Занимая множество должностей, Сталин к тому же постоянно выезжал на фронты с фактически неограниченными полномочиями. Он редко участвовал в разработке и осуществлении военных планов. Более значительную роль он играл в административном наведении порядка и расстановке кадров. Его роль в судьбах ряда операций нельзя переоценивать, но нельзя и недооценивать. Зачастую она была очень существенной.

29 мая 1918 года Совет Народных Комиссаров назначил Сталина руководителем продовольственного дела на юге России, наделив его чрезвычайными полномочиями. Он быстро навел порядок, направив в Москву несколько эшелонов с хлебом. Но 7 июня в письме на имя Ленина он ставил вопрос так: «Дайте кому-либо (или мне) специальные полномочия (военного характера) в районе южной России для принятия срочных мер, пока не поздно…» А через три дня, 10 июня, вновь вернулся к вопросу о полномочиях: «Вопрос продовольственный естественно переплетается с вопросом военным. Для пользы дела мне необходимы военные полномочия. Я уже писал об этом, но ответа не получил. Очень хорошо. В таком случае я буду сам, без формальностей, свергать тех командиров и комиссаров, которые губят дело. Так мне подсказывают интересы дела, и конечно отсутствие бумажки от Троцкого меня не остановит…»

Требования Сталина подчинить его власти местный партийный аппарат и военных руководителей были фактически удовлетворены. 19 июля был образован Военный совет Северо-Кавказского военного округа, председателем которого был назначен Сталин. Он сразу же вступил в конфликт с так называемыми военспецами, то есть бывшими профессиональными царскими офицерами, служившими в Красной армии.

Прежде всего он объявил вредительским план обороны Царицына, подготовленный военным руководителем Северо-Кавказского военного округа, командующим войсками, оборонявшими город, бывшим царским генералом А.Е. Снесаревым. Сталин арестовал почти весь штаб военного округа и поместил арестованных в плавучей тюрьме — барже на Волге. Позже баржа затонула при загадочных обстоятельствах. Оставшиеся в живых офицеры штаба во главе со Снесаревым были освобождены лишь после прибытия в Царицын специального уполномоченного Реввоенсовета республики А.И. Окулова, присланного для расследования факта самоуправства.

Подобную практику Сталин продолжал и на других фронтах Гражданской войны. Сторонники так называемой «военной оппозиции», которую поддерживал Ворошилов, а косвенно и Сталин, считали, что в действительно народной армии нет места для буржуазных военных специалистов.

Отношение Сталина к военспецам распространялось и на бывших офицеров-разведчиков Генерального штаба, занявших разведывательные посты и в Красной армии. Но об этом ниже.

В декабре 1918 года разразилась так называемая «Пермская катастрофа». Войска Колчака добились значительных успехов на Урале. Была сдана Пермь. Обстановка в 3-й армии, которой командовал не военспец, а старый большевик Лашевич, оказалась катастрофической. Ленин, полагая, что туда надо направить Сталина, запросил мнение Троцкого. Троцкий своей телеграммой выразил согласие, отметив, что Сталин должен быть послан с полномочиями от партии и РВС Республики (РВСР) для восстановления порядка, чистки командного состава и наказания виновных. 7 января 1919 года Сталин и Дзержинский прибыли в штаб 3-й армии. Благодаря их энергичным действиям порядок был восстановлен.

Помимо наведения порядка на фронте и в собственном тылу, члены комиссии Сталин и Дзержинский вплотную занялись организацией зафронтовой разведки и подпольного движения в тылу Колчака. Кроме сбора информации о положении на занятой белыми территории велась работа по дезорганизации транспорта, военного аппарата, тыловых учреждений, по организации боевых сил для вооруженных восстаний против белых и, естественно, пропагандистская работа и создание партийных ячеек.

В Вятке для руководства подпольной работой в тылу Колчака и для координации работы нелегальных парторганизаций Урала действовало отделение Урало-Сибирского ЦК РКП(б), так называемая Особая комиссия Вятского губернского революционного комитета.

