В порядке взаимодействия ГПУ через ОМС предупреждал гостей Коминтерна об опасностях, ожидающих их при возвращении на родину (обыски или аресты на границе, готовящиеся преследования полиции). ИНО ГПУ, руководимый Трилиссером, запрашивал у ОМС сведения о деятелях зарубежных партий, прибывающих в СССР, а также обеспечивал ОМС интересующими его разведку данными.

13 мая 1922 года Трилиссер писал О. Пятницкому: «Некоторые из материалов, получаемые от наших резидентов из-за границы, могущие заинтересовать Коминтерн, мы направляем Вам. Я бы просил каждый раз по получении от нас таких материалов давать заключения по ним и сообщать имеющиеся у вас сведения по вопросам, затронутым в этих материалах».

Конспиративный характер деятельности ОМС, проводимые им нелегальные заграничные операции побуждали использовать разные «крыши». Значительная часть печатной продукции, различных грузов и товаров, предназначенных для Коминтерна, шла в Москву в адрес Наркомата внешней торговли. Коминтерновские телеграммы и радиограммы за границу передавались компартиями только через НКИД (была даже учреждена должность «представителя ИККИ при НКИД по отправке радиотелеграмм»). Для перевозки людей и грузов ОМСу выделялись, по распоряжению Политбюро и Совнаркома, специальные железнодорожные вагоны и торговые суда.

Помимо прочего, ОМС руководил своими пунктами, созданными в основном в портовых городах СССР и зарубежных стран, которые занимались переправой людей и грузов нелегальным путем в СССР и обратно, а также внедрением нелегалов в другие страны.

Например, для организации связи с иранской компартией в 1924 году существовал Бакинский пункт ОМС, который, как сказано в одном из документов ИККИ, «выделил нужное количество состоявших в Азербайджанской компартии товарищей, знавших условия нелегальной работы в Персии и проверенных на советско-партийной работе в Советском Азербайджане через соответствующие органы ОГПУи АКП(б), избегая, без крайней необходимости, товарищей, находившихся или известных в Баку. Поручал отобранным товарищам легализоваться и обосноваться в Персидском Азербайджане (в частности, путем содержания хозрасчетных чайхан, лавочек и т.п. заведений) для организации и содержания с помощью Восточного секретариата ИККИ явочных пунктов на персидской территории. Конкретно местонахождение пунктов определялось по выяснении местных условий. Уделял особое внимание использованию автомобильного сообщения путем установления связей с шоферами и организации хозрасчетного пассажирского грузового автомобильного сообщения (Джульфа, Алаблар, Решт)».

IV Конгресс, исходя из того, что ряд секций Коминтерна находится на нелегальном положении, а также считаясь с вероятностью периода нелегальной работы для некоторых других партий, поручил Президиуму ИККИ «заняться подготовкой соответствующих партий к этой нелегальной работе». С этой целью Оргбюро ИККИ 19 декабря 1922 года создало нелегальную комиссию в составе: М. Трилиссер (начальник ИНО), О. Пятницкий, Г. Эберлейн, Э. Прухняк (впоследствии вместо двух последних — Е. Ярославский и В. Мицкевич-Капсукас). С 4 января 1923 года комиссия стала именоваться Постоянная нелегальная комиссия (ПНК).

На первых же заседаниях ПНК рассмотрела вопросы о конспиративной работе компартий Италии, Австрии, Югославии, Чехословакии, Литвы. Согласилась с тем, что Политбюро компартии Литвы не может находиться в данный момент «в пределах Литвы», но отвергла предложение А. Грамши о создании руководящего органа компартии Италии за пределами страны. ПНК осудила путчистскую тактику нелегальной организации в Австрии.

Как и комиссия по работе в армии (имеются в виду зарубежные армии), ПНК действовала при участии ответственных деятелей ВЧК (затем ГПУ) и Реввоенсовета СССР. С этой целью в ее состав в августе 1923 года были введены заместитель Председателя ВЧК И. Уншлихт, К. Радек и начальник Политуправления РВС В. Антонов-Овсеенко.

