9 июня на "Ямато" прибыл катер с адмиралом Кусака. Кусака, еще одетый в свою испачканную и обгоревшую форму, тяжело хромая, с трудом поднялся на мостик в сопровождении капитана 1-го ранга Оиси и капитана 2-го ранга Гэнда. На мостике их встретил Ямамото. Он обнял адмирала Кусака за плечи, поблагодарив за все, что тот сделал и перенес. Ямамото пытался сделать все, чтобы поднять настроение своих подчиненных. Для уцелевших с авианосцев были приготовлены пирожные, пакеты с деньгами и даже свежее белье.

Кусака попросил разрешения поговорить с Ямамото с глазу на глаз. В маленьком помещении под мостиком он рассказал главкому, как подавлены случившимся его офицеры, все еще ведя разговоры о самоубийстве. Кусака попросил Ямамото реорганизовать авианосный флот и дать шанс отомстить за поражение. Глаза Ямамото наполнились слезами, и он ответил: "Я понимаю вас. Кусака, и все сделаю".

На крейсере "Нагара" адмирал Нагумо снова впал в прострацию. Было приказано не спускать с него глаз, чтобы он не наделал каких-нибудь глупостей, Ошеломленные поражением офицеры, осознав катастрофу, пытались понять, как это могло произойти. Если бы гидросамолет No 4 с тяжелого крейсера "Тонэ" вылетел вовремя, то американский флот мог быть обнаруженным до перевооружения второй ударной волны... если бы пикирующие бомбардировщики противника атаковали их всего на несколько минут позже, то самолеты с авианосцев были бы уже подняты в воздух... если бы они атаковали американские авианосцы сразу же, как предлагал Ямагути, не дожидаясь, пока будут готовы все самолеты... Неожиданно стали очевидны грубейшие ошибки всего оперативного плана боя, который полностью зависел от того, что американский флот отреагирует на удар по Мидуэю именно так, как ожидали японцы. Это распылило огромные силы адмирала Ямамото по всему Тихому океану вместо сосредоточения их в направлении главного удара. От всего плана веяло сверхсамоуверенностью и опасным пренебрежением к противнику. А ведь было совсем несложно обеспечить лучшую завесу подводных лодок и усилить воздушную разведку на авианосцах, участвовавших в бою.

Все это было так, но сейчас самым главным становилось ослабление эффекта в стране от столь ошеломляющего поражения. Еще находясь в море, Ямамото полностью сообщил о результатах боя начальнику Главного Морского штаба адмиралу Нагано. Нагано позвонил в генштаб, и 8 июня представители высшего командования собрались на совещание, на котором эти ужасные новости были доложены премьер-министру Тодзио. Выслушав доклад, генерал Тодзио принял следующие решения:

1. Факты катастрофы не должны выйти за пределы этой комнаты.

2. Все имеющиеся в распоряжении средства должны быть выделены для восполнения потерь.

3. Никакой публичной критики в отношении флота.

10 июня звуки фанфар и знакомая мелодия военно-морского марша возвестили слушателям Токийского радио, что сейчас будет передано сообщение о новой крупной победе на море. И действительно сообщение выглядело внушительным: два американских авианосца потоплено... сбито 120 самолетов противника... высажен десант на Алеутские острова... стерта с лица земли военно-воздушная база противника на Мидуэе. Японские потери: один авианосец потоплен, еще один авианосец и крейсер повреждены. Потеряно 35 самолетов.

На следующий день ведущий военный радиокомментатор Японии Масанори Ито, выступая по столичному радио, заявил, что "результаты войны настолько блестящи, что превосходят всякое воображение". Ему вторил начальник отдела прессы ВМС при императорской ставке капитан 1-го ранга Хидео Хирайде, который договорился до того, что "отвлекающий диверсионный удар по Мидуэю дал возможность без помех высадить десант на Алеутские острова".

Кинооператор Макисима, прибыв на военно-морскую базу в Куре, был предупрежден, что если он появится в Токио, то будет немедленно арестован. Несколько недель Макисима находился в Куре, не имея возможности даже связаться с семьей, а затем снова был послан в море. Уцелевшие из экипажей погибших авианосцев были изолированы в казармах на базах Сахеки и Капоя, а экипажи надводных кораблей, вставших на рейде Хасирадзима, были лишены увольнений на берег. Еще тяжелее пришлось раненым. Капитан 2-го ранга Охара 10 недель пробыл в госпитале, залечивая ожоги полученные на авианосце "Сорю", и в течение всего этого времени ему не разрешалось принимать никаких посетителей или видеть кого-нибудь из других пациентов госпиталя.

Когда капитана 2-го ранга Футида несли на берег, с ним обращались подобно тому, как в средние века обращались с жертвами чумы. Его сняли с корабля ночью, неся в закрытых носилках, и тайно пронесли в госпиталь через черный ход.

На залитых послеполуденным солнцем пирсах Перл-Харбора ровными рядами стояли санитарные автомашины. Среди многих людей, высыпавших на пирс, были адмирал Нимиц с несколькими офицерами своего штаба. Подходил эскадренный миноносец "Бэнхем" - первый корабль, вернувшийся в Перл-Харбор после боя, имея на борту раненых с эсминца "Хэммен". Когда эсминец подходил к своему месту у стенки, все корабли, находящиеся в гавани, приспустили флаги, салютуя ему. Матросы "Бэнхема" были очень сконфужены такими почестями, но они безмерно гордились осколочными пробоинами в корпусе своего корабля и перебитой антенной на мачте. Когда "Бэнхем" встал на швартовы, на борт эсминца поднялся адмирал Нимиц. Командующий флотом пожал руку командиру корабля капитану 3-го ранга Джозефу Вортингтону, а затем, повернувшись к построенному экипажу, поблагодарил моряков за все, что они сделали. После того, как командующий флотом покинул эсминец, началась выгрузка раненых 50 носилок были погружены в санитарные автомобили.

Через четыре дня, утром 13 июня, развевая на ветру огромные боевые флаги, в Перл-Харбор прибыли "Энтерпрайз" и "Хорнет" вместе со всеми остальными кораблями 16-го и 17-го оперативных соединений. Пирсы и палубы кораблей были заполнены народом. Моряки, рабочие заводов, жители города все стояли молча - не было ни оркестров, ни салютов, ни оваций...