В период Крымской кампании (1853–1856 гг.) все усилия Медико-хирургической академии сводились к снабжению действующей армии необходимым количеством врачей. Академия была вынуждена прибегнуть к ускоренному выпуску врачей, среди которых были те, кто прошел пятилетний курс подготовки; а также студенты, обязанные военной службой, получившие звание врача, прослушавшие куре в течение трех с половиной лет.

Возрождение Медико-хирургической академии связано с ее новым президентом Петром Алексеевичем Дубовицким, который в 1857 году возобновил подготовку врачей с полным академическим курсом и пригласил в академию целую плеяду новых профессоров (Сеченов, Боткин, Юнге, Беккер), впоследствии прославивших это учебное заведение. В числе приглашенных был Балинский, которому было поручено преподавание психиатрии как самостоятельной науки. Заслуга его состоит в том, что он основал в 1857 году первую в России кафедру душевных и нервных болезней в Императорской медико-хирургической академии в Санкт-Петербурге. Можно сказать, что это событие положило начало истории исследований в России вопросов болезни и здоровья личности на научной основе. В сентябре этого года Балинский начал читать лекции по психиатрии для студентов 3-го курса.

В своих воспоминаниях ученики[3] Балийского называли его отцом русской психиатрии. Он определил положение психиатрии среди других медицинских специальностей. Придерживался материалистической точки зрения в объяснении причин психических нарушений и подчеркивал, что научная психиатрия должна строиться на основе современного естествознания. В области психиатрии признаны его заслуги в описании психопатии как особой клинической формы и диагностике прогрессивного паралича.

И. П. Мержеевский в своих воспоминаниях особо выделял лекторский талант Балийского. На лекции сходились студенты всех курсов, нередко присутствовал сам президент академии Дубовицкий. Не только новизна предмета привлекала всех на лекции Балийского, но и его мастерское изложение. Балинский думал и излагал мысли необычайно образно и пластично; отличался математическим умом и склонностью к строгой систематизации знаний; обладал замечательной зрительной памятью. Французский психиатр Бальярже говорил с большим уважением о Балинском, как о глубоком знатоке психических болезней. На одной из лекций Бальярже попросил прокоментировать трудный случай, Балинский на французском языке после тщательного психиатрического исследования больного прочитал лекцию, которая вызвала всеобщий восторг и аплодисменты. И. А. Сикорский в свои воспоминаниях писал о Балинском, как о выдающемся клиническом проницательном учителе, редком знатоке человеческой психики. От природы он обладал необыкновенной чувствительностью, отзывчивостью и нравственной тонкостью. Балинский отличался прямодушием, что оказывало глубокое влияние на его подчиненных. О своих собственных ошибках он всегда говорил спокойно, с беспощадной объективностью.

В своих воспоминаниях ученики: И. П. Мержеевский, А. Е. Черемшанский, Н. Н. Тимофеев – подчеркивали большой организаторский талант и неутомимую деятельность своего учителя. Все знавшие Балийского отмечали его необычайную выносливость и способность к длительному умственному напряжению, отсутствию утомления и сохранению энергии при длительной работе.

Балинский был назначен на должность заведующего психиатрическим отделением при 2-ом Военно-сухопутном госпитале в Санкт-Петербурге, в то время это было единственное заведение для людей военного ведомства. Устройство заведения никак не напоминало больницу для душевнобольных, а соответствовало, по высказываниям самого Балинского, описаниям средневековых писателей домов для умалишенных. Усилиями Балинского в 1859 году был осуществлен ремонт заведения и открыта первая в России психиатрическая клиника в Медико-хирургической академии. Светлые помещения, раздельные отделения для спокойных и буйных больных, гимнастический зал, кабинет для врача, чистота и порядок царили в новом заведении. Для работы в клинике Балинский тщательно подбирал кадры, т. к. считал, что теплота, внимание и самопожертвование врачей и медицинских сестер играют важную роль в лечении душевнобольных.

За разработку и реализацию проекта преобразования психиатрического отделения при 2-м Военно-сухопутном госпитале Балинский был награжден орденом Св. Анны 3-й степени.

В России организация психиатрической помощи не отвечала требованиям современной науки того времени. Больные с разнообразными формами душевных болезней помещались в одних и тех же палатах; среди методов обращения с больными господствовали строгие режимные и физические наказания; использовались истощающие и ослабляющие для душевнобольного методы лечения. В то же время, в Европе, особенно во Франции, царило оживление в области психиатрии после гениальных реформ Пинеля и Эскироля. Балинский, будучи в зарубежных командировках в 1859 и 1963 годах в Европе, посетил более 40 заведений для душевнобольных в Германии, Голландии, Бельгии, Англии, Франции; познакомился с реформой призрения душевнобольных, детально изучил законодательство о душевнобольных и статистику психических заболеваний как основу правильного планирования психиатрической сети.

Он детально продумал план строительства новой клиники с учетом ухода за больными, условий их быта, организации досуга, а также необходимости ведения преподавания и научно-исследовательской работы. Творчество, трудолюбие и энергия, а также любовь к душевнобольным людям помогли ему блестяще справиться с поставленной задачей. В 1867 году под личным руководством Балинского была построена и открыта новая психиатрическая клиника, это была клиника образцового ведения психиатрического дела. Балинский при строительстве новой клиники руководствовался принципом – создание условий для максимальной свободы душевнобольных и безопасности их пребывания.

В терапии душевных болезней Балинский считал необходимым применение как физических методов (холод, ванны, отвлекающие средства на кожу, травы, лекарственные препараты, диета), так и психотерапию («моральное» лечение). Психотерапию понимал в широком (размещение больных в больнице, распорядок дня, посещение родственниками, отношение к душевнобольным как врача, так и всего персонала) и узком смысле этого слова (поддержание жизненного интереса, укрепление моральной самостоятельности больного, поощрение чувств и идей, которые составляли круг прежней умственной деятельности).

По мнению Балинского[4], разговор врача с больным является важным звеном в психотерапии, т. к. выполняет две функции: с одной стороны способствует ослаблению умственной деятельности, свойственной пациенту в состоянии болезни; с другой стороны ведет к побуждению правильной деятельности, которая присутствовала до развития болезни. Балинский сформулировал правила обращения врача с душевнобольными: выстроить отношения таким образом, чтобы больной слушался и исполнял все предписания врача; в обращении быть кротким и вежливым, но проявлять твердость характера и самостоятельность; в обращении с больными не проявлять раздражительность, вспыльчивость, злопамятность даже за удар, нанесенный больным; не следует применять моральное или физическое наказание; всегда руководствоваться правилом справедливости; все жалобы больных друг на друга, на медицинский персонал должны быть приняты к сведению и установлена справедливость; внимание врача должно распределяться равномерно между душевнобольными вне зависимости от статуса; помнить об ответственности за больных, т. к. они не могут сами за себя отвечать; врач должен быть философом, обладать глубокими знаниями, иметь человеческое сердце, быть проницательным, проявлять решимость в своих делах; врачу необходимо помнить золотое правило – «не навреди», стараться приносить пользу.