Победителями в борьбе двух течений ислама первоначально вышли сунниты. После убийства Али и поражения шиитов власть в исламском мире получил халиф Муавия ибн Суфьян (661–680), основавший династию Омейядов и перенесший столицу государства в богатый сирийский город Дамаск. На время халифата Омейядов (661–750) пришлось становление и развитие полноценных государственных структур и расцвет экономики исламского государства, продолжились победоносные арабские завоевания. В их ходе к покоренным ранее византийским Палестине, Сирии и Египту, а также землям Сасанидского Ирана добавились Северная Африка и практически весь Пиренейский полуостров на западе, а также территории между реками Амударья и Сырдарья, страны Фергана, Белуджистан и Синд на востоке. Дважды, в 674–678 и 717–718 гг., арабы стояли у стен столицы Византии Константинополя и были отброшены лишь благодаря титаническому напряжению сил империи и супероружию того времени, «греческому огню», – изготовленной на нефтяной основе зажигательной смеси, которой византийцам удалось сжечь мусульманские флоты. На первую треть VIII в. пришелся расцвет единого мусульманского государства, раскинувшегося от Атлантического океана на западе до Хорасана и Синда на востоке, от земель Черной Африки на юге до Пиренейских и Кавказских гор на севере, однако колоссальные размеры страны стали одной из главнейших причин политико-экономического кризиса, охватившего Омейядский халифат к середине VIII в.
В 750 г. в результате кровавого переворота династия Омейядов была свергнута и к власти пришел Абу аль-Аббас ас-Саффах (750–754), происходивший из рода аль-Аббаса ибн Абд ал-Мутталиба ибн Хашима, дяди Мухаммеда и Али. Принадлежность к роду пророка позволила ему использовать в борьбе за власть шиитов, однако вскоре Аббасиды твердо встали на сторону ортодоксальных суннитов, поскольку шииты не оставляли попыток привести к власти прямых потомков халифа Али ибн Абу-Талиба (656–661) и его жены Фатимы. Преемник Абу аль-Аббаса ас-Саффаха халиф Абу Джафар аль-Мансур (754–775) перенес центр халифата в Ирак, основав для этого в 762–763 гг. новую столицу в Багдаде. Халифат Аббасидов (750–945) начал распадаться уже с конца VIII – начала IX в., когда возникли полунезависимые эмираты Идрисидов (789–974) в Марокко, Рустамидов (777–909) в Алжире, Аглабидов (800–909) в Северной Африке, Тахиридов (821–873) в Хорасане, Саманидов (819–1005) в Мавераннахре. Они стали предвестниками появления практически полностью самостоятельных государственных образований, важнейшим из которых стал эмират Тулунидов (868–905) в Египте, распространивший свою власть также на Сирию. Багдадские халифы практически утратили власть над отдаленными провинциями своего государства, сохраняя контроль лишь над Ираком и частью Ирана. К середине X в. их фактическая власть и вовсе стала ограничиваться Багдадом и его ближайшей округой, хотя в духовном плане они продолжали оставаться лидерами всего мусульманского мира.
Религиозный статус придерживавшихся суннизма багдадских халифов был подорван лишь с появлением самостоятельного шиитского халифата, основанного исмаилитами – последователи радикальной группировки шиитов. Исмаилиты почитали седьмого имама Исмаила, около 760 г. незаконно лишенного отцом – шестым шиитским имамом Джафаром ибн Садиком – права наследования имамата. Они считали, что Исмаил скрывается до конца времен, когда должен будет явиться в качестве Мессии – Махди. До той поры он пребывает незримо, воплощая свой дух в каждом последующем имаме. В 909 г. Али Саид Абдаллах ал-Махди (909–934), объявив себя потомком Исмаила и опираясь на поддержку его сторонников из числа шиитов, сверг магрибскую династию Аглабидов, основав новую династию и провозгласив приверженность наследственному принципу имамата. Подчеркивая свою прямую связь с родом пророка, он назвал новую династию именем Фатимы – дочери Мухаммеда и жены четвертого «праведного халифа» Али.
