С началом Русско-японской войны 1904–1905 гг. 4 февраля 1904 г. Эдуард Егорович был назначен в плавание на суда Тихого океана. Во время этой войны Э. Е. Арнгольд участвовал в обороне Порт-Артура, будучи судовым врачом минного заградителя (по терминологии того времени – транспорта) «Амур», крейсера 2-го ранга «Забияка», заведующим II санитарным отрядом, лазаретом «Амура» на дачных местах (район Порт-Артура)[18]. Минный транспорт «Амур» принимал активное участие в морских операциях во время обороны крепости. Он и однотипный «Енисей» (погибший 29 января 1904 г. на собственном минном заграждении) считались лучшими в мире минными заградителями специальной постройки. «Амур» провел семь минных постановок, выставив 439 мин. На его заграждениях противник потерял два броненосца, посыльное судно, истребитель и миноносец. 3 июня 1904 г. «Амур» наскочил на камень и получил повреждения (был затоплен ряд отсеков)[19]. Ремонтировать корабль не стали в связи с недостатком мин в Порт-Артуре, и в дальнейшем он использовался как база траления, а часть его личного состава перевели на сухопутный фронт[20]. Там же был развернут судовой лазарет. Во время одного из обстрелов, находясь на борту «Амура», Э. Е. Арнгольд был легко ранен в руку.

Э. Е. Арнгольд, 1892 г.

Из фондов РГВИА

Эскадренный броненосец «Полтава», 1902 г.

На «Амуре» служили и будущие соплаватели Арнгольда по ГЭСЛО – лейтенант А. В. Колчак (в апреле 1904 г. недолго исполнявший должность артиллерийского офицера корабля) и мичман (с 14 июня 1904 г. – лейтенант) Б. В. Давыдов, служивший на корабле в должности старшего штурманского офицера еще с 14 июня 1903 г.[21] Об Э. Е. Арнгольде в период обороны Порт-Артура оставил воспоминания морской врач Я. И. Кефели: «…Эдуард Егорович Арнгольд, „голландский рыцарь“, как звали его друзья, и доктор „Ап“, как называли его на флоте. Он всеми был любим, и все знали, что когда он поднесет рюмочку ко рту, всегда произносит междометие: ап! Отсюда и кличка. Эту привычку, вероятно, западного происхождения, Ап заимствовал от своего пращура, голландца-плотника, привезенного в Россию Петром Великим»[22]. За участие в обороне Порт-Артура Арнгольд получил боевые награды: орден Святой Анны 3-й степени с мечами (1 августа 1905 г.; «за мужество и самоотверженность, проявленные во время осады крепости Порт-Артур») и орден Святого Владимира 4-й степени с мечами (5 февраля 1907 г.; «за самоотверженное исполнение долга во время осады крепости Порт-Артур»), а также серебряную медаль в память Русско-японской войны 1904–1905 гг.[23]

Транспорт «Бакан», 1912 г. (?)

Минный заградитель «Амур» на Кронштадтском рейде, 1900–1901 гг.

Из собрания А. В. Плотто

После сдачи крепости, избежав японского плена, Э. Е. Арнгольд некоторое время служил в Сибирской флотилии (с 10 мая по 9 ноября 1905 г. плавал на транспорте «Алеут»). 28 декабря 1905 г. возвратился из Владивостока в 15-й флотский экипаж. Следующие четыре года он проходил службу на Балтийском море. 1 марта 1906 г. его произвели в надворные советники, а 20 июня перевели в 1-й генерал-адмирала великого князя Константина Николаевича флотский экипаж. 28 июля того же года он был прикомандирован для исполнения ординаторских обязанностей к Николаевскому морскому госпиталю в Кронштадте, а 4 сентября 1906 г. – к Санкт-Петербургскому порту (до открытия навигации в 1907 г.) для сдачи экзамена на степень доктора медицины и защиты диссертации. 9 января 1907 г. он был переведен в 5-й флотский экипаж. 11 мая 1907 г. его назначили старшим врачом транспорта «Ангара» (списан 24 мая с прикомандированием к Николаевскому морскому госпиталю в Кронштадте). 7 июня 1907 г. Эдуард Егорович был назначен в 1-й отряд миноносцев (находился там до 7 ноября). 20 ноября 1907 г. его прикомандировали к Николаевскому морскому госпиталю в Кронштадте для исполнения ординаторских обязанностей, а 18 августа 1908 г. назначили младшим ординатором госпиталя. 16 марта 1909 г. он получил назначение на должность младшего врача 2-го Балтийского флотского экипажа.

В 1909 г. Э. Е. Арнгольд стал судовым врачом транспорта «Вайгач» (5 апреля 1910 г., еще до прихода во Владивосток, его, как и других офицеров, официально перевели в Сибирскую флотилию) и до 1915 г. служил в составе ГЭСЛО[24]. О плаваниях в Арктике им были написаны четыре статьи, опубликованные в 1913–1915 гг.[25] Оба судовых врача экспедиции не только занимались своими прямыми обязанностями, но и проводили обширную программу естественнонаучных изысканий, результаты которых отражены в их публикациях. Об этом писал А. М. Лавров в своей рецензии на книгу «По заветному пути»: «…в круг его [Арнгольда] ведения входили сборы коллекций по ботанике и зоологии как наземные, так и морские, а также вообще биологические наблюдения. Для приобретения познаний и практических навыков в этой последней области Э. Е. Арнгольд, как и его коллега по специальности доктор Л. М. Старокадомский… командировался во Францию на Русскую зоологическую станцию в Виллфранко, в Монако в Океанографический институт и в Италию на Неаполитанскую биологическую станцию, а также в соответствующие музеи нашей Академии наук. В результате указанных работ обоих врачей экспедицией на протяжении 6 лет были собраны богатые коллекции как по зоологии, так и по ботанике, которые для соответствующей проработки ежегодно отправлялись в Академию наук»[26]. Историк флота В. Г. Реданский отметил в своем исследовании, посвященном деятельности врачей в полярных экспедициях: «Высокую оценку получила и собирательская деятельность медицинских сотрудников экспедиции, в том числе добытые ими коллекции морских и наземных животных полярных областей. Директор Зоологического музея Академии наук Н. В. Нассонов в специальном докладе, опубликованном в 1916 г., дал лестную оценку представленному материалу: „Зоологические сборы вносят весьма ценный вклад в науку и служат одним из самых больших приобретений Зоологического музея последнего времени“»[27].

Николаевский морской госпиталь в Кронштадте

Группа офицеров ледокольного транспорта «Вайгач».

Первый ряд (слева направо): лейтенант К. В. Ломан, капитан 2-го ранга А. В. Колчак, доктор Э. Е. Арнгольд. Второй ряд (слева направо): лейтенант Н. А. Гельшерт, лейтенант В. В. Нилендер, лейтенант Г. Л. Брусилов, лейтенант А. К. Пилкин

Из собрания Н. А. Черкашина

Еще во время зимовки, 9 февраля 1915 г., за отличие по службе Арнгольда произвели в коллежские советники. 20 октября 1915 г., после расформирования ГЭСЛО, он был уволен на четыре месяца «в отпуск по болезни внутри Империи». 26 октября 1915 г. его назначили младшим врачом 1-го Балтийского флотского экипажа.