ПНК проводила специфическую работу: выясняла, существуют ли в тех или иных странах нелегальные партийные организации, каковы их формы и размеры, как поставлена связь внутри нелегальной организации, какими методами осуществляется работа в армии, существуют ли боевые отряды, какова связь с комсомолом. Комиссия занималась также подготовкой нелегальных явок и типографий, вела наблюдение за фашистскими и белогвардейскими организациями. Особое внимание она уделяла Италии, Германии, Болгарии и Чехословакии. Давала рекомендации по вопросам пользования шифром, хранения списков членов парии и т.д. В сентябре 1923 года, в преддверии возможной революции в Германии, ПНК подчеркнула на своем заседании, что «в связи с назревающими событиями необходимо особое внимание обратить на меры предосторожности и конспирации как в ИККИ, так и в компартиях различных стран». В сентябре 1923 года ПНК рекомендовала ряду партий, ввиду прихода к власти фашистов (Италия, Болгария и др.), передать свои архивы временно в Москву.

Борьба, которую вел Сталин со своими противниками, отразилась и на положении в Коминтерне. На V конгрессе Коминтерна (17 июня — 8 июля 1924 года) в состав ИККИ вошли: Г. Зиновьев (председатель ИККИ), Н. Бухарин, И. Сталин, Л Каменев и А. Рыков, а Л. Троцкий был избран кандидатом. Но уже в июне 1926 года Сталин, утверждая, что «группа Зиновьева», имеющая сильные позиции в ИККИ, «является сейчас наиболее вредной», предложил нанести по ней удар на пленуме ЦК ВКП(б) и вывести Зиновьева из Политбюро. «Возможно, — писал Сталин, — что после этого Зиновьев подаст в отставку по ИККИ. Мы должны ее принять… Это будет разоружение группы Зиновьева».

26 октября 1926 года Президиум ИККИ одобрил заявление делегации Коминтерна на пленуме ЦК ВКП(б) о недопустимости оставления Зиновьева во главе Коминтерна. Он выбыл из состава членов ИККИ. А еще раньше, 27 сентября 1927 года, из кандидатов в члены ИККИ был исключен Троцкий. Позднее, в июле 1929 года, X пленум ИККИ принял резолюцию «О Бухарине», в которой, подтверждая решение Политбюро ЦК ВКП(б) о снятии Бухарина с работы в Коминтерне, постановил «освободить его от поста члена Президиума ИККИ». И хотя формально Бухарин не был выведен из членов ИККИ (это мог сделать только конгресс), фактически у него уже не было возможности функционировать в качестве члена ИККИ.

После V Конгресса Коминтерна ОМС расширял сферу своей деятельности. К его многочисленным пунктам связи добавились новые: в Риге, Ревеле, Берлине, Вене, Варне, Стокгольме, Париже, Осло, Константинополе, Шанхае, Амстердаме и других городах Европы, Азии и Америки, через которые он наладил связи с компартиями многих стран.

Функции ОМС оставались прежними. Требования конспирации не позволяли расширять круг людей, действовавших под «крышей» советских посольств и торговых миссий. ОМС конспирировал не только свою работу, но и свое существование как за границей, так и в СССР. 31 марта 1924 года секретарь ИККИ Пятницкий писал начальнику ИНО Трилиссеру: «В целях сокрытия при получении (валюты) из Госбанка названия нашего учреждения нам необходимо, чтобы получатель валюты Эклунд АА. …был бы снабжен фиктивным удостоверением. Поэтому просим Вас выдать ему удостоверение либо в том, что он сотрудник ИНО, либо от какого-нибудь крупного треста, если таковые у Вас имеются».

В другом письме на имя начальника отдела ГПУ Г.И. Бокия от 7 июня 1924 года говорилось: «Нам необходимы (незаполненные) бланки, снабженные лишь печатями и подписями на немецком языке, разных советских крупных хозяйственных учреждений и смешанных обществ, имеющих связи с заграницей, особенно Германией и другими странами Средней Европы. Эти бланки будут использоваться за границей, там же заполняться соответствующим текстом и представляться в официальные учреждения на предмет получения выездных виз из Германии в качестве приглашенных на службу в Россию». По таким подложным документам прибывали в Москву и многие делегаты конгрессов Коминтерна. В свою очередь, ИНО неоднократно обращался в ОМС ИККИ с просьбой об изготовлении паспортов для своих работников, так как ГПУ «не в состоянии снабдить (своих людей) такими паспортами».