В ходе всеобщих выборов 1955 года, несмотря на подавляющее превосходство, как с точки зрения общей численности избирателей-малайцев, так и с точки зрения количества избирательных округов, в которых доминировали малайцы, ОМНО согласилась с тем, чтобы передать мандаты в тех избирательных округах, в которых преимущество малайцев было незначительным, кандидатам от МКА и МИК. Поддержка избирателей-малайцев позволила кандидатам-китайцам и индусам победить, несмотря даже на то, что большинство избирателей-китайцев и индусов поддерживало других кандидатов.

У ОМНО были достаточно серьезные политические основания, чтобы пойти на такие жертвы. Англичане делали весьма прозрачные намеки на то, что они не предоставят независимость Малайе, если малайцы будут пользоваться своим политическим превосходством и несправедливо относиться к китайцам и индусам. Малайцы были решительно настроены добиться независимости, и потому были готовы пойти ради этого на значительные уступки. ОМНО не только решила работать совместно с МКА и МИК, но также согласилась на значительное снижение требований, предъявлявшихся к кандидатам на получение гражданства, что позволило большему числу китайцев и индусов получить гражданство независимой Малайи.

Электорат, состоявший преимущественно из малайцев, все еще был в состоянии отвергнуть кандидатов Альянса, особенно кандидатов-немалайцев, и поддержать кандидатов Панмалайской исламской партии или партии Негара (Negara), созданной бывшим лидером ОМНО Дато Онн Джафаром (Dato Onn Jaafar). Тем не менее, на выборах 1955 года поддержка Альянса со стороны избирателей-малайцев была настолько сильной, что все кандидаты Альянса, не являвшиеся малайцами по происхождению, победили в округах с преимущественно малайским населением. Из 52 мандатов, оспаривавшихся Альянсом в ходе выборов, ОМНО проиграла ПМИП только один.

Казалось, что малайцам и китайцам удалось разрешить большинство противоречий, что они были готовы к сотрудничеству в политической сфере. Правительство Альянса решило внести поправки в Конституцию, которые позволили бы получить гражданство страны еще миллиону китайцев и индусов. Учитывая, что в то время население Малайской Федерации едва превышало пять миллионов человек, предложение о предоставлении гражданства столь многим немалайцам было весьма великодушным, оно значительно ослабило политическое превосходство малайцев.

Великодушие, проявленное малайцами по отношению к китайцам и индусам, позволило отбросить обвинения в несправедливом отношении малайцев к представителям других рас, которые англичане пытались использовать для оправдания своего отказа предоставить независимость Малайской Федерации. Одновременно, было подорвано все еще сохранявшееся в китайской общине влияние коммунистов.

Как уже упоминалось ранее, китайские партизаны-коммунисты пытались силой захватить власть в стране в промежутке между капитуляцией японцев и возвращением англичан в 1945 году. Это привело к столкновениям с полицией, состоявшей преимущественно из малайцев, и крестьянами-малайцами, в ходе которых погибло немало малайцев. К счастью, попытка коммунистов захватить власть была сорвана. Несмотря на то, что англичане достигли с партизанами-коммунистами соглашения о сдаче оружия, всего оружия партизане не сдали. Они спрятали свои вооружения, а их политическое крыло создало Малайскую коммунистическую партию (МКП - Malayan Communist Party), которая захватила контроль над профсоюзами и основала китайские благотворительные и другие общественные организации. Используя свое влияние в профсоюзах и общественных организациях, коммунисты стали угрожать Британской военной администрации (БВА - British Military Administration). Так как мощь коммунистов все возрастала, и они становились все более воинственными, БВА решила ограничить их деятельность. Коммунистические организации были распущены, а их характерные красно-желтые вывески - сняты. Некоторые лидеры коммунистов были арестованы, но большинство из них просто скрылось.

Было совершенно очевидно, что лидеры коммунистов вернулись в джунгли. В 1948 году они начали вооруженную борьбу, убивая плантаторов-малайцев и англичан. Колониальные власти объявили чрезвычайное положение и начали военные действия против партизан. Поначалу война велась не слишком успешно, ибо среди китайского населения имелось множество сочувствовавших коммунистам и их активных сторонников. Чтобы прекратить снабжение партизан продовольствием и деньгами, пришлось ввести комендантский час и переселить китайских фермеров, незаконно занимавшихся сельским хозяйством на участках, прилегавших к джунглям, в так называемые укрепленные "новые деревни". ("New Villages")

Принимая решение работать совместно с МКА и предоставить гражданство китайцам, ОМНО пыталась изолировать коммунистов от большинства китайского населения. Эта стратегия оказалась успешной, потому что большинство китайцев оценило великодушие, проявленное ОМНО в вопросе о предоставлении им гражданства и поддержало борьбу с коммунистами и борьбу за независимость. Поэтому первое в истории малайских государств демократически избранное правительство смогло добиться предоставления независимости и объединить малайцев и китайцев в борьбе против коммунистических повстанцев, что, в конце концов, позволило разгромить партизан. Правительство также признавало особое положение малайского большинства, тем не менее, в течение первого десятилетия после провозглашения независимости, после того как малайцы столкнулись с реалиями, эйфория улетучилась. За исключением того, что малайцы сменили англичан в государственной администрации, в их статусе не произошло значительных изменений: по сравнению с китайцами они оставались бедными. Малайские лидеры в тот период пришли к выводу, что пределом мечтаний для малайца была карьера государственного служащего, а для китайца - карьера бизнесмена. Возможно, в большинстве случаев так оно и было, тем не менее, значительное число малайцев стремилось к тому, чтобы разбогатеть, что, как они видели, было возможно в сфере бизнеса, а некоторые китайцы считали, что и у них было право работать в государственной администрации, где после ухода англичан появились вакансии. По мере того как малайцы и китайцы все яснее заявляли о своем желании работать в традиционных сферах влияния друг друга, напряженность в обществе нарастала, а отношения между ОМНО и МКА становились все более напряженными. К примеру, попытки правительства выделить некоторым малайцам лицензии на торговлю сигаретами натолкнулись на фактический бойкот со стороны китайцев.

Малайцы начали повнимательнее присматриваться к распределению национального богатства, и пришли к выводу, что они были обречены жить в бедности до тех пор, пока не обеспечено их активное участие в деловой жизни страны. В то время еще не были известны какие-либо точные цифры и факты относительно распределения национального богатства между расовыми общинами Малайзии, но то, что малайцы не имели своей доли в экономике страны, было ясно любому. В Куала-Лумпуре, практически, не было ни одного малайского магазина, все вывески были написаны китайскими иероглифами, а надписи на малайском языке - отсутствовали.

Как это ни парадоксально, но китайские школы также постепенно исчезали, так как все большее число китайских учеников стремилось учиться в английских школах. Это не особо радовало малайцев, потому что китайских учеников в малайских средних школах не было вообще. Малайцы считали, что следовало заставить китайцев и индусов учиться в малайских средних школах, но правительство не желало насильно насаждать национальный язык. Среди малайской молодежи росло разочарование в правительстве Альянса во главе с ОМНО. Одновременно, китайцы были недовольны МКА, считая, что эта партия делала слишком много уступок малайцам и ОМНО.

В правительстве считали, что экономические и финансовые проблемы были недоступны для понимания малайцев, поэтому с самого начала портфели министра финансов и министра по делам коммерции и промышленности выделялись членам МКА. Эти министры-китайцы едва ли поддерживали стремление малайцев пробиться в сферу бизнеса и промышленности, поэтому малайцам не удавалось добиться серьезного прогресса в этих областях.