В 1793 году преподобному Серафиму исполнилось 54 года. В том же году, согласно распоряжению Святейшего Синода, Саровская обитель была передана из Владимирской епархии в Тамбовскую. Поэтому, вместе со старшей братией, которые тоже видели подвиги и святое житие молодого инока, о. настоятель обратился с ходатайством о рукоположении его в сан иеромонаха к Феофилу, епископу Тамбовскому. И 2 сентября 1795 года о. Серафим в Тамбове рукоположен был в иеромонаха.

После того, как епископ Тамбовский рукоположил диакона Серафима во иерея в Тамбове в 1795 году, новопоставленный служил долгое время ежедневно.

Но через год от почти беспрерывного стояния у преподобного Серафима ноги до такой степени опухли и покрылись ранами, что он уже не в состоянии был продолжать священническое служение. Болезнь эта была серьезным побуждением к избранию пустыннической жизни. На это и указано было официально, как на первую причину. Но главное внутреннее основание было духовное: «По усердию… единственно для спокойствия духа. Бога ради».

К тому же о. игумен доживал последние дни свои. Преподобный был при нем неотходно и служил ему с горячим усердием, помня, как настоятель с любовью ухаживал за ним в течение трехлетней его болезни. Незадолго до кончины о. Пахомия преподобный Серафим испросил у него благословение на пустынножительство. Перед смертью строитель Пахомий благословил иеромонаха Серафима на жизнь в пустыни.

Одновременно он поручил преподобному заботу о Дивеевской общине. Это произошло следующим образом. Однажды о. Серафим заметил в лице о. Пахомия какую-то особую заботу и грусть.

– О чем, отче святый, – спросил он старца, – так печалишься ты?

– Я скорблю о сестрах Дивеевской общины, – ответил болящий, – кто их будет назирать после меня?

Тогда преподобный, обычно столь смиренный и в особенности осторожный к женскому полу, обещал умиравшему продолжать его дело: это было внушением Духа Божия и волею Царицы Небесной. Отец Пахомий обрадовался и в благодарность поцеловал Серафима.

6 ноября 1794 года строитель Саровской пустыни о. Пахомий отошел ко Господу. На его место был избран о. Исаия – старец преподобного по постригу. С благословения нового настоятеля о. Исаии, 20 ноября 1794 года, он удалился в лесную келью. Впоследствии он, отвечая на вопрос о причинах, побуждающих к удалению в пустыню, говорил так: «И удаляемся мы из числа братства не из ненависти к ним, а для того более, что мы приняли и носим на себе чин ангельский, которому невместительно быть там, где словом и делом прогневляется Господь Бог. И потому мы, отлучаясь от братства, удаляемся только от слышания и видения того, что противно заповедям Божиим, что при множестве братии случается. Мы бегаем не людей, которые с нами одного естества и носят одно и то же имя Христово, но пороков, ими творимых; как и великому Арсению сказано было: «Бегай людей, и спасешься!»

Деревянная келья, куда удалился о. Серафим, была расположена в пяти верстах от монастыря, на берегу реки Саровки, в дремучем сосновом лесу. Это была небольшая избушка, состоявшая из печки, сеней и крыльца.

Икона Божией Матери в одном углу, печь в другом, обрубок дерева, заменявший и стол и стул, глиняный горшок для сухарей – вот и все убранство этой «дальней пустыньки». Под полом кельи был устроен тесный подвал, может быть, для хранения овощей. Но о. Серафим пользовался им для уединенной молитвы. Вокруг нее преподобный развел маленький огород, на котором выращивал картофель, капусту, лук, свеклу и т. п. Одно время он завел даже пчельник, но после оставил это занятие – вероятно, потому, что оно отвлекало его от внутренней жизни. Здесь подвижник провел тоже почти шестнадцать лет.

В пустыне душа преподобного жила внутренней молитвой, которая давно уже сделалась непрестанной. Большею частью он совершал богослужение по обычному распорядку: после полуночи читал правило св. Пахомия, потом утренние молитвы, полунощницу, утреню и т. д. – до повечерия включительно. Иногда же он заменял уставные службы земными поклонами с молитвою Иисусовой: так, вместо вечернего правила, клал тысячу поклонов. Но сверх этого, о. Серафим был всегда в непрестанной «памяти Божией» и богомыслии. Иногда, занимаясь каким-либо делом на огороде, он вдруг, незаметно даже для себя, выпускал из рук мотыгу и погружался духом своим в горний мир; или отрубит один, два, три куска дерева и, опустив топор, застынет в созерцании тайны Пресвятой Троицы – Единицы и молитвенном возношении к Ней.

