К чести тогдашнего попечителя Санкт-Петербургского учебного округа Уварова, он не поддержал новый курс министерской политики. В письме к своему другу Карлу фон Штейну – прусскому государственному деятелю и советнику Александра I, осуществившему глубокие реформы в различных сферах общественной жизни Германии, в частности отменившему крепостное право в этой стране, Уваров писал: «Состояние умов теперь таково, что путаница мысли не имеет пределов. Одни хотят просвещения безопасного, то есть огня, который бы не жег; другие (а их всего более) кидают в одну кучу Наполеона и Монтескье, французские армии и французские книги… бредни Шишкова и открытия Лейбница; словом, это такой хаос криков, страстей, партий, ожесточенных одна против другой, всяких преувеличений, что долго присутствовать при этом зрелище невыносимо; религия в опасности, потрясение нравственности, поборник иностранных идей, иллюминат, философ, франмасон, фанатик и т. п.; словом – полное безумие. Каждую минуту рискуешь компрометироваться или сделаться исполнительным орудием самых преувеличенных страстей» (цит. по: [Рождественский (ред.), 1919, с. XXXVIII]).

Жизнь показала, что Уваров шел против течения и потому терпел одно поражение за другим. Именно он открыто выступил против нового попечителя Казанского учебного округа М. Л. Магницкого, осуществившего разгром Казанского университета. В этой борьбе, однако, победил М. Л. Магницкий. Его идея о закрытии Казанского университета была поддержана министром Голицыным, но Александр I все же не решился утвердить этот план. В свою очередь, проект нового устава Санкт-Петербургского университета, разработанный Уваровым в 1820 г. без учета нового курса политики министерства, был заблокирован стараниями Магницкого, а также архиепископа Филарета и Рунича. В результате Устав Санкт-Петербургского университета так и не был утвержден.

В начале 1821 г. директор Санкт-Петербургского университета Д. А. Кавелин, отец известного публициста и общественного деятеля К. Д. Кавелина, воспользовался тем, что учащиеся Благородного пансиона при Санкт-Петербургском университете совершили небольшое нарушение дисциплины и написал письмо Уварову, в котором утверждал, что данный инцидент свидетельствует о грубых просчетах в организации учебного процесса и в преподавании общественных наук. В частности, в письме указывалось на необходимость составить для пансиона такие курсы философии, естественного права, истории и политической экономии, «кои бы не только не противоречили учению Откровения, но, не закрывая мраком лжемудрия, по истине его подтверждали», а «всех ненадежных по совести в сем смысле преподавателей» он предлагал заменить другими по выбору директора, то есть его самого (цит. по: [Рождественский (ред.), 1919, с. XLI]).

Уваров весьма критически отнесся к этим предложениям. В частности, он писал министру Голицыну: «Что же касается до того, чтобы основать политическую экономию на Откровении, то я сию мысль не постигаю» (цит. по: [Рождественский (ред.), 1919, c. XLII]).

В этом противостоянии Голицын принял сторону противников Уварова, и последний вынужден был уйти в отставку в июле 1821 г. Кавелин же, одержавший победу, начал искоренять сложившийся в университете порядок и систему образования. Как отмечал один из лучших знатоков истории Санкт-Петербургского университета профессор С. В. Рождественский, «построенный на началах рационалистической философии XVIII века, этот порядок изображался теперь руководителями Министерства духовных дел и народного просвещения как воплощение самого князя тьмы, “с трактатами философии и с хартиями конституции в руке поставившего престол свой на Западе и желающего быть равным Богу”. Такого порядка нельзя было преобразовывать; его надлежало вырвать с корнем» [Рождественский (ред.), 1919, с. XLIII].

После отставки графа Уварова исполняющим должность попечителя Санкт-Петербургского университета и Петербургского учебного округа был назначен член Главного правления училищ Д. П. Рунич. Вскоре после вступления в должность он поручил директору Петербургского университета и состоявшего при нем Благородного пансиона Д. А. Кавелину взять тайно у отдельных студентов конспекты лекций некоторых профессоров и преподавателей. Конспекты поступили в Главное правление училищ, которое, как уже отмечалось, было укомплектовано соответствующими кадрами. Это Правление обвинило профессоров университета Германа, Раупаха, Галича и адъюнкт-профессора Арсеньева в атеизме, маратизме и робеспьеризме и отстранило их от чтения лекций. В ноябре 1821 г. состоялось три заседания университетского суда, на которых председательствовал тот же Рунич и где присутствовали Кавелин и Балугьянский. Вся четверка ведущих ученых была признана виновной и уволена из университета. Вслед за ними добровольно ушли из университета некоторые другие профессора. Балугьянскому пришлось подать в отставку с ректорского поста, а в 1824 г. он уволился и с должности профессора.

Эта катастрофа, конечно, была бы невозможна без молчаливой поддержки Александра I. Великий князь и будущий император Николай Павлович, видимо, хорошо понимал всю нелепость этой истории и вред, который она принесла. В феврале 1824 г., встретив Рунича, он не без сарказма стал благодарить его от себя, от матери и от великого князя Михаила Павловича за то, что в результате травли, организованной Руничем, уволенных профессоров приняли на службу в патронируемые августейшими особами учебные заведения. «Сделайте одолжение, – заявил он ему, – нам очень нужны такие люди, – пожалуйста, выгоняйте их побольше из университета, у нас для всех найдутся места» (цит. по: [Корсакова, 1918, с. 598]).

История с университетским судом сделала Рунича притчей во языцех. Издевался над ним не только Николай Павлович, но и литераторы. Так, А. Ф. Воейков, в своей знаменитой сатире «Дом сумасшедших» писал:

За свои заслуги в борьбе с инакомыслием Рунич был назначен попечителем Петербургского учебного округа, но проявил себя как совершенно бездарный администратор. Решения, которые он принимал единолично, без консультаций с профессорским корпусом, были весьма непопулярными и в конечном счете привели университет к тяжелому финансовому кризису. Одно из таких решений, на реализацию которого ушло много средств, состояло в том, что в 1822 г. университет был переведен из здания Двенадцати коллегий на Семеновский плац (напротив казарм Семеновского полка), куда было тяжело добираться и студентам, и профессорам, жившим на Васильевском острове. В 1826 г. Николай I отстраняет Рунича от должности попечителя и отдает распоряжение о начале следствия над ним. В «Обозрении состояния Императорского Санкт-Петербургского университета и его округа по хозяйственной и учебной части за 1826 г.» указывалось, что в результате деятельности Рунича на посту попечителя «университет лишился одиннадцати профессоров, из коих одни, принужденные обстоятельствами, сами оставили оный, а другие были отставлены» [Рождественский (ред.), 1919, с. 603].

Разгром университета в 1821 г. наряду с некоторыми другими причинами, как отмечается в «Отчете по Санкт-Петербургскому университету и его округу за 1826 г.», воспрепятствовали ему «возвыситься до такой же степени, на которой находятся другие того же названия учебные заведения в России» [Рождественский (ред.), 1919, с. 597]. Разрушить всегда легче, чем создать. По словам П. Н. Милюкова, «последствием грозы… была замена лучших профессоров поколением совершенных ничтожностей» [Милюков, 1994, с. 287]. Оценивая в целом историческое значение того поворота в политике Министерства народного просвещения, который произошел в последний период царствования Александра I, А. А. Корнилов писал: «…народное… просвещение, сильно двинувшееся было вперед в начале царствования, теперь было подавлено, искажено и изуродовано обскурантскими и реакционными мерами клерикалов и изуверов-мистиков» [Корнилов, 1993, с. 130].