11 сентября Бур-Комаровский через Лондон обратился к Рокоссовскому. В Москву его послание поступило 14 сентября. В нем говорилось:

«Полученная сегодня информация премьера Миколайчика о готовящемся сотрудничестве в деле оказания помощи сражающейся Варшаве позволяет мне обратиться к пану маршалу с просьбой о присылке нам помощи и согласовании наших усилий.

Прошу пана маршала приветствовать от моего имени и имени воинов АК приближающуюся к воротам Варшавы советскую армию и входящие в ее состав польские части.

Из телеграммы, посланной Вам 6 августа капитаном Калугиным и 8 августа полковником Монтером, Вы знаете в общих чертах наше положение…

Подкрепленные сбросами грузов с самолетов прошлой ночью продолжаем сражаться, однако нам требуется дальнейшая помощь путем сброса с самолетов немецких боеприпасов и оружия – о чем Вас и прошу…

Жители города очень страдают от обстрелов сверхтяжелой артиллерии, убедительно прошу пана маршала противодействовать ей. Ориентируясь в наших возможностях, Вы не можете ждать от нас решающего взаимодействия, поскольку из-за отсутствия у нас тяжелого вооружения у нас небольшие наступательные возможности. Тем не менее, если Вы нам укажете направление действий и подкрепите нас тяжелым оружием, мы сможем там сосредоточить все наши усилия в решающем ударе советских армий на Варшаву».

В середине сентября восставшие все еще удерживали четыре очага сопротивления:

1. Район Жолибож, Маримонт.

2. Кварталы в центре города, примыкающие с севера и с юга к железнодорожной станции.

3. Район Мокотув.

4. Район на западном берегу Вислы, южнее южного моста.

24 сентября 1944 года германские войска, перебросив для подавления восстания 19-ю танковую дивизию, перешли в решающее наступление на районы, занятые повстанцами: район Мокотув, который капитулировал 27 сентября, а 29 сентября – на Жолибож, который сдался 30 сентября. Часть бойцов из Мокотува во главе с командиром подполковником В. Рокицким через подземные каналы ушла в район Центр.

28 сентября начались окончательные переговоры о прекращении восстания. 30 сентября 1944 года, накануне капитуляции, президент Республики Польша из Лондона Владислав Рачкевич назначил командующего Армией Крайовой генерала Тадеуша Бур-Комаровского Верховным главнокомандующим польскими вооружёнными силами.

1 октября по приказу генерала Тадеуша Бур-Комаровского повстанцы прекратили огонь. 2 октября 1944 года Тадеуш Бур-Комаровский подписал капитуляцию; сдавшимся участникам восстания из Армии Крайовой был гарантирован статус военнопленных. 2 октября в штабе корпуса Баха-Залевского в Ожарове был подписан акт капитуляции. Через 2 дня повстанцы колоннами начали покидать Варшаву. В плен попало 17 тысяч повстанцев, в том числе 922 офицера и 6 генералов. За 63 дня восстания погибли 10 тысяч повстанцев Армии Крайовой, 7 тысяч пропали без вести. 2 октября 1944 года завершилась более чем двухмесячная трагическая эпопея Варшавского восстания. Армия Крайова в Варшаве капитулировала. Согласно условиям капитуляции повстанцы получили права комбатантов (законных участников войны) и были направлены в лагеря для военнопленных в Германии. Немцы обещали не депортировать мирное население Варшавы, но это обещание нарушили. Погибли десятки тысяч варшавян, в том числе около 16 тыс. бойцов Армии Крайовой. Около 20 тыс. повстанцев попали в плен. Еще 25 тыс. варшавян было ранено. Немцы потеряли убитыми 17 тыс. солдат и офицеров, еще 9 тыс. было ранено и 2 тыс. попало в плен к повстанцам. Доклад фон Дем Баха от 5 октября 1944 года показывает, что потери группы фон Дем Баха, включая лишь этнических немцев и казаков, составили 9044 человека, в том числе 1570 убитых, из них 73 офицера и 44 казака, потери солдат люфтваффе (не включены в цифру потерь группы фон Дем Баха) составили 181 убитыми и 573 ранеными. По некоторым оценкам, общие потери германской стороны, включая коллаборационистов, составили около 3000 погибших и умерших от ран и около 12 000 раненых. Подразделения вермахта потеряли безвозвратно 1 танк Т-V и 2 САУ Hetzer, полицейские подразделения и коллаборационистские воинские формирования потеряли безвозвратно несколько танков. Несколько десятков танков и штурмовых орудий было повреждено. Повстанцы сбили, по разным оценкам, от 1 до 3 германских самолетов. Против них использовали несколько десятков управляемых танков-мин «Голиаф», взрывавших дома и заграждения. Немцы говорили о 200 тыс. погибших повстанцах, но это число преувеличено в несколько раз. По приказу Гитлера город сровняли с землей, а около 200 тыс. жителей депортировали, хотя по соглашению о капитуляции немцы обещали, что к жителям Варшавы не будет применяться принцип «коллективной ответственности» за восстание. В городе осталось лишь 22 тыс. жителей, занятых на обслуживании немецких войск.