В начале 1919 года нелегальные большевистские группы успешно работали в тылу врага. Благоприятную почву для этого создавало развернувшееся там повстанческое движение рабочих и крестьян на своем опыте узнавших все ужасы колчаковской власти и иностранных интервентов. Подпольная группа Антона Валека в Екатеринбурге имела своих агентов даже в окружении колчаковского генерала Гайды и во многих колчаковских воинских частях.

Эта группа организовала большевистские «пятерки», работавшие на транспорте и на предприятиях, среди учащейся молодежи и в колчаковских воинских частях. Екатеринбургская подпольная организация закупала оружие, организовывала подпольную типографию, готовилась к проведению восстаний.

В тесной связи с ней работала Челябинская организация и Троицкая группа, имевшая своих агентов в тюрьмах, в милиции и в контрразведке белых.

Много подпольных большевистских организаций было в различных городах Приуралья. Они вели печатную агитацию против Колчака, распространяли листовки среди колчаковских солдат, организовывали вооруженные отряды, опираясь на поддержку рабочих и крестьянской бедноты.

В результате их героической работы тыл Колчака заколебался и стал разлагаться. В городах, на заводах и в селах вспыхивали восстания. Произошли восстания мобилизованных в Троицке и Тюмени, подавленные белыми. Во время восстания в Троицке половина мобилизованных в колчаковскую армию дезертировала, а 42-й Троицкий полк под Орском в полном составе перешел на сторону Красной армии. Мобилизованные восставшие в Тюмени захватили на воинских складах много винтовок, револьверов, холодного оружия и патронов.

Ярким примером успешной работы большевистского подполья (и правильной национальной политики партии) был переход 18 февраля 1919 года на сторону советской власти башкирского корпуса.

Уроки Перми позволили Сталину и Дзержинскому предъявить серьезные претензии к общим принципам организации и формирования Красной армии. «…Нетрудно понять, — подчеркивалось в отчете, — до чего несерьезно было отношение Реввоенсовета Республики и Главкома к своим же собственным директивам…» Косвенно предложения Сталина и Дзержинского были направлены против Троцкого как председателя РВС. Это был один из первых «звонков» в открытом противостоянии Сталина и Троцкого. Одновременно Сталин «показал зубы» Дзержинскому, руководителю ведомства, которое он курировал: в заключение комиссии, выезжавшей для разбирательства по делу о «Пермской катастрофе», он внес предложение «слить ВЧК с Наркомвнуделом». При этом на объединенное ведомство предлагалось «возложить обязанность следить за правильным и своевременным исполнением Совдепами декретов и распоряжений советской власти, обязать губернские Совдепы регулярно отчитываться перед Наркомвнуделом».

С этим предложением председатель ВЧК Дзержинский не согласился.

Тогда это предложение не было проведено в жизнь. Объединение двух органов и создание единого аппарата Наркомата внутренних дел, включающего и милицию, и ГУЛАГ, и контрразведку, и разведку, Сталин осуществил только в 1934 году.

Если на колчаковском фронте Сталин вместе с Дзержинским проявил себя спасителем ситуации, то несколько иной оказалась его роль на польском.

Весной 1920 года Гражданская война в России казалась почти законченной, но молодая Советская республика выходила из нее ослабленной. Этим решил воспользоваться начальник (так называлась его должность) Польши, маршал Юзеф Пилсудский. Он давно вынашивал планы создания Великой Польши под видом федерации Украины, Белоруссии, Литвы и Польши при главенстве последней. 25 апреля 1920 года оснащенные Францией польско-петлюровские войска начали наступление на Украине, 6 мая захватили Киев. В ходе войны, которая шла с переменным успехом, советские войска были разгромлены. В польском плену оказалось более 120 тысяч красноармейцев. Из них 20 тысяч были фактически умерщвлены, умерли голодной смертью или погибли в плену от других причин. Судьба еще 30 тысяч также печальна. Польские власти нести ответственность за это преступление отказались.