Не прошло и месяца со времени нежданного посещения Никоном столицы, как к нему посланы были из Москвы (13 генваря 1665 г.) архимандрит Чудова монастыря Иоаким (впоследствии патриарх) да думный дьяк Дементий Башмаков. Прежде всего они объявили, что их послал великий государь со всею палатою и со всем освященным Собором сказать патриарху Никону "спаси Бог" за то, что патриарх явил правду свою, отдал смутное письмо Зюзина, не утаил его воровского дела и чтобы впредь не верил таким ссорщикам и, если будут, также объявлял их. Затем посланные передали Никону два предложения. Первое состояло в следующем: ты в селе Черневе поручил митрополиту Павлу и окольничему Стрешневу известить государя, чтобы он не посылал к патриархам, что и без них можно дело устроить, что ты согласен впредь патриархом в Москве не быть, уступить свое место другому и ни во что не вступаться, и тогда же выразил желание прислать о том письмо к великому государю. Никон принял это предложение с радостию и на другой же день, 14 генваря, в ответ на предложение написал весьма обширное письмо. Здесь он подробно изложил те условия, при которых соглашался на всегдашнее отречение от Московской кафедры и избрание на нее нового патриарха, определял свои отношения к будущему патриарху, давал обещания разрешить все, что прежде, во дни своих огорчений, от великой кручины износил на царское величество, на честный синклит и на священный Собор, также на Симеона Стрешнева, Боборыкина, Сытина и др., и пр. Все содержание этого письма по статьям чрез несколько месяцев рассмотрено Собором и тогда сделается нам известным. Излагая второе предложение Никоиу, царские посланцы говорили: все архиереи, находящиеся в Москве, митрополиты Павел Крутицкий, Паисий Газский, Косьма Амасийский, Макарий Гревенский, умоляют государя, чтобы он дозволил удостаивать исповеди и святого причастия разбойников и других подобных преступников, ежедневно схватываемых и осуждаемых на смерть. Между тем во дни твоего патриаршества по твоему совету и словесным убеждениям царь издал указ, запрещающий допускать таких людей к исповеди и святому причастию, и потому ныне царь в смущении и требует от тебя письменного изложения твоих мыслей по этому предмету как для успокоения своей совести, так и для прямого ответа архиереям, советующим противное. Никон признал это царское требование справедливым, но сказал, что для выполнения его нужно время, и обещался прислать требуемый ответ по истечении нескольких дней. В своем ответе, который действительно был прислан, Никон по-прежнему отстаивал, что преступников, осуждаемых на смерть, не должно удостаивать исповеди и святого причастия, и главным образом опирался на слова Спасителя: Не мечите бисера пред свиниями. Паисий написал против этого ответа особое сочинение, которое и посвятил митрополиту Крутицкому Павлу. Но что особенно произвело смущение - при том же своем ответе Никон изложил множество и самых тяжких обвинений на Паисия, о которых узнал от иеродиакона Агафангела. Царь был совершенно поражен, когда прочел эти обвинения, и в присутствии нескольких бояр, позвав к себе Паисия, показал ему написанное Никоном. Находчивый Паисий тотчас отвечал: "Правосуднейший государь! Если хоть одна из этих клевет подтвердится, я буду виновен во всех, а если хоть одна окажется ложною, я буду считаться и вообще оправданным. Ибо первый мой иерарх (Иерусалимский), апостол Иаков сказал: И же весь закон соблюдет, согрешит же во едином, бысть всем повинен (Иак. 2. 10)". Ответ понравился царю, и он сказал: "Теперь не время разбирать (оканчивалась Четыредесятница), а после Светлой недели Воскресения Христова произведено будет тщательное расследование по этим обвинениям на тебя". А чтобы поддержать опечалившегося Паисия, государь подарил ему в неделю ваий прекрасную митру к крайней досаде узнавшего об этом Никона, который вслед за тем еще более огорчен был известием, что Паисий в Великий четверток при умовении ног представлял собою святого апостола Петра. Когда прошло Фомине воскресение, Паисий подал челобитную, чтобы скорее рассмотрены были взведенные на него обвинения, и писал, что хотя он подлежит суду Иерусалимского патриарха, но добровольно подчиняется Собору русских святителей. Государь повелел собраться всем во дворец и с величайшим вниманием исследовать две первые и главнейшие статьи обвинения, будто Паисий неправославно верует и не содержит в целости преданий святых отцов и будто он занимается магиею и астрологиею. Явилось множество свидетелей в защиту Паисия, утверждавших, что обвинения ложны, что он совершенно в том не виноват, и свои свидетельства подкрепляли своими подписями. На другой день среди страшных тревог приведен был пред царские палаты под сильною стражею и закованный в цепи иеродиакон Агафангел и на все обличения еще с большею дерзостию повторял свои клеветы, крича на весь царский двор. Оттуда послан он был в патриархию, чтобы пред лицом Собора дал отчет во всем, что сказано и написано было им против Газского. Но и здесь упорно стоял на своем, хотя ничего не мог доказать, и потому как явный клеветник отправлен был в цепях на заключение в новый монастырь, Вознесенский. Просидевши там немалое время, Агафангел наконец раскаялся и, явившись на Собор, торжественно объявил, что все изустные и письменные обвинения его против Газского ложны. Паисий простил раскаявшегося, но прочие архиереи не согласились оставить его без церковной епитимии для вразумления других иеродиаконов.

