Ак-Мечеть была переименована в форт Перовский, ставший краеугольным камнем новоучрежденной Сыр-Дарьинской линии. Линия эта явилась как бы авангардом Оренбургской линии и связалась с этой последней кордоном укреплений от Аральского моря до нижнего течения Урала (защищавшим киргизскую степь от туркмен пустыни Усть-Урт).

В неравном бою 18 декабря того же 1853 года гарнизон Перовска геройски отразил в двенадцать раз превосходившие силы кокандцев, пытавшихся вырвать Ак-Мечеть из русских рук. Гарнизон под начальством подполковника Огарева состоял из 1055 человек при 19 орудиях. Кокандцев было 12 000. Блестящей вылазкой Огарев и капитан Шкупь опрокинули всю орду, положив до 2000 и взяв 11 знамен и все 17 орудий неприятеля. Наш урон – 62 человека.

К началу нового царствования головными пунктами русского продвижения в Среднюю Азию являлись со стороны Оренбурга – Перовск, а со стороны Сибири – только что заложенный Верный. Между этими двумя пунктами находился прорыв, своего рода ворота шириною в 900 верст, открытые для набегов кокандских скопищ в русские пределы. Эти кокандские скопища опирались на линию крепостей Азрек – Чимкент – Аулие-Ата – Пишпек – Токмак. Необходимо было как можно скорее замкнуть эти ворота и оградить наших киргизов от кокандского влияния. Поэтому с 1856 года основной задачей России стало соединение линий Сыр-Дарьинской и Сибирской. На одном из этих направлений мы имели 11 оренбургских линейных батальонов, уральских и оренбургских казаков, а на другом – 12 западносибирских линейных батальонов и казаков Сибирского войска. Эти горсти людей были разбросаны на двух громадных фронтах, общим протяжением свыше 3500 верст.

Операция «соединения линий» была задержана сперва (до 1859 года) устройством киргизов, а затем ликвидацией нашествия кокандских полчищ на Сибирскую линию.

Начальником угрожаемого района – Заилийского края – был подполковник Колпаковский. В конце лета 1860 года кокандский хан собрал 22 000 воинов для того, чтобы уничтожить Верный, поднять на русских киргизскую степь и разгромить все русские поселки Семиречья. Положение для русского дела на этой окраине сложилось угрожающее. Колпаковский мог собрать в Верном около 2000 казаков и линейцев. Поставив все на карту, этот Котляревский Туркестана двинулся на врага и в трехдневном бою на реке Кара-Костек (Узун-Агач) наголову разбил кокандцев. При Кара-Костеке русских было всего 1000 человек при 8 орудиях. В последний день наши линейцы прошли с боем 44 версты. Этим блестящим делом Сибирская линия была обеспечена от неприятельских покушений. Одновременно отряд полковника Циммермана разорил крепости Токмак и Пишпек. В 1862 году генерал Колпаковский взял крепость Мерке и утвердился в Пишпеке. Россия стала твердой ногой в Семиречье, и ее влияние распространилось на китайские пределы.

К этому времени относится изменение нашего взгляда на значение среднеазиатских завоеваний. Прежде мы считали продвижение на юг делом внутренней политики и задачу видели в обеспечении степных границ. Теперь же наша среднеазиатская политика стала приобретать великодержавный характер. Раньше в глубь материка нас тянул лишь тяжелый рок. Теперь же обращенным на юг взорам Двуглавого Орла стала угадываться синеватая дымка Памира, снежные облака Гималайских вершин и скрытые за ними долины Индостана… Заветная мечта окрылила два поколения туркестанских командиров!

Наша дипломатия осознала огромную политическую выгоду туркестанских походов, приближавших нас к Индии. Враждебное к нам отношение Англии со времени Восточной войны, и особенно с 1863 года, определило всю русскую политику в Средней Азии. Наше продвижение с киргизских степей к афганским ущельям являлось замечательным орудием политического давления – орудием, ставшим бы неотразимым в руках более смелых и искусных, чем были руки дипломатии Александра II.

Решено было не откладывать соединение Сибирской и Сыр-Дарьинской линий и объединить возможно скорее наши владения. Весной 1864 года навстречу друг другу выступило два отряда: от Верного – полковник Черняев с 1500 бойцами и 4 орудиями, и от Перовска – полковник Веревкин с 1200 человеками и 10 орудиями.

