Не ограничивался о. Николай возведением только материальных стен. Главной задачей считал заботу о духовном состоянии пасомых. Первым делом обратил внимание на пьянство в селе, которое стал преследовать частыми поучениями с амвона и разными советами и (увещеваниями) вне храма.

Губернским Комитетом народной трезвости о. Николай неоднократно назначается на должность «участкового попечителя о народной трезвости по Зачаческой волости». Вскоре по решению сельского схода, а самое главное – при деятельном участии Архангельского губернатора Энгельгарда отцу Николаю с января 1896 года удалось закрыть трактир в Зачачье. Закрытие трактира вызвало недовольство со стороны крестьянина Павла Афанасьевича Патокина, владельца этого питейного заведения.

Шестого мая 1901 года за ревностную службу по ведомству Министерства Народного Просвещения батюшка удостаивается права ношения камилавки, а в 1905 году награждается наперсным крестом.

Николай Иванович Попов

В 1902 году о. Николай ставит перед зачаческими прихожанами вопрос о ремонте приходского деревянного Никольского храма. Храм этот был построен в 1686–1687 годах, и к началу XX века здание пришло в ветхое состояние – купол сильно наклонился к северу и грозил обрушением. Но ремонтные работы задерживались главным образом нехваткой средств. И только благодаря пастырской деятельности отца Николая, его энергии удалось воодушевить и объединить простых людей – приходских крестьян – и людей купеческого сословия выходцев из Зачаческого прихода, проживающих в Санкт-Петербурге (см. историческую часть).

Николай Иванович Попов 1906 г.

18–19 июня 1903 года в Сарове состоялись торжества по случаю канонизации преподобного Серафима Саровского. В Зачачье 10 августа 1903 года служили первый молебен святому преподобному Серафиму: «1903 год август, 10. Воскресенье. До десяти тридцати в церкви. Пели «Херувимскую» № 4 Бортянского, «Милость мира», задостойник и «Не имамы иныя помощи». Читал я о торжествах 18–19 июля в Сарове и молебен прп. Серафиму, к мощам прп. Серафима пели новый тропарь». В сентябре 1903 года сыновья отца Николая Попова – Алексей и Александр – совершили паломничество к мощам прп. Серафима. В Сарове они пробыли три дня, с 10 по 12 сентября.

Сподобил Господь отца Николая 10 июня 1904 года сослужить за литургией Иоанну Кронштадтскому в Воскресенской церкви г. Архангельска. «Служил с о. Иоанном Кронштадтским в Воскресенской церкви. Пели очень хорошо. На чай к брату Михаилу», всё прекрасно, слава Богу».

В июне 1909 года о. Николай с сыновьями Алексеем и Василием совершил паломничество в Веркольский монастырь и Суру. Он описывает это событие в своём дневнике:

«1909 год. Июнь, 13. В Пинегу прибыли во втором часу. Стояли долго. Отправились уже в семь часов вечера. Ходил в лавку к Володиным и был у заштатного протоиерея Иоанна Карасова. Место широкое у Пинеги – острова, то же и у Карповой горы (120 верст от Пинеги), река на юг пошла.

Июнь, 14. Воскресенье. Шли с частыми остановками. Пассажиров очень мало с плотов. О. Зосима выходил в Пиринемском под церковью к обедне в 10-м часу.

Июнь, 15. В половине четвёртого утра к Верколе прибыли. К обедне, молебен прав. Артемию. На трапезу в 11 часов к о. архимандриту. Отдохнули и в четыре часа снова к о. архимандриту – чай пили. Вечерня, правило, трапеза, исповедался.

Июнь, 16. В полтретьего встал. К утрене. Обедню один служил с иеродьяконом Макарием. К о. архимандриту с просфорой. После трапезы ризницу осматривали и ходили в церковь на место убиения праведного Артемия. Молебен сам служил. Чай попил и отдохнул. Вечерня, трапеза, чай, и ребятки пошли удить на ночь.

Семья Поповых в с. Зачачье Холмогорского уезда. 17 июля 1906 года.

