11 апреля 1913 года, в Великий Четверг, отец Иларион был рукоположен в иеродиакона, 2 июня, на Троицу, – в сан иеромонаха, а 5 июля – возведен в сан архимандрита. Началось почти ежедневное служение, приносившее ему новую, особенную радость. Пасху 1913 года отец Иларион пережил особенно глубоко; позже он вспоминал, что читал в ту пасхальную ночь Евангелие по-арабски. Совершение литургии было центром его жизни, красоту богослужения владыка Иларион ставил выше всякой земной красоты, он глубоко переживал каждое слово богослужебных текстов. С.Волков вспоминал: «Величественно и красиво Иларион совершал богослужение. Было нечто возвышенное, легкое и прекрасное в его чтении Евангелия, произнесении возгласов и молитв звучным и раскатистым голосом, властно заполнявшим все пространство обширного академического храма. Столь же звучно раздавался он и в Успенском соборе нашей лавры, и в храме Христа Спасителя в Москве… Он отдавался богослужению всей душой, всем существом своим, как главному делу жизни».
Но прошло всего два месяца, как он был пострижен в монашество, и случилось то, чего он опасался: 30 мая архимандрит Иларион был назначен инспектором Московской духовной академии. Вместо богословских занятий и преподавания ему предстояла полная суеты и отнимающая возможность заниматься наукой административная должность.
С того времени, как отец Иларион был назначен на административную должность, жизнь его совершенно переменилась. Родным он писал:
«Сейчас чувствую больше всего одно: совершенно выбит из колеи, разрушены до основания мои планы и намерения касательно ближайшего будущего, а оно у меня намечено было на целые годы. Настроение подавленное. Дел целая куча, в квартире базар, человек пятьдесят в день перебывает. Письма, телеграммы… Отвечать нужно, а иногда едва одно письмо в день написать ухитришься… Роптать не ропщу, потому что монах – церковная вещь. Личной жизни у него нет – одИн Куда поставят – берись и работай. Три года уж каникул у меня не было, на нынешние было рассчитывал, но вышло не по-моему. Слава Богу за все!»
Через год после пострига он писал:
«Хорошая вещь монашество, но оно прошло мимо меня почти мельком. Беда моя вся в том, что у меня нет одиночества, а без одиночества мне жить трудно; теряется покой».
В 1914 году академия отмечала свой столетний юбилей, но все юбилейные торжества были отменены, началась Первая мировая война. Во время всенародного молебствия на площади в Сергиевом Посаде архимандрит Иларион обращался к собравшимся:
«Пробил грозный час суда над русской землей. За последние десять лет мы все немало грешили. Мы, русские люди, допустили в нашей родной земле распространиться неверию. У нас небывалое прежде развращение нравов. Мы, русские люди, грешны пред нашей славной историей. Мы грешны пред памятью и заветами наших предков. Мы грешны пред нашими родными святынями. Стали мы терять страх Божий. Разучились любить царя и Родину. Мы привыкли поносить и хулить все свое и родное, хвалить и превозносить все чужое. Пришел час искупить пред Богом наши народные вины, наши народные грехи».
А своим студентам отец Иларион говорил о необходимости «освободительной войны» в богословии, освободительной от католического и протестантского влияния, от схоластического духа, проникшего в школьное богословие:
«В эти военные дни я и обращаюсь к вам с призывом. Вы освобождены от воинской повинности, вы сидите не в окопах, а за партами – так не уклоняйтесь от необходимого набора в воинство Христово, в действующую уже небольшую армию богословов! Схоластическая крепость – это наш, академический участок общего фронта».
В мае 1915 года за свои труды архимандрит Иларион был награжден орденом Cвятой Анны II степени.
После событий февраля 1917 года в академии произошли перемены. Новым обер-прокурором от Временного правительства В.Н.Львовым с должности ректора был смещен епископ Феодор, а временное управление академией возложено на инспектора архимандрита Илариона. Но уже в следующем учебном году (1917–1918) ректором был избран профессор А.П.Орлов, а архимандрита Илариона назначили помощником ректора.
