9 апреля 1918 года президиум ВЧК поручил отделу борьбы с контрреволюцией проведение контрразведывательной работы в Красной Армии. Попытка командующего Восточным фронтом левым эсером Муравьевым поднять мятеж ускорила процесс создания контрразведки в армии. 6 апреля 1919 года ВЦИК утвердил положение о создании «Специального отдела ВЧК и его местных органов» Бюро ЦК РКП(б). С лета 1919 года ВЧК стал координировать оперативную охрану государственных границ РСФСР. 20 декабря 1920 года создается Иностранный отдел ВЧК. Временно исполняющим обязанности начальника ИНО был назначен первый секретарь представительства РСФСР в Эстонии Я. Х. Давыдов (Давтян), а 20 января начальником ИНО стал Р. П. Катанян. 10 мая 1919 года на базе Железнодорожного отдела создается Транспортный отдел, который находился в прямом подчинении ВЧК. Первоначально ВЧК не располагала собственными военизированными подразделениями, но 7 марта 1918 года ей было разрешено формировать собственные боевые отряды сопровождения чекистских операций.
1-я Всероссийская конференция чрезвычайных комиссий приняла решение о формировании особого корпуса войск ВЧК, Командиром корпуса являлся Ф. Э. Дзержинский. К лету 1918 года корпус уже включал в свой состав 35 батальонов, размещенных в шести военных округах – Московском, Ярославском, Орловском, Беломорском, Уральским и Приволжским. Деятельностью корпуса руководил Военный штаб ВЧК.
С момента создания ВЧК формировалась как военная организация, сплоченная строгой дисциплиной и персональной ответственностью. Организаторы ВЧК уделяли особое внимание не только идеологической обработке сотрудников, но и внешним символам – форме одежды, знакам различия, документам, удостоверяющим принадлежность к секретному ведомству, оружию. По постановлению Совнаркома от 26 июня 1918 года чекисты стали приравниваться по нормам довольствия к военнослужащим. Постепенно в процессе освоения разведывательной, контрразведывательной и оперативно-розыскной работы чекисты стали принимать на вооружение традиционные методы работы спецслужб. Решением ВЧК от 18 марта 1918 года была образована наружная разведка ВЧК. Декретом Совнаркома от 3 апреля 1918 года судебным и следственным органам, в том числе и ВЧК, было предоставлено право просмотра корреспонденции при обязательном согласовании с Народным комиссариатом почт и телеграфа. Одновременно перлюстрацией занимался Военный почтово-телеграфный контроль при Наркомате по военным делам, который направлял в ВЧК представлявшую оперативный интерес корреспонденцию.
В Москве ВЧК стала практиковать прослушивание телефонных переговоров сотрудников иностранных представительств. Поначалу вопрос об агентурной работе вызвал резкое неприятие в чекистской среде. Руководство ВЧК вообще пыталось обойтись без секретных сотрудников и использовать только «идейное содействие советских элементов». В апреле 1918 года коллегия поручила оперативным отделам приступить к разработке положения об агентурной работе. Несмотря на возражения части делегатов, выступавших против создания агентурного аппарата, большинство чекистов выступили за создание секретной службы как основного средства борьбы с контрреволюцией. В «Кратких указаниях ЧК для ведения разведки», принятых конференцией, указывались способы вербовки агентов, рекомендовались конкретные методы (убеждение или принуждение). Предлагались формы вербовки – от прямого предложения до постепенного привлечения к секретному сотрудничеству. В местах заключения инструкция прямо рекомендовала использовать секретных агентов из среды арестованных. В губернских ЧК руководство агентурным аппаратом было возложено на начальников Отделов по борьбе с контрреволюцией, в составе которых учреждались специальные секретные части.
Оперативный учет лиц, уличенных и подозреваемых в контрреволюционной деятельности, осуществлялся оперативными подразделениями центральной и местной ЧК. На учет ставились бывшие кадровые офицеры, владельцы крупной собственности, помещики, бывшие сотрудники царского Министерства внутренних дел, лидеры буржуазных партий. В 1919 года был организован Регистрационно-справочный отдел ВЧК. Сведения на людей, представляющих оперативный интерес для ВЧК, стали заноситься в картотеки. С июля 1919 года отдел возглавлял Я. М. Роцен. С 7 июня 1920 года отдел был переименован в Регистрационно-статистический отдел ВЧК.