Первый ряд – Ольга Михайловна, Сергей Михайлович, Екатерина Николаевна, Александра Михайловна, Михаил Михайлович. Второй ряд – Алексей Николаевич, Александр Иванович, Николай Иванович, Иван Германович, Никодим Михайлович, Михаил Иванович, Владимир Иванович, Александр Николаевич. Третий ряд – Александра Гавриловна Молчанова, Анисья Семеновна, Елизавета Ивановна Молчанова, Елизавета Григорьевна, Глафира Ивановна. Четвертый ряд – Иван Михайлович, Василий Николаевич, Николай Михайлович.

Июнь, 17. В четвёртом часу пришёл «Верколец», в Суру направились я, Алёша и Вася (60 вёрст рекой, пять часов ходу). Стоял пароход один час, пока почту возили. Ходили в церковь. Молебен и литию по о. протоиерею Иоанне. Благолепно в св. храме во имя св. Николая с двумя приделами. Богатые иконы, живопись и ризница. Обратно в Верколу в шестом часу и в седьмом отбыли. С нами и архимандрит Варсонофий в Красногорский».

Второго июля 1914 года священник Николай Попов возводится в сан протоиерея с назначением на должность настоятеля Благовещенского собора города Шенкурска. На священническое же место в Зачаческий приход назначен иерей Пётр Кремлёв – зять о. Николая Попова, который продолжил главное дело своего предшественника – возведение приходского Никольского храма.

Четвёртого сентября 1914 года семья Поповых на пароходе выехала в г. Шенкурск, куда прибыла седьмого сентября. О. Николай так описывает это событие в своём дневнике: «В три часа дня в Шенкурске. Народу много встречало пароход. Матушка игуменья лошадку предложила. Церковный староста явился на пароход со сторожами, и они унесли всё в квартиру. Пришли работники и подрядились возить кладь по пять коп. с пуда (восемь р.)… Впечатление хорошее от всего. Старина везде. Собор холодный, величественный».

23 сентября 1914 года протоиерей Николай отметил 35-летие священнической хиротонии. В городском соборе после богослужения горожанами ему была преподнесена икона Спасителя в серебряной ризе. Настоятельница Шенкурского монастыря игуменья Рафаила подарила отцу Николаю икону Божией Матери Троеручницы в киоте.

С 27 сентября этого же года протоиерей Николай Попов был назначен заведующим и законоучителем городской церковно-приходской школы.

26 июня 1915 года о. Николай Иванович с супругой и детьми – Василием и Екатериной – приехал из Шенкурска в с. Зачачье для участия в освящении Новопостроенного Никольского храма. 30 июня 1915 года Преосвященным Нафанаилом в сослужении духовенства был совершён величественно-торжественный чин освящения храма, построенного на месте древнего деревянного. За изыскание средств и за труды по переустройству древнего Никольского храма, преподано Архипастырское благословение с выдачей грамоты (см. историческую часть).

Николай Иванович имел награды: установленную в память мирного царствования императора Александра III серебряную медаль на Александровской ленте; юбилейный в память 300-летия Царствования Дома Романовых священнический нагрудный знак крест серебряный с эмалью.

Избирался депутатом на Епархиальные съезды духовенства Архангельской епархии и членом предсъездных комиссий: 1908, 1911, 1913, 1915, 1916 годы.

Будучи настоятелем собора, отец Николай с прихожанами занимается сбором вещей для нужд действующей армии (шла Первая Мировая война) и отправляет их на склад императрицы Александры Фёдоровны в Петроград. (В краеведческих музеях Архангельской области сохранились благодарственные письма).

С шестого по 11 июля 1915 года отец Николай с семьёй совершил паломничество в Соловецкий монастырь, где они посетили Секирную гору, Муксалму и Савватиевский скит. Вернувшись из поездки, они какое-то время ещё гостили у родных в Архангельске, а после – у зятя, о. Петра Кремлёва в Зачачье. 18 июля 1915 года Поповы вернулись в Шенкурск.