В конце ноября 1944 года Иоанн был призван в ряды Советской Армии, но через несколько месяцев, по болезни, его освобождают от несения воинской повинности и он становится пономарем храма святых апостолов Петра и Павла г. Бузулука Оренбургской области. В это время вновь назначенный на Оренбургскую кафедру епископ Мануил (Лемешевский; впоследствии – митрополит) обращает внимание на молодого пономаря и берет его в келейники. 9 июня 1946 года послушник Иоанн, после пострига в рясофор, рукоположен был своим старцем-архиереем во диакона, а 14 января 1948 года – во иерея. Святитель возлагал на него и чисто епархиальные дела, ибо не везде в приходах было спокойно, временами возникали внутренние нестроения. Туда и посылал Владыка своего совсем юного келейника укрощать человеческие страсти.

В сентябре 1948 года, когда архиепископа Мануила сослали в Потьму, о. Иоанн поступил в Саратовскую духовную семинарию, которую окончил по первому разряду. В 1951 году он становится студентом Ленинградской Духовной Академии, заканчивая ее через 4 года со степенью кандидата богословия. Его оставляют профессорским стипендиатом на кафедре сектоведения.

В декабре 1955 года состоялась встреча с вернувшимся из ссылки архиепископом Мануилом, которого назначили временно на Чебоксарскую кафедру. Зимой 1956 года о. Иоанн в свободное от стипендиатской работы время помогал своему архипастырю составлять «Чин архиерейского отпевания», а осенью был определен преподавателем Минской Духовной семинарии и пострижен в мантию.

В сентябре 1957 года, по ходатайству архиепископа Чебоксарского и Чувашского Мануила, иеромонах Иоанн вернулся к старцу-святителю в Чебоксары, где в течение двух лет помогал ему работать над капитальными трудами: «Каталог русских архиереев периода с 1898 по 1956 годы», «Топография архиерейских кафедр и викарств того же периода», «Фотоальбом православных архиереев от начала Крещения Руси до 1958 года». За участие в их написании иеромонах Иоанн в марте 1959 года был награжден Святейшим Патриархом Алексием I крестом с украшениями.

В сентябре 1959 года он был определен помощником инспектора и преподавателем Саратовской Духовной семинарии. Трудился иеромонах Иоанн в семинарии всего один год и в сентябре 1960 года был определен священником Покровского кафедрального собора г. Самары. Совершая священническое служение в соборе, иеромонах Иоанн одновременно готовил свою магистерскую диссертацию. Трудясь долгие годы под омофором архиепископа, ученик унаследовал от своего наставника любовь к исследовательской и литературной деятельности, собрав богатый архив по церковной истории.

В апреле 1961 года иеромонах Иоанн возводится в сан игумена, а к Пасхе 1964 года – в сан архимандрита. 12 декабря 1965 года состоялась его хиротония во епископа Сызранского. В феврале 1966 года епископ Иоанн защитил в Московской Духовной Академии магистерскую диссертацию и был удостоен ученой степени магистра богословия. В 1969 году епископ Иоанн утверждается епископом Куйбышевским и Сызранским, а с сентября 1972 года ему поручается временное управление Чебоксарской епархией.

В сентябре 1976 года епископ Иоанн возведен в сан архиепископа. В июне 1987 года он посетил Святую Землю и Иерусалим. За чтение в 1988 году в Санкт-Петербургской Духовной Академии лекций по новейшей церковной истории Владыка Иоанн получил звание доктора церковной истории.

С августа 1990 года Высокопреосвященнейший Митрополит Иоанн возглавлял Санкт-Петербургскую епархию. В последующие годы отдельными книгами выходит много трудов Владыки, посвященных истории Русской Православной Церкви XX века, его учителю Митрополиту Мануилу, сборники проповедей и статей.

Много трудился Владыка Иоанн в связи с возвращением епархии храмов, их восстановлением и ремонтом. Возобновились богослужения в Казанском и Измайловском соборах, церквах свв. Симеона и Анны, Пантелеймона, Благовещения и многих других не только в Петербурге, но и в разных местах обширной епархии. Общее число действующих храмов выросло почти в три раза.