Как инспектор, а потом проректор отец Иларион заботился в первую очередь о воспитании в студентах церковности. Он привлекал их к активной церковной, просветительской и проповеднической деятельности. С.Волков в своих воспоминаниях дал такой портрет владыки Илариона: «Высокий и стройный, c очень умеренной и пропорциональной полнотой, с ясным и прекрасным взглядом голубых глаз (он был немного близорук, но никогда не пользовался очками), всегда смотревший уверенно и прямо, с высоким лбом… с небольшой окладистой русой бородой, звучным голосом и отчетливым произношением, он производил обаятельное впечатление. Им нельзя было не любоваться… Пожалуй, целостность и была главной чертой его личности. Это смелый, исключительно талантливый человек все воспринимал творчески… Иларион благодатно влиял на меня своей личностью – прямотой, властностью в отстаивании своих убеждений, восторженностью совершаемого им богослужения, энергией и жизнерадостностью… У него самого была поразительная восторженность и любовь ко всему, что было ему дорого и близко, – к Церкви, к России, к академии, и этой бодростью он заражал, ободрял и укреплял окружающих». В воспоминаниях Волкова есть даже такая характеристика архимандрита Илариона: «Для меня Иларион стоит в одном ряду с такими лицами, как патриарх Никон… Илариону нужен был простор исторической арены, чтобы размахнуться чисто по-русски…»
15 августа 1917 года, в день Успения Божией Матери, в Успенском соборе Московского Кремля начал свою работу Поместный Собор Русской Православной Церкви, Собор будущих мучеников и исповедников. Главной задачей Собора было восстановление патриаршества, но мнения по этому вопросу разделились. Среди защитников патриаршества особенно выделялась личность архимандрита Илариона (Троицкого), выступившего с яркой речью, которая произвела на слушателей огромное впечатление:
«Есть в Иерусалиме “стена плача” … В Москве, в Успенском соборе, также есть русская “стена плача” – пустое патриаршее место. Двести лет приходят сюда православные русские люди и плачут горькими слезами о погубленной Петром церковной свободе и былой церковной славе. Какое будет горе, если и впредь навеки останется эта наша русская “стена плача”! Да не будет!» («Почему необходимо восстановить патриаршество?»)
Архимандрит Иларион аргументированно доказал, что там, где разрушается принцип иерархии, разрушается церковная жизнь. Но уже тогда он провидел, каким будет служение нового русского патриарха:
«Теперь наступает такое время, что венец патриарший будет венцом не “царским”, а, скорее, венцом мученика и исповедника…»
Личность молодого архимандрита, конечно, не была широко известна большинству членов Собора. Но когда 28 октября члены Собора приступили к избранию патриарха, одним из кандидатов в патриархи был выдвинут архимандрит Иларион.
5 ноября 1917 года старец Зосимовой пустыни Алексий в храме Христа Спасителя вынул из ковчега, стоявшего перед Владимирской иконой Божией Матери, жребий с именем новоизбранного Патриарха Всероссийского Тихона.
Восстановление патриаршества явилось исполнением заветного желания архимандрита Илариона. По свидетельству одного из современников, после избрания святителя Тихона отец Иларион не смог сдержать радостных слез во время торжественного крестного хода, в котором участвовал новоизбранный патриарх.
Зиму 1918–1919 годов архимандрит Иларион посвятил лекциям в Духовной академии и службам в московских храмах с обязательной проповедью, а также занятиям в комиссии по устройству мировой конференции христианства. После перевода из лавры в Москву отец Иларион поселился на Сретенке у своего друга, профессора Московской духовной академии протоиерея Владимира Страхова, служившего в храме Троицы в Листах.
С приходом к власти большевиков сразу же начались гонения на Церковь. И отец Иларион сделался посредником между патриархом и государством, верной опорой Святейшему Тихону в отстаивании интересов Церкви. Архимандрит Иларион занял при патриархе должность секретаря и главного консультанта по богословским вопросам, за которой на деле стояла роль человека, во всех контактах с советской властью заслонявшего собой патриарха…