21 июня 1919 года следствие было сосредоточено в одном отделе, который стал называться Следственной частью, в ее состав вошло Юридическое бюро, ведавшее систематизацией нормативных актов о ВЧК и выдачей справок по запросам. 13 сентября 1920 года в структуре ВЧК появился новый орган – Управление делами, его начальником стал член Коллегии ВЧК Г. Г. Ягода.
21 сентября 1920 года под руководством Л. М. Брагинского стал действовать Административный отдел, преобразованный позднее в Управление, начальником которого стал бывший начальник особого отдела Западного фронта И. А. Апетер. Управление занималось разработкой структуры органов ЧК, подбором и расстановкой кадров, учетом личного состава, проверкой работы местных ЧК. 29 июля 1920 года Совнарком ввел в состав Коллегии ВЧК новых членов: В. Н. Манцева – Начальника Центрального управления ЧК Украины, В. Р. Менжинского – нового начальника Особого отдела ВЧК, управделами ВЧК Г. Г. Ягоду, начальника Транспортного отдела ВЧК Н. Н. Зимина, заместителя председателя МЧК С. А. Мессенга и заместителя наркома внутренних дел, начальника войск внутренней охраны В. С. Корнева.
26 ноября 1920 года при Президиуме ВЧК создается Специальное отделение по охране партийных и государственных деятелей и правительственных объектов, которое возглавил сотрудник ВЧК, начальник охраны Ленина А. Я. Беленький. Весной 1921 года, одновременно с проведением в России экономической реформы, началась перестройка работы советского государственного аппарата, которая привела к очередным изменениям в системе органов государственной безопасности. Приказом ВЧК от 14 января 1921 года было образовано Секретно- оперативное управление, которое возглавил В. Р. Менжинский. Его заместителем стал Г. Г. Ягода, помощником начальника был назначен А. Х. Артузов.
В Особых отделах ВЧК находилась служба военной цензуры. Инструкция содержала подробное изложение методов перлюстрации и требовала соблюдения строжайшей конспирации. 13 августа 1921 года военная цензура была возложена на Информационный отдел. На Секретный отдел Управления возлагались выявление и борьба с антисоветской деятельностью монархистов, кадетов, меньшевиков, эсеров, оппозиционно настроенного духовенства. Отдел включал работу 9 отделений по различным направлениям. С конца 1920 года, согласно приказу ВЧК, в Секретном отделе постановке на постоянный учет подлежали все выявленные члены небольшевистских партий и других организаций.
Оперативный отдел управления осуществлял ведение наружной разведки и установки. В отдел входили секретариат, оперативное отделение, техническое отделение, активная часть Оперода, отделение обработки материалов, бюро обработки, бюро печати, регистрационно-статистическое отделение, справочное бюро, бюро розыска, бюро статистики, архив. В управление был включен и Иностранный отдел. В течение 1921 года легальные резидентуры были созданы в Англии, Франции и Германии, одновременно осуществлялось развертывание нелегальной разведки. Во внешнюю разведку направлялись опытные члены партии, а основные линии разведывательной работы определялись ЦК РКП(б). Параллельно внешнюю разведку осуществляло Разведывательное управление Штаба Красной Армии. Для координации деятельности двух независимых разведок предусматривался ввод в состав Коллегии ВЧК начальника Разведуправления.
28 марта 1921 года в Секретно-оперативное управление вошел Информационный отдел. На него возлагались задачи организации и обеспечения партийного и советского руководства информацией о политическом и экономическом положении страны и отдельных регионов. Позднее в инструкции для местных органов ВЧК стали указываться источники информации: доклады осведомителей в учреждениях и на предприятиях, уполномоченных ВЧК на местах, сведения о различных происшествиях, следственный и агентурный материал, периодическая печать, народная молва (слухи).