Проповедуя за каждым богослужением, Митрополит Иоанн находил время встречаться с горожанами на вероучительных беседах, выступать в телепрограмме «Храм», радиопередаче «Колокола», на страницах многих периодических изданий. По его благословению и при его постоянной поддержке Санкт-Петербургская епархия обрела периодические православные издания: журнал «Санкт-Петербургские епархиальные ведомости», газеты «Православный Санкт-Петербург», «Соборная весть».

Митрополит Иоанн отошел ко Господу 2 ноября 1995 года.

«Настоящее детство и настоящая юность дают фон для всей последующей жизни в миру», – это высказывание справедливо и по отношению к приснопоминаемому Митрополиту Иоанну. В издательстве «Царское Дело» вышла книга – дневник 1945–1946 годов духовного отца Владыки Иоанна Митрополита Мануила (Лемешевского) «Божий виноградник». Из этой книги мы выбрали все упоминания о юном Ванюше Снычеве.

Верующие замечают, что мой Иван сильно похудел, побледнел, в лице осунулся, и начинают беспокоиться. Своими молитвами, поклонами и смирением он привлекает к себе сердца всех верующих…

Одна женщина принесла мне старинной иконописи и поблекшую икону св. ап. Иоанна Богослова. Ее выпросил у меня Ваня. Со слезами обратился он ко мне, встав на колени: «Благословите меня, Владыко, святой иконой сей, дабы молитвами св. Иоанна Богослова девственника Господь сохранил меня в девстве».

Я совершил по глаголу его, со страхом благоговейным взирая на его озаренный небесным светом бледный лик. Что выйдет из сего отрока? Беспокойство охватывает меня за его ревность ко Господу…

Мой милый Ваня сегодня занес в келию составленную им по моему благословению «Молитву благодарения за день». Исправлю ее, и начнем мы с ним возносить ее ежедневно…

Ваня говорит, что он сегодня и вчера вечером испытал особое радостное настроение, великопостное, весеннее… И в глазах его чистых погружены думки о своем спасении…

Поручил Ване составление молитвы на день рождения, он с радостью согласился ее составить ради святого послушания.

Вечером подходит ко мне Ваня и говорит: «Мне любо и приятно Ваше послушание записывать жизнеописания подвижников и праведников нашего времени. Но еще лучше будет и спокойнее для моей души, если Вы отслужите молебен перед началом этого доброго дела». – «Хорошо, завтра я отслужу тебе».

Рано утром Ваня принес мне составленную им молитву на день рождения. Я заслушал ее. Написал он ее легко, и по размерам своим она не утомительна, удачна в выражениях, легка и ясна. У Вани, несомненно, имеется дар составления молитв на разные случаи. Ваня приобщился. Неземное беломраморное лицо…

Перед отходом ко сну постучался ко мне Ваня: «Владыко, как хорошо было бы ежедневно служить по вечерам краткий молебен Спасителю, Божией Матери и всем святым, а после него мне совершать каждодневно откровение своих помыслов Вам». Я одобрил его просьбу. Завтра составим краткое последование сего молебна… Я рад, что приохотил его к сонму русских святых и праведников, и он возлюбил мир этот полнотою своей душевной чистоты. На днях он составил мне наметки жизнеописаний оренбургских подвижников и хорошо, сердечно изложил свои мысли…

Ваня показывал написанные им иконы в хронологическом порядке: св. Георгий Победоносец на конец, Ангел Хранитель, Распятие, крест Голгофа с предстоящими, Спаситель во славе и Господь Саваоф. Краска на всех этих иконах сохранилась хорошо. Видна рука неопытная, но способная. Лики истинные, вдохновенные, духоносные… Я предложил Ване регулярно, как учебой, заниматься с иконописцем. Способности у него к иконописанию, несомненно, имеются…

Ваня посылает своим близким в Сорочинск три фотографии нашего Никольского собора со следующими характерными записями: матери – «Да утренюет дух твой, мама, ко храму святому»; Дарье Ефимовне – «Чертог Твой вижу, Спасе, украшенный, и одежды не имам, да вниду в онь»; Февронии, инокине, своей первой старице – «Дом Отца Моего домом молитвы наречется»…