В том же лесу жили отшельники – отцы Назарий, Марк и Досифей. Приходя к о. Серафиму, они заставали его в таком положении, что он ничего не замечал, и, иногда прождав перед ним около часу, они так и уходили незамеченными им.

Чтение слова Божия по-прежнему занимало у него довольное время; но и оно являлось для него иным лишь способом к единой цели – зрению иного мира. «Священное Писание, – говорил он после, – должно читать для того, чтобы дать духу своему свободу возноситься в небесные обители и питаться от сладчайшей беседы с Господом».

Живя горним миром, преподобный даже окружающим местам дал имена, напоминавшие ему о небесных жителях и святых событиях – гору свою он назвал Афоном. Другим окрестным холмам преподобный дал имена святых мест Палестины: у него были свой град Иерусалим, Голгофа, Вифлеем, Назарет, Фавор, Иордан, Кедрон.

В своем мысленном Назарете, в память Благовещения Архангела Пресвятой Деве Марии, он пел акафист; в Вифлеемской своей пещере он созерцал умными очами Превечного Младенца, поклонялся Ему с пастухами и вместе с небесными силами воспевал: «Слава в вышних Богу». Нагорную проповедь любил читать на одном возвышенном холме близ реки. Спускался он часто и под гору к реке, «на пол потока Кедрона», и там вспоминал прощальные беседы Господа с учениками. Часы третий, шестой и девятый вычитывал в глухом уединенном месте, именуемом им Голгофой, где он мысленно зрел Господа Спасителя, гвоздями пригвождаемого ко кресту.

Одежду преподобный Серафим носил всегда одну и ту же, простую, и даже убогую: белый полотняный балахон, кожаные рукавицы, кожаные чулки (бахили), лапти, старую камилавку На груди был крест – материнское благословение. На спине он носил сумку, а в ней Евангелие.

Свободное от богослужения время о. Серафим употреблял на телесные труды, без коих немыслима жизнь иноческая даже и в пустыни: то занимался он огородом, то собирал мох, то готовил дрова, то укреплял берег.

Во время подобной работы он ходил иногда без одежды, перепоясав лишь чресла свои; и насекомые жестоко уязвляли тело его, отчего оно опухало, синело по местам и запекалось кровью. Преподобный добровольно терпел эти язвы Господа ради, руководствуясь примерами подвижников древнего времени. В баню преподобный никогда не ходил.

С подвигами преподобный Серафим соединял пост и строжайшее воздержание. Поначалу пищей его был хлеб, и то черствый, который он брал из монастыря раз в неделю. Употреблял он и овощи со своего огорода. Недельным запасом хлеба преподобный делился с разными обитателями Саровского леса – зверями и птицами, которые очень любили его и ходили к нему.

Со временем преподобный Серафим по благословению старца и игумена Исаии и совсем перестал брать из монастыря хлеб, дабы ничем не обременять обители. Так он прожил около трех лет. Саровская братия недоумевала: чем же подвижник питается в глухом лесу? Это открылось лишь незадолго до его кончины. В разговоре с одной дивеевской сестрой старец Серафим сказал, что эти три года он питался одной травой снытью: «Я сам себе готовил кушанье из снитки. Ты знаешь снитку? Я рвал ее, да в горшок клал. Немного вольешь, бывало, в него водицы – славное выходит кушание. На зиму я снитку сушил и этим одним питался, а братия удивлялась, чем я питался. А я снитку ел… И о сем братии не открывал».

Так проводил преподобный Серафим свою жизнь в будни. А накануне воскресных и праздничных дней он приходил в обитель, слушал вечерню, всенощное бдение и за ранней литургией в больничной церкви святых Зосимы и Савватия причащался Святых Христовых Таин. Затем оставался в монастыре до вечерни. В это время он принимал приходивших к нему за советами и утешением монахов и богомольцев. Когда же братия уходили к вечерней службе, незаметно возвращался в свою любимую пустыньку.