Собор этот, разбиравший присланные Никоном обвинения на Лигарида, происходил, вероятно, спустя недолгое время после Фоминой недели 1665 г. Но другой Собор, обсуждавший письмо Никона от 14 генваря того года с изложением условий патриарха на совершенное отречение от Московской кафедры, не мог быть раньше сентября, с которого по тогдашнему счету начался уже 1666 г., ясно означенный на определении этого Собора. Настоящему письму, видно, придавали большое значение, потому что для обсуждения его по повелению государя собрались все архиереи Русской земли, кроме двух, Сибирского и Астраханского, приславших, однако ж, свои повольные грамоты. Содержание письма Собор разбил на 32 статьи и на каждую дал особое решение. Для большего удобства статьи вместе с решениями на них можно подвести под несколько общих отделов. 1) Никон говорил, что ему с 14 генваря 1665 г. не именоваться патриархом Московским и всея России, а именоваться только патриархом, не вступаться ни в какие духовные дела Московского государства, не творить ничего в Москве без совета брата его и сослужителя, нового Московского патриарха, твердо держать все предания церковные и книги, исправленные при нем с старых греческих книг, и вместе выражал желание, чтобы ему не возбраняли приходить в Москву, когда случится ради нужд, равно не возбраняли приходить и на Соборы ради духовной пользы и заседать на Соборах под настоящим патриархом, выше всех митрополитов, архиепископов и епископов. Собор изъявил согласие на все эти статьи, но прибавил: а) Никону не именовать настоящего патриарха Московского своим сослужителем, а иметь и именовать архипастырем, и начальником, и старейшиною, и повиноваться ему во всем, и без воли его не только в Москве, но и где-либо не делать ничего, как поступают и прочие архиереи; б) для прихода в Москву Никону каждый раз предварительно испрашивать разрешения от государя и благословения от патриарха, подобно всем другим архиереям, а без указа государева и благословения от патриарха в Москву не приходить; равно и на Соборы в Москву без повеления государева и благословения патриаршего не приходить; в) содержать Никону не только книги, при нем исправленные, но и те, какие и впредь с греческих книг исправлены будут, и по ним отправлять службы и поминать настоящего Московского патриарха в молитвах, как церковных, так и домашних (ст. 2, 4, 5, 23 - 26). 2) Никон желал, чтобы на пропитание его за ним оставлены были все три монастыря его строения - Новый Иерусалим, или Воскресенский, Иверский и Крестный, а также и приписные к ним монастыри со всеми их вотчинами; чтобы царь подтвердил за монастырями все эти вотчины, а церковные пустые земли вблизи и около Воскресенского монастыря пожаловал тому монастырю; чтобы еще и из доходов патриаршего дома, которые старанием его, Никона, будто бы возросли до двадцати тысяч в год, выдавалась ему часть деньгами и провизиею, как по обычаю Восточной Церкви и другим архиереям, своею волею оставившим кафедры, дается пропитание из достояния их бывших кафедр, и чтобы никому из христиан не возбраняемо было приходить к Никону благословения ради или для подаяния ему милостыни. Собор решил: а) оставить за Никоном три монастыря его строения со всеми их вотчинами, но Воскресенский монастырь отнюдь не называть Новым Иерусалимом, потому что Иерусалим на земле один - в стране Иудейской и названием Нового Иерусалима простые, неведущие люди крайне соблазняются и потому изрекают хульное слово на Никона; б) приписными же монастырями и их вотчинами впредь Никону не владеть ни в чем - довольно с него на пропитание и на все его нужды трех монастырей его строения со множеством крестьянских