Микоян насторожил Сталина своей позицией по «плану Маршалла». Как известно, так назвали «Программу восстановления Европы», которую выдвинул в 1947 году госсекретарь США Дж. К. Маршалл. В её рамках США осуществили широкомасштабное финансовое вливание в европейские страны, находящиеся в послевоенной разрухе. И вроде бы помощь была безвозмездная, однако США преследовали свою выгоду – экономическую и политическую. Американские средства, данные европейским странам, использовались для закупки американских же товаров. То есть «денежка» по большей части вернулась обратно в Штаты. При этом сам европейский рынок оказался под контролем американцев, которые сумели сбыть множество «ненужных» товаров. В политическом же плане всё было ещё хлеще. Перед европейскими странами поставили достаточно жесткие условия – например, удалить из послевоенных коалиционных правительств деятелей европейских компартий. Кроме того, Штаты настояли на сворачивании национализации и т. д.

На первых порах советское правительство вполне допускало принятие «плана Маршалла». Его сторонником был Молотов, но он считал, что план приемлем только как некое второе издание ленд-лиза. Однако в США категорически отрицали какие-либо параллели с ленд-лизом. Так, эта позиция была категорически заявлена заместителем госсекретаря США У. Клейтоном на переговорах с британскими руководителями 25 июня 1947 года. Получалось, что США желают установить политико-экономический контроль над СССР, и это для Москвы было неприемлемо.

А вот для Микояна политический аспект, судя по всему, значил не так уж и много. Его сын, Серго Микоян вспоминает: «Отец уговаривал Сталина принять предложение о вступлении в него (речь о плане Маршалла)! …Отец убеждал, что рычаги власти – твердо в руках Москвы, а экономическое восстановление ускорится, положение народа улучшится много быстрее, и это самое главное. Но все же последнее слово Сталина было «нет»…».

Здесь весьма ярко проявилась «наивность» Микояна, если только такое слово применимо к таким людям. Он думал, в первую очередь, об экономическом результате, упуская из виду возможные политические риски.

«Рычаги власти – твердо в руках Москвы», а значит всё в порядке, можно ни о чём не беспокоиться. Между тем стоило бы только начать пользоваться «безвозмездными» финансами Запада, как очень быстро наступило бы «наркотическое» привыкание. И потом можно было бы уже выдвигать политические требования – сначала незначительные, а потом и весьма масштабные. Очевидно, вот эта вот «наивность» Микояна Сталина и раздражала, настораживала. Ну, а когда этот «эпизод» наложился на позицию, занятую в отношении продуктообмена, то это вылилось в опалу – Микояна не пустили на самый верх партийной иерархии, в бюро Президиума ЦК. Правда, надо сказать, что опала эта была достаточно мягкой – с А. А. Кузнецовым и всей «ленинградской группой» поступили намного более жёстко.

После смерти Сталина сохранил должность заместителя председателя Совета Министров и возглавил министерство внутренней и внешней торговли, образованное тогда же объединением министерства внешней торговли и министерства торговли. 24 августа того же года оно было опять разъединено, Микоян стал министром торговли. Был единственным человеком, кто проголосовал против отставки Берии. Также он первым до Хрущёва выступил с осуждением культа личности Сталина. В конечном итоге поддержал Хрущёва в осуждении Сталина. Так, во время съезда выступил фактически с антисталинской речью (хотя и не называя Сталина по имени), заявив о существовании «культа личности», подчеркнув необходимость мирного сосуществования с Западом и мирного пути к социализму, подвергнув критике труды Сталина – «Краткий курс истории ВКП(б)» и «Экономические проблемы социализма в СССР».

Вероятно, после смерти Сталина Микоян вздохнул с облегчением. Но он всё равно продолжал вести себя очень осторожно, ведь непонятно было, кто возьмёт вверх. Когда решали, что делать с Берия, то Микоян признал его виновность, но одновременно выразил надежду, что «потерявший доверие» Лаврентий Павлович «учтёт критику». Не торопился Микоян и с поддержкой десталинизации, которую затеял Хрущёв.

Причем надо заметить, что в организации репрессий Микоян принимал активнейшее участие (как и «разоблачитель» Хрущёв), несмотря на свой, вроде бы совсем уж «мирный» статус.

Он санкционировал и даже был инициатором ареста сотен работников наркоматов внешней торговли и пищевой промышленности. В 1937 году Микоян выезжал в Армянскую ССР для «чистки» местных кадров. Он же возглавлял комиссию по обвинению в контрреволюции видных партийцев и был содокладчиком наркома внутренних дел Н.И. Ежова на февральско-мартовском пленуме ЦК (1937 год) по делу Н.И. Бухарина. И почему-то именно ему доверили выступать от имени Политбюро ЦК на торжественном активе НКВД, посвященном двадцатилетнему юбилею «органов».

После смерти Сталина Микоян пытается реализовать себя в области внешней политики. И здесь он занимает довольно-таки либеральную позицию в отношении восточноевропейских стран. Когда начались выступления в Венгрии и Польше в 1956 году, Анастас Иванович высказал сомнение в целесообразности задействовать войска. Он считал, что тамошние страны сами должны разобраться со своими проблемами. Скорее всего, ему казалось менее хлопотным и более эффективным перестать нажимать на политические рычаги, упирая на экономику.

Микоян допустил очень большую ошибку, явно переоценив возможности венгерского руководства. Вместе с М.А. Сусловым он прибыл в Венгрию 24 октября, и оттуда они давали во многом неверную информацию. Так, было доложено, что тамошнее руководство слишком уж высокого мнения о своих противниках, тогда как «все очаги повстанцев подавлены, идет ликвидация самого главного очага на радиостанции, где сосредоточено около 4 тысяч человек». В дальнейшем Микоян и Суслов были вынуждены констатировать резкое ухудшение обстановки. Но даже и 30 октября, накануне своего возвращения в Москву, они сообщали в Кремль, что так и не имеют окончательной точки зрения на сложившуюся ситуацию. Это, конечно, потрясающий пример недостатка политической воли (пусть и в одном, конкретном «эпизоде»), который был следствием «либерализма».

А.И. Микоян был наиболее характерным представителем прослойки партийно-государственных технократов, порожденных промышленной модернизацией. Их энергичность, деловитость и аскетизм немало способствовали подъему страны. Однако их узкий прагматизм препятствовал дальнейшей модернизации. В условиях же непрекращающейся западной экспансии он вёл к компромиссам, зачастую неоправданным, и попытке решать многие сложные проблемы путём «импорта» (в самом широком смысле) с Запада. Сначала это был импорт товаров, потом пришло время импорта идей и моделей.

Н. С. Хрущёв уже в 1954 году поручил Микояну дипломатическую задачу: как человек, не ассоциировавшийся со сталинской внешней политикой, он был направлен в Югославию для урегулирования отношений с Тито.

Перед ХХ съездом КПСС (февраль 1956 г.) предложил Н. С. Хрущеву создать комиссию по расследованию сталинских репрессий. Возглавил первую комиссию по реабилитации жертв политических репрессий.

Решительно встал на защиту Н. С. Хрущева на июньском (1957 г.) Пленуме ЦК КПСС, фактически отстраненного от руководства работой Президиума ЦК. 23.10.1956 г. на заседании Президиума ЦК, обсуждавшем информацию Г. К. Жукова о положении в Венгрии, был единственным, кто высказался против введения советских войск: «Руками самих венгров наведем порядок. Введем войска – подпортим себе дело. Политические меры попробовать, а потом войска вводить».