Так на исторической арене появился шиитский халифат Фатимидов (909–1171), само название которого было мощным идеологическим ударом по власти багдадских Аббасидов. Целью Фатимидов было уничтожение суннитского халифата Аббасидов ради образования единого исламского халифата под своей властью. Противостояние суннитов и шиитов вышло на новый уровень конфронтации двух самостоятельных халифатов, однако продлилось в таком формате совсем недолго – уже в 945 г. багдадский халифат Аббасидов прекратил свое существование, попав под власть шиитской династии Буидов (Бувайхидов) (945–1056), происходившей из Дайлама – горной области у юго-западного побережья Каспийского моря. Багдадские суннитские халифы при этом сохранили статус духовных глав мусульман-суннитов, однако реальная политическая власть отныне была сосредоточена в руках Буидов, являвшихся шиитами. Это существенно повлияло на фатимидско-буидские отношения, и после овладения Багдадом Буиды не предпринимали каких-либо существенных попыток завоевывать новые территории. Они не преследовали суннитов и не пытались сменить суннитского халифа из Аббасидов, однако поощряли распространение шиизма. Они отмечали шиитские праздники, способствовали кодификации имамистского права и упорядочиванию шиитской теологии, открывали шиитские учебные заведения – духовные школы-медресе. Это, видимо, существенно смягчило политическое противостояние Буидов и Фатимидов, хотя последние не оставили попыток подорвать авторитет лишенных политической власти суннитских халифов. Доходило до того, что шиитские подданные Буидов в Центральном Ираке и Мосуле при чтении хутбы – пятничной молитвы во здравие халифа – вместо имен Аббасидов упоминали фатимидского халифа аль-Хакима (996–1021). Лишь прямое насильственное вмешательство буидского султана Баха ад-Даула (989–1012) заставило их упоминать во время молитвы имена багдадских суннитских халифов.
Вскоре после падения Аббасидского халифата в Багдаде, в 969 г., Фатимиды распространили свою власть на Египет и вслед за этим на Сирию, основав в 972 г. новую столицу своего халифата, названную Каиром (аль-Кахира – «Город победы»). Суверенитет Фатимидов был признан также в Йемене и Хиджазе с его священными городами Меккой и Мединой. Им на рубеже I–II тысячелетий принадлежала и Палестина с Иерусалимом. Таким образом, три важнейших для исламской религии культовых центра, из которых один был также святыней для иудеев и христиан, оказались в руках мусульман-шиитов, являвшихся, к тому же, представителями радикального течения исмаилитов. Это, как ни странно, не оказало существенного негативного влияния на официальную политику по отношению как к представителям иных течений ислама, так и к иноверцам – иудеям и христианам. Исследователи полагают, что это было не только проявлением традиционной для ислама веротерпимости по отношению к «людям Писания», но также следствием рационалистической уверенности исмаилитов в том, что их учение легко и логически стройно обосновывается. Благодаря этому, будучи уверенными в своей правоте и непогрешимости, они легко соглашались на открытые религиозные диспуты с иноверцами.
После завоевания Египта халифы из династии Фатимидов никоим образом не преследовали местное христианское население, не чинили препятствий его культовой и экономической деятельности. Свободой вероисповедания пользовались придворные медики-иудеи, которых не заставляли принимать ислам. Более того, христиане и иудеи продолжали занимать многочисленные должности, в том числе и высокие, в составе государственного аппарата Фатимидского халифата. Так, при первом египетском халифе фатимидской династии аль-Муиззе (953–975), прибывшем в Каир вместе с гробами своих предков, всей экономической жизнью страны заведовал принявший ислам выходец из багдадских иудеев Ибн Киллиса. Ближайшим помощником этого правителя был военачальник всей его армии, талантливый полководец, христианин со славянскими корнями и бывший раб Джаухар, прославившийся своими военными победами. Следующий фатимидский халиф аль-Азиз (975–996) сохранил на занимаемой должности Ибн Киллису (умер ок. 990 г.). Своим визирем аль-Азиз сделал христианина Ису, а тот назначил своим помощником в Сирии местного иудея Манассию. Более того, зятьями этого халифа были представители местного христианского духовенства.