дворов, принадлежащих каждому из них, соляных варниц и рыбных ловлей; в) пустые церковные земли, лежащие вблизи и вокруг Воскресенского монастыря, Никону возвратить в патриарший дом по-прежнему, а не приписывать к Воскресенскому монастырю; г) уделять что-либо Никону из доходов патриаршего дома, по правилам, нельзя, да и прибыль их учинилась милостию государя, а не старанием Никона и, как видно из записных книг, ни в один год не возвышалась далее девяти тысяч; д) такого обычая, чтобы оставившему свою кафедру архиерею выдавалось пособие от его бывшей кафедры, неизвестно, а известно только, что новый архиерей по любви дает бывшему архиерею какой-либо монастырь для содержания, да и сам Никон, когда был Новгородским митрополитом, ничего не давал из своих митрополичьих доходов предместнику своему, митрополиту Аффонию, который кроме насущного хлеба в Хутынском монастыре ничего не имел; е) приходить к Никону не возбраняется никому из христиан, пока не произойдет какой-либо мятеж или соблазн (ст. 1, 6 - 12, 14, 21). 3) Никон желал, чтобы ни в монастыри его строения и приписные к ним, ни в вотчины их с их приходскими церквами и священным причтом, ни во всякие дела всех их крестьян не вступались ни Московский патриарх, ни другие архиереи, в епархиях которых находились те монастыри и вотчины; чтобы архимандритов, игуменов и вообще духовенство для тех монастырей и их вотчин посвящал сам он, Никон, или кому из других архиереев соблаговолит он иногда предоставить своею грамотою; чтобы духовенство тех монастырей и вотчин не привлекалось на суд к мирским судьям; чтобы монастыри его строения записаны были в степени и настоятели их призывались в Москву на соборные служения и другие церковные собрания и чтобы по смерти его монастыри приписаны были не к патриаршему дому, а к области царствующего града Москвы. Собор решил: а) по священным правилам, все монастыри Никонова строения должны состоять под властию тех архиереев, в области которых находятся, и Никон не должен ведать в своих монастырях и их вотчинах никаких духовных дел без согласия и дозволения тех архиереев, а должен о всяком таком духовном деле писать к ним и только по их совету и повелению действовать, иначе же отнюдь ничего не творить; б) не должен Никон сам собою и поставлять архимандритов, игуменов и вообще духовенство для своих монастырей и вотчин без дозволения тех же архиереев или должен посылать к ним своих ставленников для посвящения; в) тем же самым церковным правилам и царским законам, по которым судятся все архиереи, монастыри и духовенство в России, должен подлежать и Никон с своими монастырями и духовенством; г) когда будет в Москве новый патриарх, то соборне просить его, да напишет он по совету с великим государем в степени все три монастыря Никонова строения; д) по смерти Никона каждый из этих монастырей приписать в ту епархию, в которой он состоит, а не в архиерейские домы (ст. 13 - 18°). 4) Никон давал обещание молить Господа Бога, да простит и разрешит всех, на кого он, Никон, после отшествия своего от великой кручины и огорчения жаловался и износил суд Божий, т. е. царя, синклит и освященный Собор, и да обратится прах, который отрясал он, Никон, от ног своих, исходя из Москвы, на отмщение ее, в благословение ей, чтобы не быть ей осужденною более Содома и Гоморры; давал также обещание просить и разрешить архиереев, воздвигших на него будто бы беззаконный суд на своем Соборе, если только они покаются и будут просить прощения, равно простить и разрешить бояр, клеветавших на него или преобидевших его в вещах житейских, движимых и недвижимых, если поищут у него прощения и вознаградят его за убытки.