Пройдя Пишпек, Черняев взял штурмом 4 июня крепость Аулие-Ата и в июле подошел к Чимкенту, где 22-го числа выдержал бой с 25 000 кокандцев. Веревкин тем временем взял 12 июля крепость Туркестан и выслал летучий отряд для связи с Черняевым. Этот последний, считая свои силы (7 рот, 6 сотен и 4 пушки) недостаточными для овладения сильно укрепленным Чимкентом, отступил в Туркестан на соединение с полковником Веревкиным. Оба русских отряда, соединившись, поступили под общее командование только что произведенного в генералы Черняева и, отдохнув, направились в половине сентября под Чимкент. 22 сентября Черняев штурмовал Чимкент, овладел им и обратил в бегство кокандскую армию. У Черняева было 1000 человек и 9 орудий. Чимкент защищало 10 000. Черняев овладел крепостью, переведя свои роты через ров поодиночке по водопроводной трубе. Наши трофеи: 4 знамени, 31 орудие, много другого оружия и разных военных принадлежностей. У нас выбыло из строя 47 человек.

Кокандцы бежали в Ташкент. Черняев решил немедленно использовать моральное впечатление чимкентской победы и двинуться на Ташкент, дав лишь время распространиться молве. 27 сентября он подступил под сильно укрепленный Ташкент и 1 октября штурмовал его, но был отбит и отступил в Туркестанский лагерь.

Воспрянувшие духом кокандцы решили застать русских врасплох и в декабре 1864 года собрали до 12 000 головорезов для внезапного нападения на Туркестан. Но эта орда была остановлена в трехдневном отчаянном бою у Икан с 4 по 6 декабря геройской сотней 2-го Уральского полка есаула Серова, повторившего здесь аскеранский подвиг Карягина. Из 110 казаков при 1 единороге уцелело 11, 52 убито, 47 ранено. Все получили георгиевские кресты. О сопротивление этой горстки героев сломился порыв кокандцев, и они, не приняв боя с высланным на выручку русским отрядом, возвратились восвояси.

Весной 1865 года учреждена Туркестанская область, и Черняев назначен был ее военным губернатором. С отрядом в 1800 человек и 12 орудий он выступил под Ташкент и 9 мая разбил под его стенами кокандские силы. Жители Ташкента отдались под власть бухарского эмира, выславшего туда свои войска. Решив упредить бухарцев, Черняев поспешил штурмом и на рассвете 15 июня овладел Ташкентом стремительной атакой. В Ташкенте, имевшем до 30 000 защитников, взято 16 знамен и 63 орудия. Наш урон – 123 человека. Занятие Ташкента окончательно упрочило положение России в Средней Азии.

Успехи Черняева и распространение русского могущества на Коканд сильно встревожило Бухару. Это ханство было до сих пор ограждено от русских кокандскими землями, ставшими сейчас русскими областями. Эмир претендовал на Ташкент, ссылаясь на волю его жителей, но домогательства его были отвергнуты. Положив овладеть Ташкентом силой, эмир весной 1866 года собрал у русских пределов до 43 000 войск. Генерал Черняев, в свою очередь, решил не дожидаться удара, а бить самому – и в мае двинул на Бухару отряд генерала Романовского в 3000 бойцов при 20 орудиях.

Кампания 1866 года генерала Романовского была сокрушительной. 8 мая он разбил бухарские войска при Ирджаре, 24-го овладел Ходжентом, 20 июля приступом взял Ура-Тюбе, а 18 октября внезапным и жестоким штурмом покорил Джизак. В трех этих беспощадных штурмах русские войска, лишившись 500 человек, положили на месте 12 000 азиатов. Под Ирджаром перебито 1000 бухарцев и взято 6 орудий. При штурме Ходжента перебито 3500. Наш урон – 137 человек. При Ура-Тюбе перебито 2000, взято 4 знамени, 32 орудия, наши потери – 227 человек. Наконец, в самом кровавом деле, при Джизаке, из 11 000 бухарцев легло 6000, из 2000 русских убыло только 98. Взято 11 знамен и 43 орудия.

Потеряв Джизак, бухарцы бежали к своей столице – Самарканду и поспешили вступить в переговоры о мире. В безрезультатных переговорах прошел весь 1867 год. Бухарцы их намеренно затягивали, стремясь выиграть время и набрать новую армию; Россия же провела капитальную административную реформу. В этом, 1867 году Туркестанская область была преобразована в Туркестанское генерал-губернаторство, составившее в административном отношении две области – Семиреченскую (город Верный) с военным губернатором генералом Колпаковским и Сыр-Дарьинскую (город Ташкент) с генералом Романовским. Образован Туркестанский военный округ, и войска на его территории – 7-й Оренбургский и 3-й Сибирский линейные батальоны – развернуты в 1-ю стрелковую дивизию и 12 линейных туркестанских батальонов. Первым туркестанским генерал-губернатором был назначен генерал фон Кауфман, Черняев был отозван.