого самого первого расследования так никогда и не были оглашены советской властью. Но одно бесспорно: папка с "делом" Роберта Мирбаха, опрометчиво оставленная террористами в приемной посольства, и мандат ВЧК за подписями Дзержинского и Ксенофонтова, являвшиеся опасными уликами в руках германского правительства, оказались у большевиков.
В это время в ЦК ПЛСР, точнее в здании отряда ВЧК, у Попова, где в перерывах между заседаниями съезда Советов собиралась верхушка левоэсеровской партии, царило спокойствие, хотя "мятежная партия" должна была бы вести себя иначе, тем более, что к первой половине дня 6 июля слухи о предстоящем покушении на Мирбаха дошли не только до предупрежденных немцами Дзержинского (если он не был организатором заговора) и Карахана, но и до некоторых левых эсеров. Александровичу примерно в полдень о предстоящем покушении сообщил Блюмкин. Между часом и двумя о готовящемся акте узнали Прошьян (если, конечно, не он готовил покушение), Карелин, Черепанов и Камков(66).
Между тем террористы, убив Мирбаха, приехали в особняк Морозова в Трехсвятительском (ныне Большом Вузовском) переулке. Кажется, сам Попов не придал происходящему особого значения. По крайней мере, отряд ВЧК работал как обычно. Попов в момент приезда Блюмкина и Андреева беседовал в своем кабинете с комиссаром ВЧК большевиком и сотрудником отдела по борьбе с преступлениями по должности Абрамом Беленьким, которому и были представлены только что исполнившие террористический акт Андреев и раненый Блюмкин. Из отряда Попова Беленький вскоре уехал и отправился искать Дзержинского. Когда Беленький, наконец, нашел его в германском посольстве в Денежном переулке, шел пятый час(67).
Ленин, Свердлов и Бонч-Бруевич, переговорив с Беленьким, уехали в Кремль. Начали обсуждать, как именно громить левых эсеров. "Дело такое ясное, — сказал Ленин, — а вот мы обсуждали его более часа. Впрочем, ведь [левые] эсеры еще более любят поговорить, чем мы. У них наверно теперь дискуссия в полном разгаре. Это поможет нам, пока Подвойский раскачается", — смеясь прибавил он(68). Действительно, в ЦК ПЛСР все это время шли споры о том, как реагировать на сообщение Блюмкина об убийстве им германского посла и (как ошибочно считал Блюмкин) Рицлера с Мюллером, и реагировать ли вообще. Между тем, было очевидно, что Блюмкина будут разыскивать, поскольку "выданные ему документы на его настоящее имя", т. е. мандат за подписью Дзержинского и Ксенофонтова, "остались в кабинете у графа Мирбаха". Было ясно, что "в ближайшем же будущем следует ожидать чьего-либо посещения с целью розыска Блюмкина в отряде Попова". Тем не менее в ЦК ПЛСР решено было ждать(69).
В шестом часу вечера в сопровождении трех чекистов-большевиков — Беленького, Трепалова и Хрусталева — Дзержинский отправился в отряд Попова, чтобы арестовать "Блюмкина и тех, кто его укрывает"(70). К этому времени уже были известны фамилии террористов, и было естественно ожидать, что большевики эти фамилии распубликуют для облегчения розыска. Между тем имена Блюмкина и Андреева держались в секрете вплоть до разгрома ПЛСР. Впервые Блюмкин был назван по имени лишь в официальном сообщении от 8 июля, написанном Троцким. В нем указывалось, что "некий Блюмкин произвел по постановлению" ЦК ПЛСР "убийство германского посла графа Мирбаха"(71). Об Андрееве впервые упомянули 14 июля(72). Но сам Андреев, являвшийся в глазах сотрудников германского посольства фактическим убийцей Мирбаха, исчез.
Ленин, Свердлов и Троцкий, видимо, рассматривали происходящее как совместный заговор ПЛСР и ВЧК. Именно поэтому против ПЛСР по распоряжению Троцкого были двинуты "артиллерия и другие части", ВЧК была объявлена распущеной, Дзержинский с поста председателя ВЧК снят, а на его место назначен Лацис (который должен был по своему усмотрению набрать в Комиссию новых людей). Поскольку в ходе операции по разгрому ПЛСР предполагалось окружить Большой театр, на специально созданную для того должность начальника охраны наружного кольца театра Троцкий назначил Фомина. Петерс и Полукаров должны были арестовать фракцию левых эсеров съезда(73). Лацис тем временем пытался сменить обычный караул у здания ВЧК, состоящий из чекистов, самокатчиками. От Троцкого же, со ссылкой на решение Совнаркома, Лацис получил приказ арестовать всех левых эсеров — членов ВЧК и объявить их заложниками. В ВЧК в это время находился заместитель Дзержинского левый эсер Загс (Закс), но он настолько искренне недоумевал по поводу происходящего, что Лацис арестовывать его не стал. А вот зашедшего в ВЧК члена коллегии левого эсера М. Ф. Емельянова "немедленно распорядился арестовать"(74) как заложника.
ЦК ПЛСР был извещен об успешном исполнении террористического акта самим Блюмкиным, приехавшим в отряд Попова примерно в три часа дня. Тем не менее до прибытия туда в шестом часу вечера Дзержинского с чекистами Беленьким, Трепаловым и Хрусталевым левые эсеры ничего не предприняли. Если бы ЦК ПЛСР действительно готовил террористический акт, он немедленно сообщил бы о его исполнении делегатам съезда Советов, так как через съезд можно было расторгнуть Брестский мирный договор (к чему и стремились левые эсеры). Вместо этого более двух часов. т. е. с момента приезда Блюмкина и до прибытия Дзержинского в здание отряда ВЧК, ЦК ПЛСР решал, как реагировать на убийство: взять ли ответственность за террористический акт на себя или отмежеваться от него и выдать Блюмкина большевикам.
Ответ на этот вопрос для ЦК не был легок. Многое зависело от того, как поведет себя лидер ПЛСР Спиридонова. Но Спиридонова в качестве политической деятельницы была "несдержанна, неделовита(75), "самолюбива, никого не хотела слушать"(76). Возможно, что именно она настояла на принятии ЦК ПЛСР ответственности за убийство Мирбаха. Д. Кармайкл считает, что Спиридонова сделала это из солидарности со своими партийными товарищами — Блюмкиным и Андреевым(77). Похоже, что именно так. Даже советская историческая энциклопедия решается обвинять Спиридонову в "моральном руководстве левоэсеровским мятежом", а не в практическом(78). Левым эсерам просто не оставалось ничего иного, как санкционировать задним числом уже совершенное убийство, тем более, что осуждение покушения на Мирбаха было бы для ПЛСР равносильно политическому самоубийству. В этом случае ЦК левых эсеров пришлось бы не только отмежеваться от убийства и выдать на расправу большевикам членов своей партии, но, главное, признать свою политику в отношении Брестского мира провокационной. Наконец, левым эсерам трудно было вообразить, что большевики подвергнут репрессиям всю партию за убийство одного или трех германских "империалистов".