В 2008 году Президент Польши Лех Качиньский заявил, что «Варшавское восстание было решением столь же трагическим, сколь и необходимым. Это была последняя попытка сохранить независимость Польши. Советская армия уже входила в пражское предместье Варшавы. У нас за плечами был опыт Вильно и Львова. Было очевидно, что либо Варшавой овладеют поляки, и там сможет появиться польское правительство из Лондона, либо никаких шансов на сохранение независимости нет. Не будем забывать, что 1 августа 1944 года в Люблине уже действовал Польский Комитет Национального Освобождения – группа ренегатов, которые от имени иностранной державы готовились править Польшей. Таким образом, это решение было необходимо».

12 января 1945 года началась Висло-Одерская операция Красной Армии. Опасаясь окружения, немецкие войска 17 января без боя покинули Варшаву.

Модлин (бывший Новогеоргиевск) был единственной на территории Польши первоклассной крепостью, модернизированной в конце XIX века, когда вокруг цитадели была построена линия фортов. Но укрепления крепости обветшали, а когда началась ремилитаризация Германии, поляки успели только возвести несколько дотов у р. Визны. Крепость должна была стать узлом противотанковой обороны. Внутреннее кольцо фортов крепости, отстоявшее от цитадели на 3 км, было усилено противотанковыми рвами, укрытиями для пехоты и ПТО и пулеметными дотами. Перед войной были построены земляные укрепления для размещения пехоты. Внешнее кольцо фортов должно было стать лишь передовыми позициями, обороняемыми незначительными силами.

Первоначально гарнизон Модлина состоял из 5 запасных и одного кадрового батальонов, но после начала войны в Модлин отходили разные части Войска Польского, и на последнем этапе обороны гарнизон насчитывал примерно 40 000 человек. С самого начала обороны в крепости находился бронепоезд и зенитно-артиллерийский дивизион

10 сентября к Модлину с севера подошел 2-й армейский корпус вермахта под командованием генерала пехоты Адольфа Штрауса. 11 сентября немцы провели разведку и, убедившись в слабости обороны, захватили Закрочим, ключевой пункт во внешнем кольце обороны, находящийся на берегу Вислы рядом с фортом 1 и в паре километров от цитадели. В тот же день немецкие войска смогли форсировать Нарев восточнее крепости и блокировали ее со стороны Новы-Двур-Мазовецки. На следующий день Модлин был блокирован и с юго-западной стороны, после того как немцы переправились через Вислу. С 13 сентября в крепость стали прорываться части армии Лодзь, которые располагались лагерем около Модлина. Они имели артиллерию и некоторое количество танков. 17 сентября крепость подвергли интенсивной бомбардировке с воздуха с участием 100 самолетов.

18 сентября защитники Модлина отразили атаку пехоты, а 19 сентября предприняли вылазку у Новы-Двур. 22 сентября Модлин был отрезан с юга и от Варшавы частями германского 15-го моторизованного корпуса. С 24 сентября началась систематическая артиллерийская и авиационная подготовка штурма крепости. 27 сентября пали форты 1 и 3, что позволяло напрямую штурмовать цитадель. Нехватка боеприпасов, продовольствия и медикаментов вынудила командующего гарнизоном генерала Виктора Томме 29 сентября капитулировать. Около 30 тыс. польских солдат попали в плен. Во время обороны крепости погибло более 2000 польских солдат. Германские потери неизвестны.